Browsing by Author "Bryzghalov, Oleksii"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item Wykorzystanie danych transkryptomicznych oraz konserwacji ewolucyjnej w poszukiwaniu i charakterystyce długich niekodujących RNA u zwierząt(2021) Bryzghalov, Oleksii; Szcześniak, Michał. PromotorDługie niekodujące RNA(lncRNAs) stanowią intensywnie badaną, lecz wciąż stosunkowo słabo scharakteryzowaną klasę cząsteczek RNA licznie reprezentowanych w transkryptomie człowieka. Coraz więcej badań wskazuje na ich jednoznacznie znaczący udział w takich procesach komórkowych, jak transkrypcja, splicing, translacja, regulacja cyklu komórkowego czy apoptozy. Powiązano je również z szeregiem chorób człowieka. Tylko niewielka część tych cząsteczek została scharakteryzowana funkcjonalnie; analizy ewolucyjne lncRNA mogą w sposób znaczący przyczynić się do poprawy tej sytuacji, poprzez na przykład wskazanie tych lncRNA, które z ewolucyjnego punktu widzenia są najbardziej obiecującym przedmiotem badań. Niestety, w porównaniu z genami kodującymi białko, badania nad ewolucją lncRNA są utrudnione. W odpowiedzi na te ograniczenia, przygotowane zostało narzędzie lncEvo, potok analityczny wykonujący trzy następujące po sobie kroki: składanie transkryptomu ab initio w oparciu o dane RNA-Seq; identyfikacja lncRNA; badanie zależności ewolucyjnych dot. lncRNA pomiędzy dwoma wybranymi gatunkami. Ostatecznie, przygotowana została baza danych SyntDB, przechowująca informacje o zależnościach ewolucyjnych pomiędzy lncRNA człowieka oraz lncRNA zidentyfikowanymi u szeregu innych ssaków naczelnych; jest to odpowiedź na rosnące zapotrzebowanie na kolekcje ortologicznych oraz ewolucyjne zakonserwowanych lncRNA.