Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/10593/12951
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorBujnicki, Janusz M. Promotor-
dc.contributor.advisorMinor, Władysław. Promotor-
dc.contributor.authorMajorek, Karolina Anna-
dc.date.accessioned2015-05-04T11:13:41Z-
dc.date.available2015-05-04T11:13:41Z-
dc.date.issued2015-05-04-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10593/12951-
dc.descriptionWydział Biologiipl_PL
dc.description.abstractCelem pracy było wyjaśnienie związku między sekwencją, strukturą i funkcją poprzednio niescharakteryzowanego białka z nadrodziny GNAT PA4794 z Pseudomonas aeruginosa. Przeprowadzono analizę z użyciem metod krystalografii rentgenowskiej oraz biochemii. Uzyskane wyniki pokazały, iż PA4794 wybiórczo acetyluje grupę Nε C-końcowej lizyny peptydów, co sugeruje, że PA4794 może pełnić funkcję acetylotransferazy białek. Zidentyfikowano rownież zbiór zwiazków, w tym antybiotyki z grupy cefalosporyn, które wiążą się w miejscu wiązania substratu i działają jako inhibitory PA4794. Wyznaczono struktury PA4794 w formie niezwiązanej z ligandem, a także w kompleksie z AcCoA, CoA, kilkoma antybiotykami i innymi związkami, oraz w potrójnym kompleksie z produktami reakcji: CoA i zacetylowanym peptydem. Dane krystalograficzne w połączeniu z wynikami izotermicznej kalorymetrii miareczkowej pozwoliły na wyznaczenie parametrów wiązania oraz cech strukturalnych najsilniej wiażących się zwiazków. Kolejnym aspektem poruszonym w tej pracy jest wpływ czynników doświadczalnych na strukturę PA4794, powtarzalność doświadczeń, oraz interpretację wyników. Omówiono czynniki takie jak fragmenty polihistydynowe używane w chromatografii powinowactwa, bufor HEPES oraz obecność śladowych ilości zanieczyszczeń. Zarówno fragmenty polihistydynowe jak i bufor HEPES wiążą się w miejscu wiązania substratu PA4794, wpływając na jego aktywność i strukturę.pl_PL
dc.description.abstractThe aim of this work was to elucidate the sequence-structure-function relationship of the previously uncharacterized GNAT superfamily protein PA4794 from Pseudomonas aeruginosa. A combination of X-ray crystallography and several biochemical methods of characterization were applied. The obtained results show that it selectively acetylates the Nε group of the C-terminal lysine of peptides, which suggests that PA4794 functions as a protein acetyltransferase. Further, a number of molecules were identified, including cephalosporin antibiotics, which bind in its substrate-binding site and work as inhibitors of PA4794. The structure of PA4794 has been determined in the apo-form, in complexes with AcCoA, CoA, several antibiotics and other small molecules, and as a ternary complex with the products of the reaction: CoA and acetylated peptide. The crystallographic data, together with isothermal titration calorimetry experiments, allowed determination of the binding parameters as well as the structural features of the best binders. Another aspect investigated in this work was the influence of experimental factors on the structure of PA4794, the reproducibility of experiments, and the interpretation of results. These parameters include the presence or absence of the polyhistidine affinity tag, HEPES buffer, and minor purification contaminants. A polyhistidine tag and the buffer molecule HEPES bind in the PA4794 substrate-binding site, and influence its structure and activity.pl_PL
dc.language.isoenpl_PL
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/restrictedAccesspl_PL
dc.subjectacetylotransferazapl_PL
dc.subjectacetyltransferasepl_PL
dc.subjectkrystalografia rentgenowskapl_PL
dc.subjectX-ray crystallographypl_PL
dc.subjectinhibitorpl_PL
dc.subjectinhibitorpl_PL
dc.subjectenzympl_PL
dc.subjectenzymepl_PL
dc.titleAnaliza strukturalna oraz funkcjonalna acetylotransferazy PA4794 z Pseudomonas aeruginosapl_PL
dc.title.alternativeStructural and functional analysis of an acetyltransferase PA4794 from Pseudomonas aeruginosapl_PL
dc.typeDysertacjapl_PL
Appears in Collections:Doktoraty (WB)
Doktoraty 2010-2022 /dostęp ograniczony, możliwy z komputerów w Bibliotece Uniwersyteckiej/

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Majorek_Karolina_praca-doktorska_UAM-WB_2015.pdf
  Restricted Access
12.21 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record



Items in AMUR are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.