Opracowanie nowych baz danych opisujących metabolizm kwasów nukleinowych. - Milanowska, Kaja (My University, 2013)
Głównym celem projektu było stworzenie elementów ujednoliconego systemu bazodanowego opisującego cały metabolizm kwasów nukleinowych. Taki system pozwoli na szersze spojrzenie na biologię systemów tych związków, dogłębną analizę szlaków, czy systematyzację wiedzy. Opracowanie tego typu podejścia będzie stanowiło krok milowy w dziedzinie biologii systemów kwasów nukleinowych, pozwoli lepiej zrozumieć wiele ważnych procesów biologicznych i da silny impuls do dalszych analiz doświadczalnych. W ramach niniejszego projektu powstały dwie bazy: REPAIRtoire – baza szlaków naprawy DNA i RNApathwaysDB – baza szlaków dojrzewania i degradacji RNA. Pierwszą bazą jest REPAIRtoire. Choć temat naprawy DNA jest poruszany przez wiele grup badawczych, a informacje znaleźć można w wielu źródłach, do tej pory nie powstało żadne na ten temat. REPAIRtoire to pierwsza taka baza, której celem istnienia jest nie tylko zgromadzenie informacji o systemach naprawy DNA, ale także usystematyzowanie wiedzy o powiązaniach ludzkich chorób z mutacjami występującymi w genach odpowiedzialnych za stabilność DNA oraz dostarczenie danych o źródłach i rodzajach czynników uszkadzających DNA. Drugą bazą jest RNApathwaysDB. Celem tego projektu było stworzenie źródła wiedzy o szlakach dojrzewania i degradacji RNA. Baza ta gromadzi informacje dotyczące reakcji np.: wycinania intronów, dojrzewania i degradacji tRNA, mRNA, rRNA; a także dane o cząsteczkach biorących w nich udział. Opisane bazy w przyszłości zostaną połączone w jeden spójny system, w którym będą nawzajem korzystać ze swoich danych, co spowoduje ich integrację i rozszerzenie funkcjonalności.

The main aim of the project was to create elements of a unified database system of nucleic acid metabolism. Such a system will generate a general view of the metabolism of nucleic acids, which will enable eg detailed analysis of particular parts of metabolism. The resulting resource should make a network analysis approach to the biology of nucleic acids not only feasible, but also generate a body of information that is more than the mere sum of its parts. There are two databases developed during the project: REPAIRtoire – a database of DNA repair pathways and RNApathwaysDB – a database of RNA maturation and decay. The first database is REPAIRtoire. Although the topic of DNA repair is covered by many computational resources thus far there has been no specialized database dedicated to DNA repair. REPAIRtoire is the first database of DNA repair pathways, which purpose is to gather together information about all DNA repair systems and proteins and to facilitate the access to knowledge about correlation of human diseases with mutation in genes responsible for DNA stability as well as information about the agents causing DNA damage. The second database is RNApathwaysDB. The goal of this project was to create a resource for RNA maturation anf degradation. The database gathers together set of information on all RNA reaction pathways eg splicing, RNA processing or degradation. The databases are to be merged together in a future to create one unified system.
Development of new biological databases of nucleic acids metabolism.
Wydział Biologii
Keywords: bioinformatyka; bioinformatics; bazy danych; databases; naprawa DNA; DNA repair; dojrzewanie i degradacja RNA; RNA degradation and decay; szlaki metaboliczne; metabolic pathways