Browsing by Author "Rosikiewicz, Wojciech"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item Identyfikacja i analiza ekspresji nakładających się genów u człowieka i myszy(2017) Rosikiewicz, Wojciech; Makałowska, Izabela. PromotorZjawisko nakładania się genów może pełnić wiele funkcji regulatorowych, a większość prowadzonych obecnie w tym temacie badań skupia się na parach genów kodujących białka, nakładających się z niekodującymi RNA. Stosunkowo mało wiadomo na temat zjawiska nakładania w przypadku dwóch genów kodujących białka. W niniejszej pracy przeanalizowano wpływ nakładania się genów kodujących białka końcami 5’ na poziom ich ekspresji. W oparciu o analizę miejsc startu transkrypcji (TSS) w 73 ludzkich i 10 mysich organach, tkankach i liniach komórkowych, zidentyfikowano 582 i 113 par genów nakładających się w przynajmniej jednej bibliotece odpowiednio u człowieka i myszy. Wykazano, że rejon nakładania jest rzadko zachowany między gatunkami i tkankami. Pokazano również, że tylko w przypadku połowy par genów, transkrypcja inicjowana była wyłącznie w rejonie nakładania. W pozostałych przypadkach inicjacja transkrypcji następowała z miejsc TSS położonych zarówno w rejonie nakładania jak i po za nim. Analizy 26 linii komórkowych gruczolakoraka płuc oparte zostały dodatkowo również o dane pochodzące z eksperymentów RNA-Seq oraz ChIP-Seq dla siedmiu typów modyfikacji histonów i aktywności polimerazy RNA II, co pozwoliło przestudiować zjawisko nakładania w kontekście interferencji transkrypcji. Kluczowe wyniki zdeponowane zostały w bazie danych, dostępnej pod adresem http://overgenedb.amu.edu.pl.