Przewidywanie struktury RNA i oddziaływań białko-RNA - Puton, Tomasz (My University, 2013)
Celem pracy doktorskiej pt. „Przewidywanie struktury RNA i oddziaływań białko-RNA” było opracowanie i przetestowanie w praktyce programów komputerowych do przewidywania struktury drugorzędowej RNA oraz oddziaływań białek z RNA. W przypadku pierwszego zadania przeprowadzono zarówno testy dostępnych narzędzi, jak i opracowano meta-metodę do przewidywania oddziaływań białek z RNA, która została udostępniona za pomocą meta-serwera GeneSilico http://www.genesilico.pl/meta2. Z kolei w wyniku realizacji drugiego z celów stworzono automatyczny system testów narzędzi do przewidywania struktury drugorzędowej RNA, który udostępniony został poprzez internetowy serwer CompaRNA (http://comparna.amu.edu.pl/ oraz http://iimcb.genesilico.pl/comparna/). Projekt CompaRNA to inicjatywa analogiczna do projektów CASP (ang. Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) oraz Livebench, które doprowadziły do przełomu w rozwoju metod do modelowania struktur białek. Mam nadzieję, że wyniki testów narzędzi do przewidywania oddziaływań białek z RNA oraz struktury drugorzędowej RNA będą impulsem dla naukowców zajmujących się rozwijaniem metodologii do wypróbowania nowych rozwiązań, które przyczynią się do zwiększenia dokładności generowanych przewidywań.

The aim of the PhD project entitled „Prediction of RNA structure and protein-RNA interactions” was the benchmarking and development of new bioinformatics methods for 1) the prediction of protein-RNA interactions and 2) the prediction of RNA secondary structure. The first aim was achieved by an in-depth testing of web servers for the prediction of protein-RNA interactions and the development of a new meta-method, which is available via GeneSilico web server http://www.genesilico.pl/meta2. The second task was realized by implementing the CompaRNA server (http://comparna.amu.edu.pl/ & http://iimcb.genesilico.pl/comparna/) for the continuous benchmarking of programs for RNA secondary structure prediction. The CompaRNA project is analogous to the CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) and LiveBench initiatives, which allowed for a breakthrough in the field of protein structure prediction. I hope that the results of the benchmarks for the prediction of protein-RNA interactions and the prediction of RNA secondary structure will stimulate developers of such methods for trying new methodologies which will make predictions more accurate.
Prediction of RNA structure and protein-RNA interactions
Wydział Biologii: Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii
Keywords: RNA; struktura drugorzędowa; secondary Structure; oddziaływania; interactions; bioinformatyka; bioinformatics; benchmark