2026-10-02T01:00:58Zhttps://repozytorium.amu.edu.pl/server/oai/requestoai:repozytorium.amu.edu.pl:10593/100902026-07-09T10:26:06Zcom_10593_4com_10593_51col_10593_765col_10593_357
AMUR - Repozytorium Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
advisor
Łomozik, Lechosław. Promotor
author
Drożdżal, Paweł
2014-02-20T14:32:36Z
2014-02-20T14:32:36Z
2014-02-20
http://hdl.handle.net/10593/10090
Zarejestrowano wysokorozdzielcze dane i rozwiązano struktury kryształów nie opisywanych dotychczas w literaturze kompleksów d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+ i d(CGCGCG)2–Cr3+ oraz RNA:DNA–Mg2+. Za wyjątkiem kompleksu z Mn2+, w pozostałych strukturach z Z-DNA łańcuch kwasu nukleinowego wykazuje nieuporządkowanie (podwójne konformacje), którego stopień można uszeregować w następującej kolejności d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. Uzyskane w niniejszej pracy rezultaty świadczą o wysokim stopniu labilności konformacyjnej helisy d(CGCGCG)2. Uzyskane rezultaty dla RNA:DNA–Mg2+ dotyczące konformacji i parametrów helikalnych porównano z wartościami charakteryzującymi dwa, jak dotąd, opisane dupleksy RNA:DNA z sekwencją analogiczną do PPT. Analiza porównawcza wykazała różnice w konformacji cukrów, stopniu nieuporządkowania nici RNA, oddziaływaniach warstwowych w regionie a5-g6-a7 i w trajektorii osi helisy. Przekształcenia strukturalne zaobserwowane dla kompleksu RNA:DNA–Mg2+ występują w wielu miejscach łańcucha RNA z sekwencją PPT, co sugeruje, że są jednym z warunków wstępnych w efektywnej syntezie retrowirusowego DNA przez RT/HIV-1. Uzyskane wyniki wzbogacają wiedzę o procesie odwrotnej transkrypcji w retrowirusach oraz o stabilności kwasu nukleinowego w formie Z-DNA.
High-resolution data were recorded and structures were solved of crystals of d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+, d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+, d(CGCGCG)2–Put2+–K+, d(CGCGCG)2–Cr3+ and RNA:DNA–Mg2+ complexes that have not yet been reported in the literature. With the exception of the complex with Mn2+, the nucleic acid chain shows a disorder (alternate conformations) in the remaining structures with Z-DNA. The degree of this disorder is as follows: d(CGCGCG)2–Cr3+ > d(CGCGCG)2–Put2+–K+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Zn2+ > d(CGCGCG)2–Spm4+–Mn2+. The results obtained in the present study of new Z-DNA complexes indicate a high degree of conformational lability for the d(CGCGCG)2 helix. The results concerning the conformation and helical parameters obtained for the RNA:DNA–Mg2+ complex were compared with the values characterizing two RNA:DNA duplexes with the PPT sequence of the HIV-1 virus, described to date. A comparative analysis has shown differences in sugar pucker, the degree of disorder of the RNA strand, stacking interactions in the a5-g6-a7 region and trajectory of the helix axis between the dodecamer and decamer of RNA:DNA with PPT sequence. Structural transformations observed in the RNA:DNA–Mg2+ complex occur in many sites of the RNA chain with PPT sequence, which suggests that they are one of preconditions in the effective synthesis of retroviral DNA by RT/HIV-1. The data obtained as a result of the studies correspond to reverse transcription processes in retroviruses and are associated with possibilities of nucleic acid stabilization in Z-DNA form.
pl
kwasy nukleinowe
nucleic acids
struktura krystalograficzna
crystal structure
kationy metali
metal cations
poliaminy biogenne
biogenic polyamines
oddziaływania
Non-covalent interaction
Badania strukturalne kompleksów Z-DNA oraz hybrydy RNA:DNA z kationami organicznymi i nieorganicznymi
doctoral thesis
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
URL
https://repozytorium.amu.edu.pl/bitstreams/7d3b8d51-eb62-4da1-b903-d83c86459823/download
File
MD5
8fe193115029f3b9c559f7772acec19c
6517852
application/pdf
Pawel_Drozdzal_PhD.pdf
URL
https://repozytorium.amu.edu.pl/bitstreams/75fad1a6-9ed2-4544-9138-f4644bcc6c0b/download
File
MD5
51ca49daaec47ffeca05f421f8ba96eb
103729
text/plain
Pawel_Drozdzal_PhD.pdf.txt