Browsing by Author "Stachiewicz, Anna"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item Modelowanie i symulacje komputerowe rozplatania polinukleotydów w nanoporach(2016) Stachiewicz, Anna; Molski, Andrzej. PromotorW wielu procesach biologicznych, np. replikacji DNA, transkrypcji i interferencji RNA, jednym z kluczowych etapów jest rozplatanie polinukleotydów. Nanopory to wąskie (średnica rzędu 1-100 nm) kanały, powstałe w błonach biologicznych lub wytworzone w membranach syntetycznych. W nanoporowej spektroskopii sił (NFS) zmiana struktury analitu (np. rozplecenie spinki DNA) następuje jako efekt naprężeń mechanicznych pomiędzy obiema jego częściami po przyłożeniu napięcia. Zdarzenie takie rejestrowane jest w postaci skoku prądu jonowego. Przedmiotem mojej pracy doktorskiej było opracowanie modelu CG (uproszczonego) dla DNA/RNA, który mógłby zostać wykorzystany w symulacjach dynamiki molekularnej rozplatania w nanoporach oraz jego zastosowanie do badania kinetyki rozplatania. Walidacja opracowanego modelu wykazała znaczną zgodność zarówno z wynikami symulacji all-atom jak i danymi eksperymentalnymi. Model wykorzystano do zbadania kinetyki rozplatania spinki DNA w nanoporze nieorganicznym. Określono wartości napięcia rozplecenia w zależności od geometrii poru i przyłożonego napięcia, stwierdzono też, że podczas translokacji konieczne jest pokonanie dwóch barier energetycznych: związanej z rozplataniem i z dalszą translokacją. Model może zostać również wykorzystany do badania translokacji innych polinukleotydów, dla porów o różnej geometrii i ładunku na powierzchni ścianek.