Nowe metody bioinformatyczne służące do przewidywania miejsc wiązania jonów metali i niskocząsteczkowych ligandów w strukturach RNA - Philips, Anna (My University, 2013)
Głównym celem prezentowanej rozprawy doktorskiej było stworzenie nowych programów komputerowych służących do przewidywania oddziaływań RNA z małymi cząsteczkami (np. potencjalnymi lekami) i jonami metali. Realizacja niniejszego projektu ma znaczenie dla postępu badań nad biologią RNA. W celu zrozumienia molekularnych mechanizmów działania RNA niezbędna jest wiedza o jego strukturze i oddziaływaniach z innymi cząsteczkami, gdyż to one determinują jego funkcje. W przypadku, gdy istnieją struktury krystaliczne możliwa jest analiza oddziaływań RNA z innymi związkami, jednak w przypadku, gdy dane te nie są dostępne, jedyną alternatywą jest skorzystanie z narzędzi bioinformatycznych. Konieczność podjęcia realizacji prezentowanego projektu jest motywowana brakiem wydajnych i w pełni automatycznych narzędzi tego typu. Powstałe w realizacji prezentowanej pracy doktorskiej narzędzia umożliwiają modelowanie kompleksów struktur RNA z jonami metali i niskocząsteczkowymi ligandami. Ocena siły wiązania opiera się na potencjałach statystycznych wyprowadzonych z bazy danych znanych struktur.

The main aim of this project is to create a new bioinformatics method for predicting ligand- and cation-binding sites in RNA structures (for example binding sites of drags acting on RNAs). This project will contribute to the field of RNA biology. The study of RNA-small molecule interactions are an extremely important aspect of contemporary molecular and clinical medicine. The understanding of mechanisms of small molecule recognition by RNA (and vice versa) and the ability to rationally design such interactions would greatly facilitate the design of novel drugs. However, until today an automated and freely available tool for comprehensive analysis of RNA-ligand and -cation interactions has not been created. Within this project I developed a computational method for prediction of ligand- and cation- binding sites in RNA structures, based on structural information of the RNA molecule, using the statistical potential approach.
New bioinformatics methods for prediction of metal- and ligand-binding sites in RNA structures
Wydział Biologii
Keywords: Potencjał statystyczny; Statistical potential; Oddziaływania RNA z kationami; RNA-cation interactions; Oddziaływania RNA z ligandami; RNA-ligand interactions