Różnicowa analiza sekwencji genomowych gametofitu męskiego i żeńskiego oraz genów ulegających specyficznej ekspresji w gametoficie męskim wątrobowca Pellia endiviifolia subspecies B - Sierocka, Izabela (My University, 2011)
Za obiekt badań molekularnych obrano rozdzielnopłciowego wątrobowca Pellia endiviifolia spB. W wyniku eksperymentu RDA przeprowadzonego na DNA genomowym izolowanym z kultur in vitro uzyskano 3 o specyficznej amplifikacji na DNA genomowym żeńskim oraz 7 o specyficznej amplifikacji na DNA genomowym męskim. Uzyskane fragmenty DNA różnicują genomy plech żeńskich i męskich hodowanych in vitro, nie odzwierciedlają jednak rzeczywistego stanu różnic w DNA genomowym męskim i żeńskim gatunku P.endiviifolia sp B.Aby zidentyfikować geny związane z wytwarzaniem plemni przez gametofity męskie P.endiviifolia spB zastosowano technikę RDA-cDNA. Do syntezy ds-cDNA wykorzystano całkowity RNA izolowany z plech zebranych z terenu, wytwarzających organy rozmnażania generatywnego. Jako wynik otrzymano zbiór fragmentów różnicowych długości ok. 300pz. W wyniku analiz RT-PCR zidentyfikowano 4 fragmenty cDNA specyficzne dla plech męskich. Fragmenty transkryptów genów TUA oraz RAB są specyficzne dla plech męskich, fragmenty transkryptów genów HMG oraz TS są specyficzne dla plech męskich wytwarzających plemnie, pochodzących z terenu. Geny HMG oraz TS są obecne zarówno w DNA genomowym plech męskich i żeńskich. Geny TUA oraz RAB występują wyłącznie w DNA genomowym plech męskich. Eksperymenty typu 5’ i 3’RACE oraz „spacer po genomie” pozwoliły na poznanie struktury wyselekcjonowanych genów P.endiviifolia spB.

As an object of molecular studies dioecious liverwort Pellia endiviifolia spB has been chosen. As a result of RDA experiment, carried out on the genomic DNA isolated from in vitro cultures, specific amplification of 3 female and 7 male genomic DNA fragments was obtained. The resulting DNA fragments differentiate narrow class of male/female individuals raised in vitro, but do not reflect the real state of differences in the male and female genomic DNA of P.endiviifolia spB. To identify genes associated with the antheridia production by the male gametophytes of P.endiviifolia spB RDA-cDNA technique was used. Ds-cDNA was synthesized on total RNA from thalli collected in the country and producing the generative organs. As a result a set of differential products ~300bp was obtained. RT-PCR analysis identified 4 cDNA fragments specific for male thalli. Transcripts fragments of genes TUA and RAB are specific to male thalli, transcripts fragments of genes HMG and TS are specific to male thalli producing antheridia and collected in the country. Genes HMG and TS encoded in both, male and female genome while genes TUA and RAB are present exclusively in the male genome of P.endiviifolia spB. The 5′ and 3′ RACE and the „genome walking” experiments allowed for the recognition of the detailed structure of selected genes.
Representational difference analysis of male and female gametophyte genomic sequences and genes specifically expressed in male gametophyte of liverwort Pellia endiviifolia subspecies B
Wydział Biologii: Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii
Keywords: Liverworts; Wątrobowce; Sexual reproduction; Rozmnażanie płciowe; Gametofit; Gametophyte; RDA; RDA-cDNA