Browsing by Author "Rother, Magdalena"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item ModeRNA: program komputerowy do przewidywania struktury trzeciorzędowej RNA z zastosowaniem podejścia modelowania homologicznego(2012-07-06T10:57:44Z) Rother, Magdalena; Bujnicki, Janusz M. PromotorRNA pełni ważne role we wszystkich organizmach żywych. Pełne zrozumienie funkcji i mechanizmów działania cząsteczek RNA jest możliwe jedynie w kontekście ich struktury przestrzennej. Metody doświadczalne pozwalające określić położenie poszczególnych atomów w przestrzeni są jednak drogie i czasochłonne. Powoduje to olbrzymią dysproporcję pomiędzy liczbą znanych sekwencji i znanych struktur. Bazując na podejściu modelowania homologicznego w tej pracy powstał program komputerowy ModeRNA do przewidywania struktury przestrzennej RNA. Buduje on model na podstawie szablonu strukturalnego i przyrównania pomiędzy sekwencją celu i szablonu. Program pozwala ponadto na analizę oraz redagowanie struktury RNA. Jego unikatową cechą jest możliwość modelowania 115 modyfikowanych nukleotydów. Oprócz wersji instalacyjnej programu powstał serwer, który udostępnia operacje do modelowania oraz ułatwia odnalezienie szablonu i przygotowanie przyrównania. Program ModeRNA wspiera wszystkie kroki niezbędne do zbudowania modelu homologicznego cząsteczki RNA. Działanie programu zostało sprawdzone na zbiorze 99 tRNA, dla których zostały zbudowane i ocenione 9802 modele. Średnie RMSD wyniosło 5,6 Å i jest zbliżona do zmienności występującej w zbiorze struktur natywnych. Program ModeRNA posiada obszerną dokumentację, która wraz z kodem dostępna jest pod licencją wolnego i otwartego oprogramowania (GNU GPL).