Wydział Fizyki (WF)/Faculty of Physics

Permanent URI for this community

https://repozytorium.amu.edu.pl/handle/10593/6

Browse

Now showing 1 - 20 of 172

A Main Belt Asteroid: the Most Probable Cause of the Tunguska Event
(Societa Astronomica Italiana, 2002) Jopek, Tadeusz J.; Gonczi, Robert; Froeschle, Christiane; Michel, Patric; Longo, Giuseppe; Foschini, Luigi
We studied the available scientific literature on the Tunguska event of 30 June 1908 to select a sample of atmospheric trajectories. Then we calculated a set of parameters from which we obtained 886 orbits. Using the model of Bottke and colleagues on dynamical properties of celestial bodies, we estimated the probabilities of different origins of the Tunguska Cosmic Body (TCB). Event though 6 of 886 orbits can be both asteroidal or cometary, the probability of an asteroidal origins remain s the highest.
ALPL-1 Newtonian Ephemeris of the Planetary System Spanning 4000 years
(Acta Astronomica, 1986) Dybczyński, P. A.; Jopek, Tadeusz
Numerical integration of the equations of motion of the Solar System Planets (except Mercury) is described. The continuous ephemeris obtained in result, spanning the time interval from 1918 BC to 2092 AD is presented.
Ampere NMR School 2008 Abstracts
(Wydział Fizyki Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, 2008-06) Jurga, Stefan
Analiza fali pulsu metodą liniowej transformacji u osób z nadciśnieniem tętniczym
(2015-10-29) Szymił, Anna; Krzyminiewski, Ryszard. Promotor
Celem pracy było wyznaczenie zmian parametrów fali pulsu wysokiej rozdzielczości sygnałowej (HSR PW) u osób z nadciśnieniem tętniczym w badaniach wazodylatacyjnych oraz w obrazowaniu jądrowym rezonansem magnetycznym (NMR). W pracy analizie poddano kształt fali tętna wysokiej rozdzielczości sygnałowej dwóch grup z nadciśnieniem tętniczym. Pierwszą grupę stanowiło 23 pacjentów leczonych z Poradni Kardiologicznej, drugą grupę stanowiło 22 pacjentów leczonych w Szpitalu Przemieniania Pańskiego. Pierwsza grupa badanych poddana została testom wazodylatacyjnym tętnicy FMD i NID. Test FMD miał charakter lokalny i wykazał adaptację tętnicy ramiennej do zmian zachodzących w jej obrębie. Spadek parametru K1/K2 obserwowany w 15 sekundzie od ustąpienia ucisku spowodowany jest wzrostem oporu naczyniowego. Dopiero po upływie co najmniej jednej minuty, opór naczyniowy maleje, a parametr K1/K2 wzrasta. Test NID również wykazał istotne zmiany parametru K1/K2. Jego wzrost w drugiej minucie po podaniu nitrogliceryny świadczył o spadku oporu naczyniowego. W drugiej grupie pacjentów porównano zmian parametrów HSR PW z PWV wyznaczoną na podstawie metody NMR. Badania wykazały, że u osób ze zdiagnozowanym nadciśnieniem tętniczym prędkość fali tętna była wyższa niż w grupie kontrolnej o około 29% i wyniosła 8,5 4,2 m/s. Otrzymane wyniki korespondują z parametrem K1/K2. Na podstawie przedstawionych w niniejszej pracy badań można stwierdzić, że HSR PW wykazała dużą czułość w wykrywaniu zmian oporu naczyniowego u osób z nadciśnieniem tętniczych w testach FMD i NID oraz dobrze korespondują z PWV wyznaczoną na podstawie NMR.
Analiza numeryczna własności magnetycznych wielocentrowych klastrów molekularnych
(2013-05-21) Antkowiak, Michał; Kamieniarz, Grzegorz. Promotor
Celem niniejszej pracy było przeprowadzenie analizy własności termodynamicznych wybranych nanomagnetyków molekularnych bazujących na pierścieniach złożonych z 8 i 9 jonów chromu, a także domieszkowanych jonami kadmu i niklu, przy użyciu realistycznych modeli kwantowych i wiarygodnych symulacji komputerowych. Użyliśmy metody ścisłej diagonalizacji dającej numerycznie dokładne wyniki. Wykorzystaliśmy symetrię molekuł oraz równoległe środowisko obliczeniowe w celu zniwelowania problemu diagonalizacji dużych macierzy. Porównując strukturę energetyczną molekuły Cr7Cd z wynikami eksperymentu EPR ustaliliśmy, że powinna być ona opisana przez model z anizotropią typu łatwej osi, dzięki któremu można uzyskać zgodne z eksperymentem wyniki podatności i namagnesowania oraz przerwy energetyczne dla najniżej leżących multipletów. Używając modelu z zaburzeniem jednego z wiązań uzyskaliśmy bardzo dobre dopasowanie do eksperymentalnych wyników podatności i namagnesowania dla molekuły Cr9. Obliczyliśmy również wskaźniki frustracji występującej w pierścieniach z nieparzystą liczbą spinów. Zaproponowaliśmy trzy nowe warianty modelu molekuły Cr8Ni otrzymane przez dopasowanie podatności oraz dokonaliśmy analizy jej struktury energetycznej. Pokazaliśmy występowanie różnych typów efektu magnetokalorycznego dla molekuł Cr9, Cr8 i Cr8Ni – normalnego, odwrotnego i mieszanego.
Analiza splątania układów kwantowych dla ścisłych rozwiązań podstawienia Bethego
(2013-01-09) Stagraczyński, Ryszard; Lulek, Tadeusz. Promotor
Głównym obiektem badań jest jednowymiarowy izotropowy pierścień magnetyczny o (N={4,5,6,7}). W każdym z węzłów znajduje się spin ½ który może oddziaływać jedynie ze spinami z sąsiednich węzłów. Jak dobrze wiadomo rozpatrywany model jest ściśle rozwiązywalny a rozwiązania możemy otrzymać poprzez tzw. podstawienie Bethego. Formalne podobieństwo (w sensie struktury multiliniowej) do komputerów kwantowych powoduje iż magnetyk ten staje się niezwykle ciekawym obiektem z punktu widzenia kwantowego przetwarzania informacji. W niniejszej rozprawie podano dwa sposoby wyodrębnienia podukładów (węzły, struny). Analizując splątanie węzłów posłużono się dwiema znanymi z literatury miarami: współbieżność (concurrence) oraz negatywność (negativity). Otrzymane wyniki wskazują iż splątanie węzłów jest raczej sporadyczne. Analiza splątania strun wymagała rozwinięcia nowych narzędzi. Wyniki wskazują na istnienie znacznego splątania pomiędzy strunami.
Analiza strukturalna wodnych roztworów lizozymu
(2010-11-18T10:29:01Z) Szymańska, Agnieszka; Ślósarek, Genowefa. Promotor
Niniejsza praca wyjaśnia na poziomie molekularnym mechanizmy tworzenia różnych form strukturalnych stanów pośrednich białka, które prowadzą do powstania struktury włóknistej. Prezentuje nowe koncepcje oraz nowe wyniki badań in vitro dotyczące form strukturalnych lizozymu. W pracy opisano wyniki uzyskane metodą rozpraszania światła, metodami reologicznymi, metodą spektrofotometryczną z użyciem barwnika czerwień Kongo, oraz za pomocą spektroskopii CD i badania z wykorzystaniem barwnika fluorescencyjnego. Analiza kinetyki tworzenia uporządkowanych agregatów potwierdziła istnienie etapu nukleacji i elongacji w tym procesie. Analizy stabilności włóknistych form strukturalnych pozwoliły wysunąć interesującą hipotezę. Obecność kwasu acetylosalicylowego o stężeniu 6mg/ml powoduje zniszczenie włóknistej struktury białka. Z uporządkowanej konformacji tworzą się bezpostaciowe, amorficzne struktury.
Analiza struktury elektronowej obiektów nanoskopowych izolowanych lub adsorbowanych na powierzchni oraz ich rola w magnetyzmie molekularnym
(2014-06-16) Ślusarski, Tomasz; Kostyrko, Tomasz. Promotor; Kamieniarz, Grzegorz. Promotor
Przedmiotem rozprawy są własności elektronowe i magnetyczne obiektów nanoskopowych swobodnych i adsorbowanych na powierzchni złota. Jako obiekt nanoskopowy rozumiemy tutaj izolowaną molekułę magnetyczną. Głównym naszym celem jest zbadanie jak zmieniają się własności tego typu molekuł, w przypadku gdy zostaną zaadsorbowane na powierzchni metalu lub wejdą w skład złącza molekularnego. Przedstawione wyniki dotyczące adsorpcji pozwalają przypuszczać, że molekuły te mogą być wykorzystywane jako grupy funkcyjne warstw molekularnych. Stabilność ich struktury magnetycznej mogłaby mieć zastosowanie do zapisu informacji na pojedynczej zaadsorbowanej jednostce. Mogą być one również wykorzystane jako składnik urządzenia diodowego lub sensora.
Badania korelacji molekularnych ciekłych pochodnych cykloheksanu metodą analizy rentgenowskiej
(2012-06-25T08:17:27Z) Nowakowski, Krzysztof; Drozdowski, Henryk. Promotor
Celem mojej pracy doktorskiej jest rentgenowska analiza strukturalna wybranych ciekłych pochodnych cykloheksanu i cykloheksanonu. Niniejsza rozprawa poświęcona jest również zastosowaniom zjawiska dyfrakcji promieni rentgenowskich do badania oddziaływań wewnątrzmolekularnych i międzymolekularnych oraz struktury bliskiego zasięgu w cieczach. Metoda WAXS daje informacje o odległościach międzyatomowych i międzymolekularnych w granicach od 0Å do 20Å. W pierwszym etapie badań korelacji molekularnych metodą szerokokątowej dyfrakcji rentgenowskiej zbadałem izomery ekwatorialne pochodnych cykloheksanu. Związki te powstają w wyniku substytucji atomu wodoru w molekule cykloheksanu odpowiednią grupą funkcyjną: -CH3, -NH2, -OH. Analizowałem, jaki wpływ na różnicowe funkcje rozkładów radialnych gęstości elektronowej, a tym samym na rozkłady przestrzenne molekuł, mają grupy funkcyjne: metylowa (-CH3), aminowa (-NH2), hydroksylowa (-OH). W drugim etapie przeprowadziłem badania izomerii położeniowej w następujących metylopochodnych cykloheksanonu: 2–, 3–, 4–metylocykloheksanonie. Celem tych badań było ustalenie wpływu zmiany położenia grupy metylowej na korelacje międzymolekularne w ciekłych metylopochodnych cykloheksanonu. Cykloheksanon stanowi osnowę, do której dołączona jest jedna grupa metylowa w położeniu orto-, meta-, para- w metylocykloheksanonie. Podjąłem próbę ustalenia, czym różni się struktura uporządkowania bliskiego zasięgu molekuł cykloheksanonu od podobnych struktur uporządkowań bliskiego zasięgu w metylopochodnych cykloheksanonu.
Badania nad strukturą i właściwościami wybranych polimerów zbudowanych z poli(N-izopropyloakryloamidu) i ich potencjalne zastosowanie w medycynie
(2015-07-03) Śliwa, Tomasz; Gapiński, Jacek. Promotor
Poli(N-izopropyloakryloamid) (PNIPAM) należy do termoczułych polimerów, dla którego dolna krytyczna temperatura rozpuszczalności (LCST) wynosi ok. 32°C. W ramach dysertacji przeprowadzony został szereg eksperymentów mających na celu określenie właściwości fizyczne wybranych kopolimerów: PNIPAM-alliloamina, PNIPAM-winyloimidazol i PNIPAM-kwas metakrylowy. Przeprowadzono m.in. pomiary statycznego (SLS) i dynamicznego (DLS) rozpraszania światła, pomiary potencjału zeta, pomiary Brillouina, Ramana, uzyskano widma temperaturowe 1H NMR, dokonano obrazowania mikroskopią fluorescencyjna, SEM oraz cryo-TEM. Pomiary efektywności wiązania oraz uwalniania substancji prowadzono z wykorzystaniem modelowego barwnika Orange II. Badania dotyczące zdolności kopolimerów do internalizacji barwnika wykazały możliwość związania 87% barwnika zawartego w roztworze w temperaturze powyżej LCST. Związany barwnik może być stopniowo uwalniany, co wykazano pomiarami spektrofotometrycznymi oraz obrazowaniem. Potwierdzono także możliwość całkowitego, kontrolowanego uwolnienia uprzednio związanej substancji poprzez zmianę pH środowiska. Jak wynika z literatury PNIPAM jest biozgodny, zatem uzyskane w niniejszej pracy wyniki mogą posłużyć w projektowaniu systemu kontrolowanego uwalniania leku z wykorzystaniem polimerów na bazie PNIPAM.
Badania procesu amyloidogenezy w obecności surfaktantów gemini oraz z wykorzystaniem technik mikrofluidycznych
(2017) Gospodarczyk, Witold; Kozak, Maciej. Promotor
Jedną ze specyficznych form agregacji białek jest amyloidogenna agregacja (amyloidogeneza), w której łańcuchy polipeptydowe, przechodząc zmiany konformacyjne, łączą się w charakterystyczne długie, włóknopodobne agregaty zwane fibrylami. Podstawowe badania molekularne nad tym procesem mają ogromne znaczenie praktyczne, gdyż ta forma agregacji jest odpowiedzialna za rozwój poważnych chorób człowieka, m.in. choroby Alzheimera, choroby Parkinsona i wielu innych. W dążeniu do przybliżenia się do poznania dokładnego mechanizmu molekularnego agregacji amyloidowej w niniejszej pracy jako cel postawiono zbadanie wpływu przepływu roztworów białka lizozymu oraz peptydu Aβ42 w układzie mikrofluidycznym na tempo tworzenia się amyloidogennych agregatów tych biopolimerów. Przepływ w kanale o niewielkiej średnicy w pewnym stopniu imituje przepływ cieczy w naczyniach krwionośnych organizmu; znaczeniem tych badań było zatem stwierdzenie, czy taka długotrwała cyrkulacja i towarzyszące jej siły ścinające mogą stanowić czynnik ułatwiający formowanie amyloidogennych agregatów. Wyniki tych badań wskazują wyraźnie, że pod wpływem przepływu mikrofluidycznego amyloidogeneza badanych białek zachodziła w diametralnie krótszym czasie. W pracy zbadano także wpływ surfaktantów gemini, interesującej klasy surfaktantów, na amyloidogenną agregację białka lizozymu oraz peptydu Aβ42. Ustalono, że zastosowane surfaktanty wykazywały działanie prowadzące do zahamowania lub opóźnienia agregacji, lub do częściowego rozplatania utworzonych fibryli badanych biopolimerów.
Badania strukturalne i spektroskopowe kompleksów czwartorzędowych soli bis-imidazoliowych z lipidami i kwasami nukleinowymi
(2016-02-04) Kida, Wojciech; Kozak, Maciej. Promotor
Systemy dostarczania leków muszą spełniać szereg wymogów, ale przede wszystkim muszą być bezpieczne (nietoksyczne) oraz skuteczne. Najprostszy system do transportu leków składa się z substancji leczniczej (cząsteczki leku, białka lub genu) zamkniętej w odpowiednio dobranym systemie dostarczania. W ramach niniejszej pracy przebadano układy bazujące na lipidach, surfaktantach oraz ich mieszaninach, jako nowe, obiecujące niewirusowe nośniki kwasów nukleinowych w terapii genowej. Celem badań była analiza wpływu czterech surfaktantów gemini na zachowanie strukturalne i fazowe wodnych roztworów fosfolipidu (DPPC), a następnie określenie możliwości zastosowania tych układów jako wektorów w terapii genowej. Układy te scharakteryzowano za pomocą małokątowego rozpraszania promieniowania rentgenowskiego (SAXS), różnicowej kalorymetrii skaningowej (DSC), spektroskopii podczerwieni z transformatą Fouriera (FTIR). Spektroskopii dichroizmu kołowego, (CD), testów elektroforetycznych, a także przeprowadzono testy cytotoksyczności badanych surfaktantów. Wyniki przeprowadzonych pomiarów pozwoliły ocenić związek między geometrią badanych surfaktantów dikationowych, a tworzonymi przez nie strukturami w układach dwu- i trój-składnikowych. Badania strukturalne wykazały, że surfaktanty destabilizują struktury lamelarne typowe dla DPPC i indukują formowanie innych faz strukturalnych. Badania kompleksowania kwasów nukleinowych wykazały, że najbardziej skuteczny jest surfaktant gemini z heksadecylowymi łańcuchami bocznymi oraz dłuższym - heksanowym łącznikiem.
Badania strukturalne wybranych białek uczestniczących w obronie przeciwko patogenom u Hordeum vulgare
(2015-06-19) Taube, Michał; Kozak, Maciej. Promotor
Rośliny nieustannie narażone są na ataki ze strony patogenów takich jak bakterie, wirusy czy grzyby. Jednym z elementów molekularnych mechanizmów obronnych rośliny są receptory R. Białka R rozpoznają patogenne cząsteczki wewnątrz komórki roślinnej i uruchamiają odpowiedź obronną. Do poprawnego pełnienia swojej funkcji białka R potrzebują udziału kompleksu białek HSP90-SGT1-RAR1. W niniejszej pracy zostały przedstawione wyniki badań nad strukturą poszczególnych białek kompleksu w roztworze za pomocą małokątowego promieniowania rentgenowskiego oraz spektroskopii dichroizmu kołowego. Analiza otrzymanych wyników pozwoliła na wymodelowanie niskorozdzielczej struktury badanych białek oraz wykazanie, że białka SGT1 i RAR1 mają dynamiczną konformację w roztworze. Jednocześnie wykazano, że dimeryzacja domeny TPR białka SGT1 z jęczmienia, rzodkiewnika pospolitego oraz drożdży zależy od siły jonowej, która nie ma wpływu na strukturę i stan oligomeryczny domeny TPR ludzkiego homologa. Zbadano również wpływ wiązania nukleotydów, temperatury i siły jonowej na dynamikę konformacyjną białka HSP90 z pszenicy. Zarówno siła jonowa i temperatura powodują przesunięcie równowagi w stronę konformacji otwartej. Wiązanie nukleotydów nie powoduje natomiast dramatycznych zmian konformacyjnych. Określono także, niskorozdzielczą strukturę kompleksu białek HSP90-SGT1ΔSGS z ADP. W kompleksie tym białko HSP90 ma otwartą konformację. Wiązanie białka HSP90 powoduje dysocjację dimeru białka SGT1. Jednocześnie monomer białka SGT1 wiąże się w sposób asymetryczny do białka HSP90 w stosunku stechiometrycznym 1:2.
Badania strukturalne wybranych, potencjalnie neurotoksycznych oligomerów ludzkiej cystatyny C (HCC)
(2015-10-28) Murawska, Magdalena; Kozak, Maciej. Promotor
W ramach niniejszej pracy doktorskiej postawiłam sobie za cel uzyskanie modeli struktur potencjalnie neurotoksycznych oligomerów ludzkiej cystatyny C (HCC). Aby osiągnąć ten cel przeprowadziłam charakterystykę strukturalną stabilizowanych kowalencyjnie form oligomerycznych HCC przy użyciu czterech wybranych metod badawczych: SAXS z wykorzystaniem promieniowania synchrotronowego (DESY, Hamburg), TEM, AFM oraz dynamiki molekularnej. Analiza wyników otrzymanych za pomocą wyżej wymienionych metod ujawniła, że wyższe formy oligomeryczne HCC (dekamery, dodekamery) przyjmują kształt płaskiego pierścienia (donatu) z pustą przestrzenią w centralnej części struktury. Grubość pierścienia wynosząca około 2 nm koresponduje z wysokością jednej podjednostki HCC. Zbudowane modele struktury dekameru i dodekameru HCC wykazywały w trakcie dynamiki molekularnej dużą stabilność, która przejawiała się dobrym stopniem zachowania struktury drugorzędowej testowanych modeli, obecnością trwałych wiązań wodorowych tworzących się pomiędzy podjednostkami cystatyny w oligomerach oraz osiągnięciem plateau na wykresie zmian energii potencjalnej w trakcie symulacji dynamiki molekularnej. Z kolei analiza danych SAXS dla mniejszych form oligomerycznych stabilizowanego kowalencyjnie HCC (dimeru, trimeru) pozwoliła wykazać, że dimer HCC przyjmuje w roztworze formę zgiętą, odpowiadającą strukturze krystalograficznej dimeru w fazie regularnej (PDB: 1G96), natomiast niskorozdzielczy model 3D trimeru HCC ujawnił, że jego molekuła charakteryzuje się strukturą domkniętą o trójkrotnej osi symetrii.
Badania struktury i dynamiki konformacyjnej lipopleksów na bazie surfaktantów gemini jako nanonośników do terapii genowej
(2013-11-12) Pietralik, Zuzanna; Kozak, Maciej. Promotor
Niezwykle istotny w terapii genowej jest system dostarczania kwasu nukleinowego (tzw. wektor), który ma zwiększyć wydajność transportu nowego DNA do komórek i chronić materiał genetyczny przed uszkodzeniem. Obiecującą alternatywą dla obecnie stosowanych wektorów wirusowych wydają się być systemy oparte na związkach amfifilowych. Wśród nich dobrymi kandydatami są surfaktanty gemini (składające się z dwóch hydrofobowych łańcuchów i dwóch kationowych głów powiązanych przez grupę łącznikową). Badania przeprowadzono na trzech typach systemów: fosfolipid/surfaktant, fosfolipid/surfaktant/kwas nukleinowy oraz surfaktant/kwas nukleinowy (DNA i siRNA). Zostały one charakteryzowane za pomocą małokątowego rozpraszania promieniowania synchrotronowego (SAXS), różnicowej kalorymetrii skaningowej (DSC), spektroskopii podczerwieni z transformatą Fouriera (FTIR), spektroskopii dichroizmu kołowego (CD) i elektroforezy w żelu agarozowym. Badana grupa surfaktantów powoduje obniżenie temperatur przemian fazowych w układach z fosfolipidem oraz destabilizację formowanych przez niego struktur lamelarnych indukując przy tym powstawanie faz unilamelarnych, a także fazy regularnej. W układach z DNA, przy wartości stosunku ładunku dodatniego do ujemnego p/n > 1, obserwowano kondensację kwasu nukleinowego i utworzenie stabilnych kompleksów. Wykazano także zdolność surfaktantów do kompleksowania jednoniciowego i dwuniciowego oligomeru siRNA. Otrzymane wyniki pozwoliły wytypować układy będące najbardziej obiecującymi kandydatami do zastosowania w terapii genowej do transportu zarówno DNA jak i siRNA.
Badania uporządkowania bliskiego zasięgu molekuł w trójpochodnych benzenu metodą dyfrakcji rentgenowskiej
(2016) Hałas, Tomasz; Drozdowski, Henryk. Promotor
Tematyka rozprawy doktorskiej dotyczy aktualnego problemu z fizyki fazy skondensowanej, jakim jest rentgenowska analiza strukturalna złożonych cieczy molekularnych. Przedmiotem badań były wybrane ciecze z grupy trójpodstawionych pochodnych benzenu, które zawierają grupy funkcyjne: , a mianowicie: 1,3,5–trimetylobenzen (mezytylen), 1,3,5–trichlorobenzen i 1,3,5–tri-tert-butylobenzen oraz 1,3,5–trifenylobenzen. Głównym celem pracy było wykazanie istnienia krótkozasięgowego uporządkowania w wybranych trójpochodnych benzenu w fazie ciekłej. Analizowano jaki wpływ na rozkład przestrzenny molekuł – na funkcje radialnych rozkładów gęstości elektronowej – mają trzy atomy chloru oraz trzy grupy metylowe, fenylowe i butylowe dołączone do pierścienia fenylowego. Wyniki analizy Fouriera posłużyły do znalezienia najbardziej prawdopodobnych wzajemnych ułożeń i orientacji molekuł czystych trójpodstawionych pochodnych benzenu. W niniejszej rozprawie podjęto próbę znalezienia – w przypadku trójpodstawionych pochodnych benzenu – zależności między parametrami strukturalnymi podstawionego pierścienia a naturą podstawników. Zasadniczym osiągnięciem w niniejszej rozprawie jest rozwiązanie struktury najbliższego uporządkowania w badanych trójpochodnych benzenu, czyli podanie sposobu ułożeń i orientacji tych molekuł. Stwierdzono istnienie uporządkowania bliskiego zasięgu molekuł w zakresie do 2 nm. Określono najbardziej prawdopodobne modele wzajemnych ułożeń i orientacji cząsteczek w lokalnych zespołach uporządkowania.
Badania wybranych reakcji przeniesienia elektronu w centrach reakcji bakterii purpurowych za pomocą pomiarów zmian absorpcji w czasie
(2015-01-20) Pajzderska, Maria; Gibasiewicz, Krzysztof. Promotor
W pracy przedstawiono wyniki badania początkowych reakcji przeniesienia elektronu w centrach reakcji (CR) bakterii purpurowych: otwartych, charakteryzujących się swobodnym przepływem elektronów, i zamkniętych, w których naturalna ścieżka transportu elektronu została zablokowana na jednym z etapów. Przebadano CR z dzikiego szczepu oraz z zestawu szczepów zmutowanych tak, aby zmienić wartość przerwy energetycznej pomiędzy P+BA- a P+HA-, gdzie P jest donorem, a BA i HA są kolejnymi akceptorami elektronu. Celem pracy było skonstruowanie modelu rekombinacji ładunku spójnego z otrzymanymi wynikami eksperymentalnymi. Praca składa się z dwóch głównych części: wprowadzenia, zawierającego podst. informacje o fotosyntezie, bakteriach purpurowych, CR, a także o przebadanych próbkach i metodach pomiarowych. Część druga prezentuje wyniki i wnioski z wykonanych pomiarów, z których za najważniejsze uznać można obserwację stanu P+BA- w niezmutowanych CR oraz kilkuwykładniczy zanik stanu P+HA- w zamkniętych CR, związany z rekombinacją ładunków. Na podstawie przedstawionych wyników oszacowano wartość przerwy energetycznej ΔG między stanami P+BA- i P+HA- zarówno w skali czasu rozdziału ładunku (kilka ps), jak i rekombinacji (kilkaset ps – kilkanaście ns), oraz skonstruowano spójny model rekombinacji ładunku w zamkniętych CR, zgodnie z którym rekombinacja zachodzi za pośrednictwem stanu P+BA-, a poziom stanu P+HA- względem P+BA- obniża się w czasie w wyniku relaksacji – biernej odpowiedzi białka na pojawiające się w układzie ładunki. Relaksacja i rekombinacja są procesami kompetycyjnymi, zachodzącymi w tej samej skali czasu.
Badania właściwości fizyko-chemicznych kompleksów dsDNA i siRNA z nowymi czynnikami transfekcyjnymi
(2021) Andrzejewska, Weronika; Kozak, Maciej. Promotor
Jednym z aktualnych wyzwań stojących przed medycyną jest perspektywa skutecznego leczenia szerokiego spektrum chorób dotąd nieuleczalnych. Rozwiązaniem wydaje się być rozwijana w ciągu ostatnich dekad terapia genowa, polegająca na leczeniu chorób o podłożu genetycznym przy pomocy terapeutycznych fragmentów kwasów nukleinowych (np. siRNA). Pomimo dobrze określonych założeń teoretycznych oraz szeregu pomyślnie przeprowadzonych testów, swobodne i nieograniczone zastosowanie terapii genowej w celach terapeutycznych jest nadal ogromnym wyzwaniem. Skuteczne ominięcie mechanizmów odpowiedzi immunologicznej komórek docelowych pacjenta jest bardzo trudne. W obliczu tych faktów ważnym problemem okazuje się być pomyślne przeprowadzenie procesu transfekcji, czyli wprowadzenia materiału terapeutycznego do wnętrza komórek docelowych. Interesującą grupą związków chemicznych wykazujących pożądane właściwości są oligomeryczne surfaktanty kationowe. W ramach niniejszej rozprawy jako czynniki transfekcyjne testowano dwie serie surfaktantów typu dikationowego oraz dwa surfaktanty trikationowe. Na podstawie badań stwierdzono, że wszystkie te surfaktanty trwale kompleksują oligomery dsDNA i siRNA tworząc ich stabilne lipopleksy, przy czym najwydajniej proces ten zachodzi przy użyciu surfaktantów z grupy dichlorków amoniowych. Otrzymane wyniki są bardzo obiecujące i predestynują testowane surfaktanty oligomeryczne do dalszych badań nad ich potencjalnym zastosowaniem w terapii genowej.
Badanie dynamiki molekularnej oraz struktury kopolimerów metodą NMR oraz spektroskopii dielektrycznej
(2011-10-14T13:19:28Z) Jenczyk, Jacek; Jurga, Stefan. Promotor
Kopolimery blokowe reprezentują ciekawą klasę materiałów polimerowych, cieszącą się coraz większym zainteresowaniem w środowiskach naukowych oraz technologicznych. Budowę makromolekuły kopolimeru stanowi kowalentne połączenie dwóch bądź większej ilości łańcuchów polimerowych (bloków) o odpowiednio dobranych pod względem aplikacyjnym własnościach. Cechy fizyczne kopolimeru zależą w efekcie zarówno od właściwości składników (architektura łańcucha, ciężar molekularny, własności termiczne) jak również od oddziaływań pomiędzy tymi składnikami. Ze względu na możliwość wystąpienia w układach kopolimerowych zjawiska samoorganizacji łańcuchów polimerowych, prowadzącego do powstania periodycznych struktur domenowych o wymiarach rzędu nanometrów, wiąże się z nimi duże nadzieje w rozwoju nanotechnologii. Badania przedstawione w pracy skoncentrowane były przede wszystkim na określeniu wpływu architektury domenowej kopolimeru oraz zmiany ciężaru molekularnego kopolimeru na dynamikę molekularną poszczególnych bloków. Za cel dodatkowy postawiono sobie określenie rozmiarów domen w lamelarnych strukturach periodycznych badanych kopolimerów przy zastosowaniu alternatywnego, w stosunku do klasycznych metod rozproszeniowych, eksperymentu bazującego na zjawiskach jądrowego rezonansu magnetycznego oraz dyfuzji spinowej. Przebadano dwa symetryczne kopolimery poli(styrenu-b-izpoprenu): PS(11500)-b-PI(10500), PS(45000)-b-PI(46000) oraz dodatkowo przeprowadzono badania homopolimerów polistyrenu oraz poliizoprenu jako próbek referencyjnych.
Badanie dynamiki molekularnej w związku inkluzyjnym tiomocznika i bromku pirydyniowego
(2010-11-05T13:27:41Z) Marczak, Andrzej; Czarnecki, Piotr. Promotor
Celem pracy jest badanie dynamiki molekularnej związku inkluzyjnego tiomocznika i bromku pirydyniowego. Substancja ta należy do grupy związków zawierających kationy pirydyniowe, których dynamika podlega rozległym badaniom. Wiele substancji z tej grupy wykazuje własności ferroelektryczne. Związki inkluzyjne są ciekawą częścią tej grupy. W związku inkluzyjnym tiomocznika i bromku pirydyniowego (oznaczanym jako TPyBr) stwierdzono dwa przejścia fazowe, przy czym przejście w temperaturze T2 = 155 K jest nieciągłe (I rodzaju) a przejście w temperaturze T1 = 178 K – ciągłe (II rodzaju). Opisano badania rozważanego związku różnorodnymi metodami, które wzajemnie się uzupełniają i potwierdzają. Wykonano badania rentgenowskie, kalorymetryczne, spektroskopii dielektrycznej, badania ciśnieniowe, kwazielastyczne rozpraszanie neutronów oraz spektroskopię mionową. Wnioski z badań: związek wykazuje dwie przemiany fazowe: nieciągłą i ciągłą, przemiana nieciągła jest przemianą typu porządeknieporządek, przemiana ciągła zachodzi między dwoma nieuporządkowanymi fazami, struktura gospodarza stanowi względnie sztywną strukturę, kationy pirydyniowe wbudowane w kanały tiomocznikowe wykonują ruch wokół osi pseudosześciokątnej prostopadłej do płaszczyzny cząsteczki, kationy pirydyniowe wykonują również ruchy względem osi znajdujących się w płaszczyźnie cząsteczki – amplituda tych ruchów jest duża.

Browse

Browsing Wydział Fizyki (WF)/Faculty of Physics by Title

Results Per Page

Sort Options