Browsing by Author "Cywoniuk, Piotr"

Now showing 1 - 1 of 1
  • Item
    Określenie funkcjonalnych miejsc oddziaływania białek MBNL z RNA z zastosowaniem oligonukleotydów antysensowych
    (2018) Cywoniuk, Piotr; Sobczak, Krzysztof. Promotor
    Rodzinę białek Muscleblind-like tworzą trzy paralogi (MBNL1, 2 i 3) będące regulatorami alternatywnego splicingu kluczowymi podczas rozwoju wielu tkanek, głównie mięśni i komórek nerwowych. Białka MBNL mają również związek z patomechanizmem dystrofii miotonicznej (DM), choroby degeneracyjnej mięśni, w której dochodzi do sekwestracji białek MBNL na mRNA zmutowanego genu, co prowadzi do masowej deregulacji alternatywnego splicingu w komórkach pacjentów. W trzech publikacjach składających się na moją rozprawę doktorską przedstawiłem połączenie strategii AON i minigenów hybrydowych, jako wydajnej metody do weryfikacji potencjalnych miejsc wiązania dla MBNL wyłonionych na drodze głębokiego sekwencjonowania RNA. Podejście to umożliwiło też potwierdzenie hipotezy o rozpoznawaniu tych samych fragmentów RNA przez wszystkie paralogi MBNL. Konstrukty bazujące na minigenie hybrydowym zostały także wykorzystane w badaniach nad aranżacją strukturalną RNA miejsc wiązania dla białek MBNL jak i opracowaniu testu dla poszukiwania lub walidowania potencjalnych inhibitorów sekwestracji MBNL w DM. Ponadto, wykazano antagonistyczną rolę białek MBNL1 i SRSF1 w regulacji alternatywnego splicingu. Analiza dystrybucji trzech alternatywnych eksonów w transkryptach genów MBNL wykazała ich zróżnicowane włączanie do mRNA w poszczególnych tkankach na różnych etapach rozwoju oraz zaburzenie tego procesu w mięśniach pacjentów z DM. Z kolei w projekcie wykazującym wpływ organizacji miejsc wiązania w RNA na aktywność regulatorową MBNL dostarczyłem danych o poziomie ekspresji poszczególnych badanych białek MBNL.