Repository logo
Help Add to Repository

Communities in AMUR

Now showing 1 - 32 of 32

Recent Submissions

Item
Wacław Borowy versus Adam Grzymała-Siedlecki. Spór o racje literatury polskiej
(Wydawnictwo Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, 2023) Gorczyński, Maciej; Panek, Sylwia
This book covers the polemic between Adam Grzymała-Siedlecki (1876–1967), historian and literary critic, and Wacław Borowy (1890–1950), literary scholar and historian. The publication unveils six texts from the period 1911–1957, where the polemic takes place over research methods in literature; the question being whether a scholar should accept the historical provenance and context of a work, or indeed also aim to explore a work independent of the external context of its essence. From the comments of the above-mentioned scholars it can be seen that what appears as a disagreement over a technical detail is treated as a fundamental matter on the issue of the very nature of Polish Literature. The introduction to the anthology places this polemic in a historical and political context in the first decade of Modernism and discusses both authors in relation to their biography, research in literature and literary criticism.
Item
Między idealizmem i naturalizmem. Jana Gnatowskiego i Józefa Kotarbińskiego dyskusja o modelu literatury i krytyki nowoczesnej
(Wydawnictwo Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, 2023) Jauksz, Marcin; Panek, Sylwia
The book presents the debate on the meaning of realism and naturalism for European and Polish literature. Jan Gnatowski’s 1878 study O realizmie w literaturze nowoczesnej (On Realism in Modern Literature) is a fundamental, though marked worldview, analysis of French 19th c. novels – from Musset, through Balzac and Flaubert, up to Daudet and Zola. This conservative attempt at analysis met with strong opposition from the positivist camp – its chief proponent being Józef Kotarbiński, who in 1879 published the article Wstecznictwo w krytyce literackiej (Backwardness in Literary Criticism). This edition contains the complete reprint of these two texts together with a commentary that shows Gnatowski, although strong in his judgments, reads texts ideologically foreign to him carefully – even with a certain fascination. Kortabiński when defending realism’s right to exist, however, approaches these uncompromising stories with a marked distance.
Item
Specyfika wschodnioazjatyckiego modelu rozwoju w odniesieniu do Azji Centralnej
(2023) Jaskuła, Paweł; Fiedler, Radosław. Promotor
Nadrzędnym celem tej rozprawy doktorskiej jest ukazanie wybranych elementów Wschodnioazjatyckiego Modelu Rozwoju w kontekście ich potencjalnego zastosowania w państwach Azji Środkowej. Rama teoretyczna prowadzonych rozważań opiera się na dziedzictwie klasyków Ekonomii. Kluczowe wnioski odniesiono do praktycznego ich zastosowania w ramach formułowania polityki gospodarczej Państw Azji Wschodniej i Pacyfiku po 1945 r. W okresie powojennym instytucje międzynarodowe rekomendowały, starając się tym samym odpowiedzieć na problem ubóstwa wielu nowo powstałych państw, liberalizację zarówno ich systemów gospodarczych jak i politycznych. Dlatego też, biorąc pod uwagę, że grupa badawcza przyjęła alternatywną ścieżkę rozwoju, autor uznał, że wartościowym jest ukazanie i wyjaśnienie jej cech charakterystycznych, pozwalającej Japonii i tzw. Tygrysom Azjatyckim dogonić w rekordowo krótkim czasie tzw. tradycyjne państwa rozwinięte. Jest to tym bardziej istotne, że większość z nich, jeszcze na początku lat 60-tych, uchodziła za najbiedniejsze państwa na świecie. Zidentyfikowane w ramach procesu badawczego determinanty uporządkowano w następujących kategoriach: ekonomiczne, instytucjonalne, kulturowe i społeczne, oraz polityczne. Dzięki takiej kategoryzacji, możliwe było utworzenie szeregu rekomendacji rozwojowych dla państw Azji Centralnej, z uwzględnieniem ich obecnego poziomu postępu gospodarczego, demokratyzacji systemu politycznego, przejrzystości i stabilności zespołu instytucji państwowych i miejscowych uwarunkowań kulturowych. Rozdziały dotyczące analizy polityki gospodarczej konkretnych przykładów, obejmują okres od początku lat 50- tych do drugiej dekady XXI w. Wśród wykorzystanych metod badawczych zastosowano analizę systemową, studiów przypadku, a także metodę porównawczą, genetyczną oraz ilościową. Dzięki temu możliwe było wyprowadzenie następujących hipotez badawczych: 1. Przedsiębiorstwa państwowe, działające w ramach State Capitalism, odegrały kluczową rolę w procesie długotrwałego i stabilnego rozwoju państw Azji Wschodniej i Pacyfiku po 1945 r. 2. Azjatycki Nowy Kapitalizm Państwowy jest optymalnym modelem rozwoju dla państw Azji Centralnej Uzyskane wyniki pokazują, że niektóre elementy wykorzystane z pozytywnym skutkiem przez państwa Azji Wschodniej i Pacyfiku w przeszłości, wciąż mogą być użyte jako elementy strategii udanej transformacji gospodarczej w państwach rozwijających się. Ponadto, rosnąca w ostatnich latach popularność tzw. chińskiego modelu rozwoju, w znacznej mierze opartego na własności państwowej, może wskazywać na nieodwracalne zmiany w całej architekturze gospodarki światowej, w której państwa Azji Centralnej chcą się zadomowić, jako pełnoprawni jej uczestnicy, w niedalekiej przyszłości. The primary purpose of this doctoral thesis focuses on the Asian development model and its potential use within Central Asian states today. The analytical framework consists of the theoretical legacy of the economic development heritage and the practical assessment of the policies successfully used in the East Asian countries after 1945. By uncovering their approach to the recommendation given by the international institutions both for economic and political liberalization in the post-II world war epoch, the author examines and explains their alternative path to achieve a uniquely fast level of the catching-up process with other wealthy nations. The identified drivers of this progress include the following categories: economic, institutional, political and social. On this basis were formed the growth recommendations for the Central Asian states. Although the principal part of the dissertation text encapsulates the timeframe from 1950 until today, the first chapter presents an in-depth analysis of the theories from the 16th century up to the beginning of the 2nd decade of the 21st. Owing to this research technique, enriched with system analysis, case studies, and also with comparative, genetic, and quantitive methods, it was possible to demonstrate the following hypothesis: the state-owned enterprises (SOEs) played the primary role in the rapid development of East Asian countries after 1945, and the modern state capitalism is the most sophisticated growth model for Central Asian states today. The obtained results reveal that some elements effectively applied recently by the benchmark governments might still be vital components of the transformation strategies for other low-income countries. Moreover, the rising expansion of the Chinese development model, established on state ownership, might indicate the inevitable changes in the global economic architecture, which Central Asian states want to become full-fledging participants soon.
Item
Teatr papierowy
(2023) Mich, Zbigniew; Kurek, Krzysztof. Promotor
Niniejsza rozprawa składa się z kilku studiów skupionych wokół jednego tematu: teatru papierowego z kontynentalnej Europy. Czym jest teatr papierowy? To pamiątka po wizycie w teatrze, zabawka i gra teatralna; to wykonana z kartonu i drewna miniaturowa scena, na której gra się płaskimi figurami z papieru. Dekoracje, postacie i historie ożywają w teatrze papierowym z pomocą tektury, farb, papieru, nożyczek i… odrobiny fantazji. W pracy dano przegląd dawnych i nowych teatrów papierowych, ze wskazaniem na różnorodność ich odmian, konstrukcji, sposobów używania. Posłużono się przy tym: rycinami, obrazami, fotografiami, planami technicznymi, arkuszami graficznymi oraz obiektami zachowanymi w zbiorach muzealnych i dostępnymi obecnie na rynku, studiami analitycznymi, doniesieniami prasowymi, instrukcjami o sposobach budowania teatrów papierowyh, opublikowanymi rozmowami z artystami, tekstami literackimi. W pracy po raz pierwszy w polszczyźnie: - opisano „mechaniczny teatr sztuki” Karla Friedricha Schinkla i Wilhelma Ernsta Gropiusa, oraz peep boxes z XVIII i XIX wieku; - uporządkowano użycie pojęcia „diorama”; - omówiono wykorzystanie w dwóch szopkach z Muzeum Etnograficznego w Krakowie arkuszy graficznych przeznaczonych dla scen z papieru, oraz niewielkie zbiory takich arkuszy przechowywanych w Bibliotece ASP oraz Bibliotece Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie; - przeprowadzono analizę funkcji teatrów papierowych w filmach; - wykazano nieprzerwaną obecność w kulturze tej „pamiątki po wizycie w teatrze, zabawki, gry teatralnej“ od początków XIX wieku do początków XXI wieku. Rozprawa jest najobszerniejszym w języku polskim omówieniem teatru papierowego. Diese Dissertation besteht aus mehreren Studien, die sich auf ein einziges Thema konzentrieren: das Papiertheater in Kontinentaleuropa. Was ist ein Papiertheater? Es ist ein Souvenir von einen Theaterbesuch, ein Spielzeug und ein Theaterspiel; die Miniaturbühne wird aus Karton und Holz gemacht. In einem Papiertheater werden die Dekorationen, Protagonisten und Geschichten mit Hilfe von Pappe und Papier, Farben, Scheren und … ein wenig Fantasie zum Leben erweckt. Die Dissertation enthält einen Überblick über vergangene und gegenwärtige Papiertheater mit Fokus auf die Bandbreite ihrer Variationen, Konstruktionen und Nutzungsweisen. Zu diesem Zweck wurde eine Vielzahl von Quellen verwendet, darunter Drucke, Gemälde, Fotografien, technische Entwürfe und grafische Blätter, sowie Objekte, die in Museumssammlungen aufbewahrt werden oder derzeit auf dem Markt erhältlich sind, analytische Studien, Presseberichte, Informationsmaterialien, Anleitungen zum Bau von Papiertheatern, veröffentlichte Interviews mit Künstlern und literarische Texte. In der Dissertation wurde erstmals in polnischer Sprache: - das „mechanische Theater der Kunst“ von Karl Friedrich Schinkel und Wilhelm Ernst Gropius sowie die Guckkästen des 18. und 19. Jahrhunderts beschrieben; - die Kategorisierung den Anwendungen des Begriffs „Diorama“ auferlegt; - die Verwendung von Bilderbogen, die für Papierbühnen bestimmt waren, und die in zwei Weihnachtskrippen aus der Sammlung des Ethnographischen Museums in Krakau verwendet sind, sowie die kleinen Sammlungen solcher Blätter, die in der Bibliothek der Akademie der bildenden Künste (ASP) und in der Bibliothek von der Polnische Akademie der Gelehrsamkeit (PAU) in Krakau aufbewahrt sind, besprochen; - eine umfassende Analyse der Funktionen von Papiertheatern in Filmproduktionen durchgeführt; - die ungebrochene Präsenz dieses „Souvenirs vom Theaterbesuch, Spielzeug und Theaterspiel“ in der Kultur vom frühen 19. bis zum frühen 21. Jahrhundert ist belegt. Die Doktorarbeit ist die umfangreichste Auseinandersetzung mit dem Papiertheater, die in polnischer Sprache erschienen ist.
Item
Optymalizacja i ewaluacja w wyzwaniach uczenia maszynowego
(2023) Pokrywka, Jakub; Graliński, Filip. Promotor
W celu rozwoju nowych metod uczenia maszynowego konieczna jest ich rzetelna ewaluacja. Niniejsza praca doktorska opisuje pewne aspekty metodyki tworzenia wyzwań uczenia maszynowego oraz technik opracowywania ich rozwiązań. Praca składa się z cyklu siedmiu artykułów opublikowanych w materiałach pokonferencyjnych międzynarodowych konferencji. Publikacje dotyczą przetwarzania języka naturalnego, widzenia komputerowego i prognozowania szeregów czasowych. W trzech z nich autor dysertacji jest jedynym autorem, w innych trzech jest pierwszym autorem, w ostatniej jest drugim autorem. Trzy prace wprowadzają nowe wyzwania, opisując metodologię pozyskania datasetu, podziału między danymi trenującymi i testowymi, doboru metryk ewaluacyjnych, przygotowywania baseline. Jedna praca opisuje usprawnienie istniejącego wyzwania oraz ewaluuje szereg modeli w ramach tego wyzwania. Pozostałe trzy prace prezentują rozwiązania do istniejących wyzwań i zawierają między innymi techniki optymalizacji modeli. To develop new machine learning methods, it is necessary to evaluate them reliably. This doctoral thesis discusses some aspects of preparing machine learning challenges and techniques for developing their solutions. The work consists of seven papers published in international conference proceedings concerning natural language processing, computer vision, and time series forecasting. The thesis author is the sole author of three of them, the first author of three others, and a second author of the remaining one. Three papers introduce new challenges, describing the methodology of dataset acquisition, preparation of dataset splits, choice of evaluation metric, and preparation of baselines. One paper reports the improvement of an existing challenge and evaluates various methods for it. The remaining three papers provide solutions to existing challenges, including model optimization techniques.
Item
Refining the history of extreme coastal events in southern Newfoundland, NW Atlantic, with lake sediment archives
(Elsevier, 2023-11) Pleskot, Krzysztof; Cwynar, Les C.; Kowalczyk, Cyprian; Kokociński, Mikołaj; Szczuciński, WItold
Extreme events, including tsunamis, storm surges and hurricanes, affect the western North Atlantic coast, threatening communities and impacting ecosystems. Although these extreme coastal events (ECEs) are currently thoroughly monitored in the area, older ECEs are known only from short historical evidence. Therefore, establishing a reliable ECE history that extends more than several decades into the past requires data from geological records. This study aims to refine the existing record of ECEs on the southern Burin Peninsula (Newfoundland, Canada) that extends back to the mid-18th century by providing the first lake-sediment-based reconstruction of the event history of the Canadian province of Newfoundland and Labrador. We investigated short sediment cores collected from four shallow coastal lakes. The identification of ECEs relied mainly on lithostratigraphic evidence and peak detection of sand grain counts. Diatoms, dry bulk density, and loss-on-ignition were also analyzed. The age-depth models of the cores were based on 210Pb and 137Cs dating. The correlation of our records with major historical events confirmed that statistically significant sand count peaks, sand layers, and redeposited peat clasts are indicative of major ECEs. We found that the type and characteristics of ECE records depended mainly on the availability of sediment, distance from the seashore, and magnitude of the event. Although some of our ECE markers are associated with marine inundations, only slight diatom community changes were observed, contrary to what is commonly expected from the disturbance of brackish and freshwater ecosystems by major saltwater intrusions. Combined, our records indicate that at least eight ECEs occurred since the late 17th century, three of which might correlate with historically documented events, namely the 1755 CE Lisbon tsunami, the 1775 CE Great Independence Hurricane, and the 1929 CE Newfoundland tsunami. Although further investigations are required to better constrain the type and magnitude of particular ECEs, our study confirms the suitability of geological archives for improving hazard assessment in coastal regions.
Item
Elementy sekwencji i struktury RNA rozpoznawane przez białka z domeną FinO
(2023) Basczok, Maciej; Olejniczak, Mikołaj. Promotor
O bakteryjnych białkach opiekuńczych z domeną FinO wiadomo, że często wiążą RNA za pośrednictwem Rho-niezależnego terminatora transkrypcji. Co ciekawe, ten strukturalny motyw jest również wiązany przez inne białko opiekuńcze, Hfq, jednak z danych profilowania transkryptomu wiadomo, że pule wiązanych cząsteczek RNA przez oba białka pozostają zasadniczo odrębne. W pierwszej części pracy przeanalizowano dostępne dane ligandów RNA białek ProQ i Hfq z E. coli, S. enterica i N. meningitidis. Wykazano, iż region po stronie 5' terminatora w przypadku ligandów RNA białek ProQ z enterobakterii jest wzbogacony w adenozynę, a Hfq w urydynę. Kompozycja tego regionu stanowi element mechanizmu konkurencji o ligandy RNA między białkami ProQ i Hfq u enterobakterii. Natomiast u N. meningitidis zaobserwowano, że ligandy RNA obu białek są wzbogacone w adenozynę oraz że wzbogacenie to jest cechą całego tranksryptomu. Sugeruje to, iż białka ProQ i Hfq z N. meningitidis mogą wykorzystywać inne motywy podczas konkurencji o ligandy RNA. W drugiej części pracy wykazano, że w wiązaniu do białka ProQ z N. meningitidis bierze udział dolna część spinki terminatorowej wraz sekwencjami przylegającymi do niej zarówno po stronie 5' jak i 3', których minimalna długość może się różnić w zależności od cząsteczki RNA, jednak dla silnego wiązania zawsze musi mieć co najmniej kilka nukleotydów. Bacterial RNA chaperones with a FinO domain are known to bind RNA via a Rho-independent transcription terminator. Interestingly, this structural motif is also bound by another chaperone, Hfq, but from transcriptome profiling data it is known that the pools of RNA molecules bound by the two proteins remain essentially distinct. In the first part of the work, available data on RNA ligands of ProQ and Hfq proteins from E. coli, S. enterica and N. meningitidis were analysed. It was shown that the region on the 5' side of the terminator in the case of RNA ligands of ProQ proteins from enterobacteria is enriched in adenosine, while Hfq in uridine. The composition of this region is part of the mechanism of competition for RNA ligands between ProQ and Hfq proteins in enterobacteria. However, in N. meningitidis it was observed that the RNA ligands of both proteins are enriched in adenosine in this region and that this enrichment is a feature of the entire transcriptome. This suggests that the ProQ and Hfq proteins from N. meningitidis may use different motifs when competing for RNA ligands. In the second part of the work, it was shown that the lower part of the terminator hairpin and the sequences adjacent to it both on the 5' and 3' side are involved in binding to the ProQ protein from N. meningitidis, and that the minimum length of which may vary depending on the RNA molecule.
Item
Analiza dynamiki oddziaływań pomiędzy drzewami i konsumentami ich nasion: od globalnych wzorców do zmienności w obrębie gatunku
(2023) Celebias, Paulina; Zwolak, Rafał. Promotor; Bogdziewicz, Michał. Promotor
Interakcje między roślinami a zwierzętami zjadającymi nasiona różnią się w swoim natężeniu, od słabych do silnych, oraz we wpływie jaki mają oddziałujące na siebie organizmy, od negatywnego do pozytywnego. Aby w pełni zrozumieć te zależności, potrzebujemy zarówno globalnej syntezy licznych istniejących już wyników badań, jak i nowych eksperymentów, które pozwolą na opisanie pomijanych dotąd aspektów oddziaływań między roślinami a konsumentami nasion. Moja rozprawa doktorska ma na celu sprostanie obu tym wyzwaniom. Składa się ona z trzech części: (i) meta- analizy hipotezy wysycenia konsumentów nasion, (ii) eksperymentu badającego wpływ wielkości nasion na sposób żerowania gryzoni, (iii) eksperymentu badającego wpływ zmienności wewnątrzgatunkowej gryzoni na roznoszenie nasion. W pierwszej części mojej rozprawy przeprowadziłam meta-analizę 48 opublikowanych badań, które spełniały kryterium zawierania co najmniej 4 lat danych dotyczących produkcji nasion oraz wielkości ich konsumpcji przez zwierzęta. Hipoteza wysycenia konsumentów nasion jest jednym z powszechnie przyjętych wyjaśnień ewolucyjnych korzyści lat nasiennych. Według niej, okresowe występowanie masowego opadu nasion powstało, aby zmniejszyć proporcję nasion niszczonych przez konsumentów. W latach niskiego opadu nasion, populacja konsumentów nasion zmniejsza się w związku z niewystarczającą ilością pożywienia, natomiast w latach nasiennych konsumenci nasion zasypywani są większą ilością nasion, niż są w stanie zjeść, co sprawia, że więcej nasion przeżywa. W swoich badaniach potwierdziłam zarówno efekt zagłodzenia, jak i wysycenia drapieżników, jednak efekt wysycenia był widoczny tylko dla zwierząt bezkręgowych. Co więcej, efekt wysycenia drapieżników w ostatnich latach staje się coraz słabszy, co może mieć związek z globalnymi zmianami antropogenicznymi. W drugiej części mojej rozprawy zbadałam wpływ wielkości nasion dębu szypułkowego (Quercus robur) na ich roznoszenie przez gryzonie. Znaczna zmienność wielkości nasion w obrębie jednego osobnika związana jest z modułową budową drzew. Każdy osobnik posiada wiele kopii tego samego organu, np. nasion, które mogą wykazywać znaczącą zmienność. Wielu konsumentów nasion przejawia preferencje względem nasion o konkretnym rozmiarze, dlatego przewidywałam, że między dużymi i małymi nasionami powstają interakcje pośrednie, które mogą wpływać na przeżywalność nasion. Odkryłam, że interakcje między żołędziami o różnych rozmiarach zmieniały się z roku na rok: w pierwszym, ale nie w drugim roku badania, obecność małych żołędzi chroniła duże przed usunięciem. W trzeciej części mojej rozprawy doktorskiej zbadałam wpływ zmienności wewnątrzgatunkowej myszarki leśnej (Apodemus flavicollis) na roznoszenie nasion dębu szypułkowego (Quercus robur). Wykazałam, że zwierzęta o większej skłonności do eksplorowania nowego środowiska mają tendencję do wynoszenia nasion dalej od drzew. Jednak inne efekty indywidualnych cech myszarki leśnej znacznie różniły się między latami, co wskazuje, że ich wpływ na interakcje z roślinami zmienia się, gdy warunki ekologiczne ulegają wahaniom. Podsumowując, wyniki moich badań podkreślają znaczenie prowadzenia wieloletnich badań w celu wykrycia zależnych od kontekstu interakcji między gatunkami i długoterminowych trendów w zjawiskach ekologicznych. The relationship between plants and granivores varies in magnitude - from weak to strong – and in sign – from negative to positive. To make sense of this variation, we need global syntheses of numerous existing studies, and field studies that focus on overlooked sources of complexity in plant-granivore interactions. My thesis aimed to address both of these goals. The thesis consists of three parts: (i) a meta-analysis of the predator-satiation hypothesis, (ii) a study on the impact of variation in seed size on foraging decisions of rodents, (iii) a study on the effects of intraspecific variation in granivore traits on the patterns of seed dispersal. In the first part of my thesis, I revisited predator-satiation hypothesis in a meta-analysis based on 48 studies that gathered at least 4 years of data on seed production and seed predation. The predator-satiation hypothesis is one of the most widely known hypothesis explaining evolutionary advantages of mast seeding. It states that intermittent, abundant crops evolved to reduce seed losses by starving granivores between mast events and overwhelming them with seeds during mast years. I found evidence of both starvation between mast years and satiation during mast years. However, the effectiveness of predator satiation varied between predator types; there was evidence for satiation of invertebrates, but not vertebrates. Moreover, satiation became less effective over recent decades, probably due to global anthropogenic changes. In the second part of my thesis, I investigated the impact of acorn size on their removal and dispersal by granivores. Because trees have modular construction, copies of the same organ, such as seeds, may exhibit considerable variation. Since most granivores display preferences towards seeds of particular size, indirect interactions can arise between larger and smaller seed, which further impacts seed survival and seedling establishment. I found that interactions among different sized acorns varied from year to year: in the first, but not the second year of the study, the presence of small acorns protected large ones from removal. In the third part of my thesis, I investigated the impact of individual traits of yellow-necked mice on the dispersal of common oak acorns. I found that more explorative individuals tend to disperse seeds further from other trees. However, other effects of individual traits varied substantially among years, indicating that their impact on interactions with plants changes when ecological conditions fluctuate. Overall, my results underscore the importance of conducting multi-year studies to detect context-dependent interactions between species and long-term trends in ecological phenomena.
Item
Nowe funkcje białka hnRNP UL1 w komórkach ludzkich
(2023) Cichocka, Marlena; Raczyńska, Katarzyna Dorota. Promotor
Białko hnRNP UL1 jest zaangażowane w proces transkrypcji, działając głównie jako negatywny regulator hamujący ekspresję określonych genów. Ponadto, białko hnRNP UL1 uczestniczy w procesie splicingu oraz w odpowiedzi komórki na uszkodzenia DNA. Dodatkowo, wyniki naszej grupy badawczej pokazały po raz pierwszy, że hnRNP UL1 przemieszcza się również do jąderek komórek ludzkich. Poznanie funkcji, jakie białko to pełni w jąderkach komórkowych, stanowiło główny temat niniejszej rozprawy doktorskiej. Ponadto, podjęłam również próbę opisania wzajemnych interakcji pomiędzy hnRNP UL1, FUS i U7 snRNP, oraz określenia roli białka hnRNP UL1 w inhibicji genów histonowych poza fazą S cyklu komórkowego, którą pełni wraz z białkiem FUS i cząstką U7 snRNP. Na podstawie przeprowadzonych eksperymentów wykazałam, że białko hnRNP UL1 w jąderku komórek ludzkich stymuluje transkrypcję genów rRNA, ale nie jest zaangażowane w kolejne etapy biogenezy rybosomów. Dalsze eksperymenty z wykorzystaniem odczynników genotoksycznych CPT i ETO wskazały, że komórki z wyciszeniem białka hnRNP UL1 są wrażliwsze na uszkodzenia DNA. Ponadto, pokazałam, że hnRNP UL1 oddziałuje z białkami szlaków naprawy uszkodzeń rDNA, takimi jak γH2A.X, RPA32, XRCC1 i Chk1, potwierdzając jego udział w tych procesach. Wyniki kolejnych eksperymentów pokazały, że białko hnRNP UL1 oddziałuje z białkiem FUS najsilniej poza fazą S cyklu komórkowego. Co ciekawe, zarówno FUS jak i hnRNP UL1 silniej wiążą U7 snRNA przy braku drugiego białka, wskazując, że oba białka mogą konkurować o dostępność do U7 snRNA. Zauważyłam również, że poziom fosforylacji białka hnRNP UL1 zmienia się w fazach cyklu komórkowego, co sugeruje, że to właśnie ta modyfikacja może regulować zmiennym oddziaływaniem hnRNP UL1 z białkiem FUS; takiej roli nie ogrywają natomiast metylacje argininy. Wykazałam ponadto, że hnRNP UL1 nie pełni roli inhibitora ekspresji genów histonowych w fazie G1 i G2 cyklu komórkowego, wydaje się jednak być inhibitorem ekspresji tych genów w fazie S. The hnRNP UL1 protein is involved in transcription, acting mainly as a negative regulator that inhibits the expression of specific genes. Furthermore, hnRNP UL1 is involved in splicing and the cell response to DNA damage. In addition, the results of our research group showed for the first time that hnRNP UL1 also moves into the nucleoli of human cells. Learning more about the functions of hnRNPUL1 in cell nucleoli was the main topic of this dissertation. In addition, I also attempted to describe the interactions between hnRNP UL1, FUS, and U7 snRNP, and to determine the role of the hnRNP UL1 protein in the inhibition of histone genes outside the S phase of the cell cycle, which it performs together with the FUS protein and U7 snRNP. Based on my experiments, I showed that the hnRNP UL1 protein stimulates the transcription of rRNA genes in the nucleolus of human cells, however, it is not involved in the subsequent steps of ribosome biogenesis. Further experiments using genotoxic reagents CPT and ETO indicated that cells with silencing of the hnRNP UL1 protein are more sensitive to DNA damage. In addition, I showed that hnRNP UL1 interacts with proteins of the rDNA damage repair pathways such as γH2A.X, RPA32, XRCC1, and Chk1, confirming its involvement in these processes. The results of subsequent experiments showed that the hnRNP UL1 protein interacts with the FUS protein the highest outside the S phase of the cell cycle. Interestingly, both FUS and hnRNP UL1 bind U7 snRNA more strongly in the absence of the other protein, indicating that the two proteins can compete for accessibility to U7 snRNA. I also observed that the phosphorylation level of the hnRNP UL1 protein changes during phases of the cell cycle, suggesting that this modification may regulate the variable interaction of hnRNP UL1 with the FUS protein; such a role is not played by arginine methylations. I further demonstrated that hnRNP UL1 does not play a role as an inhibitor of histone gene expression in the G1 and G2 phases of the cell cycle but appears to be an inhibitor of the expression of these genes in the S phase.
Item
The Third International Workshop on Dynamic Scheduling Problems: Extended Abstracts
(Polish Mathematical Society, 2021) Stanisław Gawiejnowicz (ed.)
This book contains extended abstracts of a plenary lecture and papers presented at the Third International Workshop on Dynamic Scheduling Problems, July 5th–6th, 2021, Poznań, Poland.