Browsing by Author "Karachitos, Andonis"
Now showing 1 - 2 of 2
Results Per Page
Sort Options
Item Mechanizm działania minocykliny w komórkach drożdży Saccharomyces cerevisiae. Efekt cytoprotekcyjny(2013-06-06) Karachitos, Andonis; Kmita, Hanna. PromotorMinocycklina jest powszechnie stosowanym antybiotykiem z grupy tetracyklin. Co ciekawe, dostępne dane wskazują na właściwości cytoprotekcyjne minocykliny oraz możliwość ich wykorzystania w terapii różnych chorób. W związku z tym, w ramach niniejszej pracy przeprowadzono eksperymenty mające na celu wskazanie elementów istotnych dla cytoprotekcyjnego działania minocykliny. Wykazałem, iż cytoprotekcyjne działanie minocykliny w przypadku komórek drożdży Saccharomyces cerevisiae poddanych działaniu uniwersalnego czynnika proapoptotycznego (H2O2) wymaga obecności kanału VDAC (zależny od potencjału kanał o selektywności anionowej) i związane jest z modulacją poziomu sprzężenia energetycznego, co wskazuje na oddziaływanie na stan funkcjonalny mitochondriów. Kanał VDAC jest bowiem odpowiedzialny za transport metabolitów przez zewnętrzną błonę mitochondrialną, co jest procesem niezbędnym dla prawidłowego funkcjonowania mitochondriów. Wykazałem także, że w przypadku mitochondriów izolowanych z komórek różnych organizmów, minocyklina wykazuje aktywność rozprzęgacza (w zakresie stężeń mikromolarnych) lub czynnika wzmacniającego sprzężenie energetyczne (w zakresie stężeń nanomoralnych). Co więcej, wyniki badań polegających na analizie wpływu minocykliny na kanał VDAC poddany rekonstytucji, jak i analizie wpływu różnych czynników na właściwości minocykliny i analiza bioinformatyczna wskazują na możliwość bezpośredniego oddziaływania minocykliny na kanał VDAC. Zatem, kanał VDAC, jak i stężenie minocykliny wydają się być istotnymi elementami w cytoprotekcyjnym działaniu minocykliny.Item Phylogenetic analysis of mitochondrial outer membrane β-barrel channels(2012) Wojtkowska, Małgorzata; Jąkalski, Marcin; Pieńkowska, Joanna R.; Stobienia, Olgierd; Karachitos, Andonis; Przytycka, Teresa M.; Weiner, January; Kmita, Hanna; Makałowski, WojciechTransport of molecules across mitochondrial outer membrane is pivotal for a proper function of mitochondria. The transport pathways across the membrane are formed by ion channels that participate in metabolite exchange between mitochondria and cytoplasm (voltage-dependent anion-selective channel, VDAC) as well as in import of proteins encoded by nuclear genes (Tom40 and Sam50/Tob55). VDAC, Tom40, and Sam50/Tob55 are present in all eukaryotic organisms, encoded in the nuclear genome, and have β-barrel topology. We have compiled data sets of these protein sequences and studied their phylogenetic relationships with a special focus on the position of Amoebozoa. Additionally, we identified these protein-coding genes in Acanthamoeba castellanii and Dictyostelium discoideum to complement our data set and verify the phylogenetic position of these model organisms. Our analysis show that mitochondrial β-barrel channels from Archaeplastida (plants) and Opisthokonta (animals and fungi) experienced many duplication events that resulted in multiple paralogous isoforms and form well-defined monophyletic clades that match the current model of eukaryotic evolution. However, in representatives of Amoebozoa, Chromalveolata, and Excavata (former Protista), they do not form clearly distinguishable clades, although they locate basally to the plant and algae branches. In most cases, they do not posses paralogs and their sequences appear to have evolved quickly or degenerated. Consequently, the obtained phylogenies of mitochondrial outer membrane β-channels do not entirely reflect the recent eukaryotic classification system involving the six supergroups: Chromalveolata, Excavata, Archaeplastida, Rhizaria, Amoebozoa, and Opisthokonta.