Browsing by Author "Taylor, Katarzyna"
Now showing 1 - 2 of 2
Results Per Page
Sort Options
Item Cyclic mismatch binding ligands interact with disease-associated CGG trinucleotide repeats in RNA and suppress their translation(Oxford University Press, 2021) Konieczny, Patryk; Mukherjee, Sanjukta; Stepniak-Konieczna, Ewa; Taylor, Katarzyna; Niewiadomska, Daria; Piasecka, Agnieszka; Walczak, Agnieszka; Baud, Anna; Dohno, Chikara; Nakatani, Kazuhiko; Sobczak, KrzysztofFragile X-associated tremor/ataxia syndrome (FXTAS) is a late-onset neurodegenerative disorder caused by a limited expansion of CGG repeats in the FMR1 gene. Degeneration of neurons in FXTAS cell models can be triggered by accumulation of polyglycine protein (FMRpolyG), a by-product of translation initiated upstream to the repeats. Specific aims of our work included testing if naphthyridine-based molecules could (1) block FMRpolyG synthesis by binding to CGG repeats in RNA, (2) reverse pathological alterations in affected cells and (3) preserve the content of FMRP, translated from the same FMR1 mRNA. We demonstrate that cyclic mismatch binding ligand CMBL4c binds to RNA structure formed by CGG repeats and attenuates translation of FMRpolyG and formation of nuclear inclusions in cells transfected with vectors expressing RNA with expanded CGG repeats. Moreover, our results indicate that CMBL4c delivery can reduce FMRpolyG-mediated cytotoxicity and apoptosis. Importantly, its therapeutic potential is also observed once the inclusions are already formed. We also show that CMBL4c-driven FMRpolyG loss is accompanied by partial FMRP reduction. As complete loss of FMRP induces FXS in children, future experiments should aim at evaluation of CMBL4c therapeutic intervention in differentiated tissues, in which FMRpolyG translation inhibition might outweigh adverse effects related to FMRP depletion.Item Oddziaływania RNA z białkami MBNL – podstawy strukturalne, potencjalne inhibitory oraz implikacje funkcjonalne(2017) Taylor, Katarzyna; Sobczak, Krzysztof. PromotorBiałka MBNL (Muscleblind-like) należą do czynników regulatorowych wiążących się z RNA oraz zaangażowanych w wiele procesów związanych z jego metabolizmem, w tym regulację alternatywnego splicingu prekursorowych mRNA. Rodzinę białek MBNL stanowią trzy paralogi, których poziom ekspresji różni się znacząco na etapach embrionalnego i postnatalnego rozwoju organizmu. Posiadają one domenę wiążącą RNA, składającą się z czterech palców cynkowych. Wiązanie MBNL do RNA uwarukowane jest rozpoznawaniem konkretnego motywu sekwencyjnego w RNA, a także strukturą II-rzędową RNA, w którą zaangażowany jest rozpoznawany motyw. Niedobór MBNL w komórkach skutkuje zaburzeniem alternatywnego splicingu, co obserwowane jest u osób cierpiących na dystrofię miotoniczną (DM). Dzieje się to na skutek sekwestracji MBNL w jądrze komórkowym przez zmutowany transkrypt. Celem badań opisanych przeze mnie w rozprawie doktorskiej było zarówno określenie strukturalnych podstaw oddziaływania białek MBNL z docelowymi fragmentami RNA jak i poszukiwanie inhibitorów tworzenia patogennych kompleksów MBNL/RNA oraz zbadanie funkcjonalnych następstw ich działania w modelowych komórkach DM. Przeprowadzając szereg analiz zidentyfikowałam zarówno nowe i funkcjonalne regiony regulatorowe dla białek MBNL w pre-mRNA, jak i udowodniłam rozpoznawanie tych samych substratów RNA oraz miejsc wiązania przez trzy paralogi należące do rodziny MBNL. Ponadto, scharakteryzowałam właściwości inhibicyjne potencjalnych związków terapeutycznych jakimi były antysensowne oligonukleotydy oraz związki niskocząsteczkowe, względem toksycznych kompleksów RNA/MBNL tworzących się w komórkach pacjentów cierpiących na DM i zaburzających poprawny metabolizm RNA.