Browsing by Author "Stein, Ewa"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item Rozpoznawanie cząsteczek RNA przez domenę FinO białka ProQ z bakterii Escherichia coli(2023) Stein, Ewa; Olejniczak, Mikołaj. PromotorBiałko ProQ z bakterii Escherichia coli zbudowane z N-końcowej domeny FinO (NTD) i C-końcowej domeny Tudor (CTD) połączonych linkerem, wiąże liczne cząsteczki RNA w komórce, jednak niewiele wiadomo na temat sposobu ich rozpoznawania. Analiza wiązania RNA i ich mutantów do pełnej długości ProQ oraz wyizolowanej NTD wskazała, że elementem struktury rozpoznawanym przez NTD jest terminator transkrypcji niezależny od białka Rho. Znaczenie dla oddziaływania mają też znajdujący się na 3' końcu cząsteczki ogon poliU o dł. co najmniej 4 nt i region dwuniciowy spinki terminatorowej o dł. co najmniej 2 pz. Motyw sekwencji bogatej w adenozyny znajdujący się po 5'-stronie spinki terminatorowej ligandów ProQ odgrywa rolę w kompetycji pomiędzy ProQ i Hfq. Następnie w obrębie NTD wytypowałam 10 reszt aminokwasowych, które zmutowałam i sprawdziłam ich wpływ na wiązanie 7 RNA in vitro. Mutacje w pozycjach R58, Y70 i R80 hamują wiązanie do RNA, mutacje reszt K54 i R62 znacząco je osłabiają, podczas gdy najmniejszy wpływ mają mutacje w pozycjach R32, D41 i T65. Mutacje reszt K35 i R69 miały odmienny wpływ na wiązanie różnych RNA, co może sugerować różnice w sposobach oddziaływania cząsteczek RNA z domeną FinO białka ProQ. Wyniki pozwalają na wyjaśnienie sposobu oddziaływania ProQ z RNA, przez to na lepsze zrozumienie jego udziału w procesach kontroli ekspresji genów zależnych od regulatorowych RNA u bakterii.