Communities in AMUR
Select a community to browse its collections.
Recent Submissions
The gender congruency effect in sentence context depends on gender transparency and L2 proficiency: A self-paced reading study with Polish–German bilinguals
(Sage, 2024-11-08) Długosz, Kamil; Olszewska, Anna
Aims and objectives: The gender congruency effect, and so the facilitated retrieval of grammatical gender for translation equivalents of the same gender, has been documented in the recognition of isolated words in L2. Our study investigates whether this effect extends to word recognition in sentence context and whether it is modulated by gender transparency and L2 proficiency.
Design/methodology/approach: Sixty late unbalanced Polish–German bilinguals completed a self-paced reading task with noun phrases manipulated for lexical gender congruency with L1 (congruent, incongruent) and noun-internal gender transparency in L2 (transparent, non-transparent). L2 proficiency was assessed through the Dialang test. Data and analysis: Reading times on the noun were analysed by means of linear mixed-effects modelling.
Findings/conclusion: Results showed a gender congruency effect that was limited to transparent nouns and which was greater at lower L2 proficiency levels.
Originality: The study is the first to investigate the gender congruency effect in the recognition of nouns embedded in grammatical sentences.
Significance/implications:
The study shows that the presence of a contextualising sentence does not eliminate the cross-language effects of grammatical gender. Furthermore, it provides first evidence that individual noun-internal gender cues modulate the gender congruency effect. The findings are discussed in terms of the relationship between gender transparency at the micro-level and the degree of activation of gender values.
The evolution of musicality and cross-domain co-evolutionary interactions
(SAGE, 2024-06-18) Podlipniak, Piotr
The evolution of human musicality has often been linked to the evolution of the faculty of language since the development of musical and linguistic abilities seems to share a common phase in their ontogenesis. Apart from that, both singing and speaking are, on the one hand, universal forms of human vocal expression and, on the other hand, consist of culturally specific elements. Such a probable co-occurrence of the predisposition to speak and sing, with the cultural variability of both these forms of communication, has prompted researchers to indicate gene–culture co-evolution as the probable mechanism responsible for the emergence of human musicality and the faculty of language. However, in most evolutionary
scenarios proposed so far, the evolutionary paths of music and language followed independently after divergence from a common precursor. This article, based on observations of contemporary interactions between language and music, presents a different view in which musical and language-like forms of proto-communication interacted leading to the repurposing of some of their neural mechanisms. In this process, the Baldwinian interplay between plasticity and canalization has been proposed as the most probable evolutionary mechanism that shaped our musicality. The premises that support the presence of cross-domain co-evolutionary interactions in the contemporary communicative niche of Homo sapiens
are indicated.
From the Kołos–Wolniewicz calculations to the quantum-electrodynamic treatment of the hydrogen molecule: Competition between theory and experiment
(Academic Press, 2023) Puchalski, Mariusz; Moszyński, Robert; Komasa, Jacek; Musiał, Monika; Grabowski, Ireneusz
The hydrogen molecule—two and a half centuries after Cavendish’s discovery, a dozen decades after Lyman’s first spectroscopic observations and almost a centennial after Heitler and London’s quantum-mechanical explanation of its stability—is still the subject of intense research, both theoretical and experimental. Being the simplest neutral molecule, it serves as a benchmark for testing quantum-mechanical theories and methods; being the most ubiquitous molecule in the Universe, plays an essential role in astronomy and the fundamentals of physics. Over decades, advances in increasing experimental precision have stimulated ever more accurate calculations. In this review, we summarize the progress made in the field of the quantum-mechanical description of the electronic structure of the hydrogen molecule, starting from the pioneering calculations of Kołos and Wolniewicz in the early 1960s and ending with the current state of knowledge, including applications of quantum electrodynamics. Bearing in mind the topic of this special issue, we will focus on the achievements of Polish scientists in this matter.
Spojrzenie na molekularny mechanizm leżący u podstaw rzadkich procesów transportowych w enzymach z ukrytymi miejscami aktywnymi
(2025) Mandal, Nishita; Brezovsky, Jan. Promotor
Enzymy są potężnymi biologicznymi katalizatorami, z prawie 50-60% posiadających ukryte centra aktywne kontrolowane przez tunele transportowe. Te tunele odgrywają kluczową rolę w transporcie biomolekuł, co jest niezbędne dla procesów takich jak kataliza i transdukcja sygnałów. Jednak klasyczne symulacje dynamiki molekularnej (cMD) mają trudności z próbkowaniem rzadkich zdarzeń, takich jak chwilowe otwieranie tuneli. Moje badania doktorskie koncentrują się na opracowywaniu zaawansowanych metod, które rozwiązują to ograniczenie i badają stałe oraz rzadkie, chwilowe tunele w enzymach. Kluczowe części mojej pracy doktorskiej obejmują, opracowanie TransportTools, narzędzia do analizy i ujednolicania dużych zestawów danych dotyczących sieci tuneli. Wykorzystanie przyspieszonej dynamiki molekularnej Gaussa (GaMD) do badania dynamiki tuneli w enzymie LinB, odkrywanie nowych rzadkich tuneli i ich mechanizmów. Ocenę metod zgrubnych (CG), takich jak Martini i SIRAH, w celu uchwycenia długoczasowych zdarzeń związanych z tunelami w różnych enzymach. Te osiągnięcia poszerzają naszą wiedzę na temat mechanizmów enzymatycznych, transportu ligandów oraz potencjalnych zastosowań w odkrywaniu leków i inżynierii białek.
Enzymes are powerful biological catalysts, with nearly 50-60% having buried active sites controlled by transport tunnels. These tunnels play a crucial role in biomolecule transport, essential for processes like catalysis and signal transduction. However, classical molecular dynamics (cMD) simulations struggle to sample rare events like transient tunnel openings. My Ph.D. research focuses on developing advanced methods to address this limitation and explore permanent and rare transient tunnels in enzymes. Key sections of my thesis include, Development of TransportTools, an in-house tool for analyzing and unifying large tunnel network datasets. Using Gaussian accelerated MD (GaMD) to study tunnel dynamics in the enzyme LinB, discovering novel rare tunnels and their mechanisms. Benchmarking coarse-grained (CG) methods like Martini and SIRAH to capture long-timescale tunnel events across various enzymes. These advancements enhance our understanding of enzyme mechanisms, ligand transport, and potential applications in drug discovery and protein engineering.
Funkcje chromatyny w transkrypcji, odpowiedzi na stres oraz rekombinacji mejotycznej u Arabidopsis thaliana
(2025) Dzięgielewski, Wojciech; Ziółkowski, Piotr. Promotor
Chromatin composition and accessibility affects multiple biological processes on cellular scale, such as initiation of gene transcription or meiotic recombination. In turn, those molecular changes, affect genetic diversity and stress-response on the populational and organismal levels.
In the first part of the thesis, I have investigated functions of chromatin modifications on expression of stress-response genes in model plant species Arabidopsis thaliana. We thoroughly characterized, histone variant H2A.Z acetyltransferase NuA4 that is necessary for expression of genes related to growth and development. On the other hand, NuA4 stimulates deposition of H2A.Z into gene-bodies of stress-responsive genes, which ultimately leads to their silencing in non-inductive conditions. Later, I investigated roles of histone deacetylase enzyme HOA 19, that can specifically remove acetyl groups from H2A.Z and H3 at responsive genes. Interplay between histone acetylation and deacetylation forms equilibrium preventing spurious expression of stress genes.
In the later section I explored possible roles of chromatin modifications with dCas9-based tools. I provided a set of evidence that local recruitment of expression inducer peptide VP64, leads not only to increased transcription of the targeted gene but also to rearrangements in chromatin which can affect meiotic crossover formation in the targeted locus.
In the second part of the thesis, I developed bioinformatic pipelines used in NGS data analysis with emphasis on crossover detection in Arabidopsis. First, I designed web-based tool that allows easy browsing of genotyping-by sequencing datasets coming from different mutant backgrounds. Additionally, I developed a code that provides a simple and effective way to determine crossover site in NGS data generated via seed typing. Seed-typing is a method for investigating meiotic recombination at the hotspot scale.
To sum up, I demonstrated various aspects of my PhD research activities, ranging from studies on chromatin roles in the regulation of gene expression and meiotic recombination to development of computational approaches in
biological data analysis.
Intraspecific variation in masting across climate gradients is inconsistent with the environmental stress hypothesis
(2025) Foest, Jessie J.; Caignard, Thomas; Pearse, Ian S.; Bogdziewicz, Michał; Hacket-Pain, Andrew
Year-to-year variation in seed crop size (i.e. masting) varies strongly among populations of the same species. Understanding what causes this variation is vital, as masting affects the ability of tree species to regenerate and determines the population dynamics of a wide variety of animals. It is commonly thought that environmental stress is a key driver of masting variability. The environmental stress hypothesis posits that more marginal conditions increase the strength of masting. Using 437 time series from 19 tree species, we find that this hypothesis fails to fully explain how masting varies across marginality gradients. We expected higher interannual variation and less frequent masting events at species margins, but instead found that while mast years are indeed less frequent, the inter-annual variation was lower towards the margins. Theobserved patterns suggest that populations growing at the margins may invest more resources in low seed production years compared to their conspecifics, hedging their bets in these more challenging environments.
Zastosowanie organofunkcyjnych związków krzemu w procesie otrzymywania materiałów o określonych właściwościach powierzchniowych
(2025) Kaczmarek, Marta Maria; Maciejewski, Hieronim. Promotor
Modyfikacja powierzchni materiału umożliwia nadanie mu nowych właściwości, cech czy funkcji. Celem niniejszej rozprawy doktorskiej było zastosowanie organofunkcyjnych związków krzemu do opracowania metody otrzymywania materiałów o określonych właściwościach powierzchniowych. W badaniach skupiono się na modyfikacji zwilżalności powierzchni, dążąc do otrzymania powłok o właściwościach hydrofilowych lub hydrofobowych. Aby to osiągnąć, powierzchnię szkła funkcjonalizowano otrzymanymi w procesie zol-żel roztworami związków krzemoorganicznych lub modyfikowaną krzemionką. Opracowano prostą i skuteczną metodę otrzymywania transparentnych powłok o właściwościach hydrofilowych i
przeciwmgielnych, stosując organofunkcyjne silany. Zarówno wytworzone powłoki na szkle, jak i użyte do ich przygotowania roztwory modyfikujące, przechowywane w warunkach laboratoryjnych zachowywały swoje bardzo dobre właściwości hydrofilowe i przeciwmgielne. W celu zbadania wpływu morfologii powierzchni na jej właściwości zwilżające, krzemionkę otrzymaną w procesie zol-żel, a także krzemionki komercyjne, poddano modyfikacji różnymi grupami funkcyjnymi. Wyniki kątów zwilżania powłok z ich udziałem porównano do wartości otrzymywanych na modyfikowanej analogicznym związkiem, gładkiej powierzchni szkła. Wykazano, że uzyskana dzięki zastosowaniu krzemionek chropowatość powierzchni, ma wpływ na jej właściwości zwilżające.
Modification of the material’s surface allows it to be given new properties, characteristics, or functions. The aim of this dissertation was to use organofunctional silicon compounds to develop a method for obtaining materials with specific surface properties. The research focused on modifying the surface’s wettability to obtain coatings with hydrophilic or hydrophobic properties. To achieve this, the glass surface was functionalized with solutions of organosilicon compound or modified silica, prepared by the sol-gel process. A simple and effective method for obtaining transparent coatings with hydrophilic and anti-fogging properties using organofunctional silanes has been developed. Both the coatings produced on glass and the modifying solutions used for their preparation, stored under laboratory conditions, retained their excellent hydrophilic and anti-fogging properties. To study the effect of surface morphology on its wetting properties, silica
obtained by the sol-gel process, as well as commercial silicas, were modified with various functional groups. The results of the water contact angles of the coatings containing silicas were compared to the values obtained on a smooth glass surface modified with an analogous compound. It has been shown that the surface roughness achieved by using silicas affects its wetting properties.
Działania grup na rozmaitościach acyklicznych i rzeczywistych przestrzeniach rzutowych
(2025) Pulikowski, Jan; Pawałowski, Krzysztof M. Promotor
Do ważnych problemów dotyczących działań zwartych grupy Liego G na rozmaitościach gładkich należy opis pojawiających się zbiorów punktów stałych. Taki zbiór jest rozmaitością gładką, o ile działanie grupy G jest gładkie. Można więc zadać pytanie, jakie warunki są konieczne i wystarczające na to, by rozmaitość gładka była dyfeomorficzna ze zbiorem punktów stałych działania gładkiego grupy G na rozmaitości o specyficznych własnościach, np., na rozmaitości ściągalnej, jak dysk czy tez przestrzeń euklidesowa. W tym przypadku odpowiedzi na zadane pytanie udzielił Lowell Jones (gdy G jest p-grupa skończona), Krzysztof Pawałowski (gdy G jest torusem lub G jest rozszerzeniem p-grupy skończonej o torus) i Robert Oliver (gdy G jest grupa skończona, której rzad nie jest potęga liczby pierwszej). W rozprawie rozważa się działania gładkie grupy G na rozmaitościach gładkich, które są pseudo-równoważne z danym G-szablonem (tj. skończonym G-CW kompleksem spójnym o niepustym i spójnym zbiorze punktów stałych). Wyniki autorów wspomnianych powyżej dotyczą działań grup na rozmaitościach ściągalnych, tj. pseudo-równoważnych z jednym punktem. W rozprawie wyniki te rozszerzone są do działań grup G na rozmaitościach pseudo-równoważnych z G-szablonem mod-p acyklicznym (Twierdzenie 0.1) i acyklicznym (Twierdzenie 0.2). Przy dodatkowym założeniu, ze zbiory punków stałych są rozmaitościami stabilnie paralelizowalnymi, ich opis jest podany bez żadnego ograniczenia na G-szablon (Twierdzenie 0.3). Podano tez warunek konieczny i wystarczający na istnienie działania gładkiego grupy skończonej G (której rzad nie jest potęgą liczby pierwszej) bez punktów stałych na zwartej rozmaitości gładkiej pseudo-równoważnej z dowolnie zadanym G-szablonem (Twierdzenie 0.4). W szczególności, istnieje działanie gładkie skończonej grupy G bez punktów stałych na zwartej rozmaitości gładkiej pseudo-równoważnej z rzeczywista przestrzenią rzutowa parzysto-wymiarowa z trywialnym działaniem grupy G, wtedy i tylko wtedy, gdy G jest grupa Olivera. Wykazano też, ze każda skończona grupa Olivera posiada działanie gładkie bez punktów stałych na pewnej rzeczywistej przestrzeni rzutowej parzysto-wymiarowej (Twierdzenie 0.5).
Among important problems concerning actions of compact Lie groups G on smooth manifolds is the description of the occurring fixed point sets. Such a set is a smooth manifold, assuming the action of the group G is smooth. Therefore, one may ask what are the necessary and sufficient conditions for a smooth manifold to be diffeomorphic to the fixed point set of a smooth action of G on a smooth manifold with specific properties, e.g, on a contractible manifold (such as a disk or Euclidean space). In the case of actions on contractible manifolds, the answer to the posed question goes back to Lowell Jones (when G is a finite p-group), Krzysztof Pawałowski (when G is a torus or G is an extension of a finite p-group by a torus) and Robert Oliver (when G is a finite group not of prime power order). In this thesis, one considers smooth actions of a group G on smooth manifolds which are pseudo-equivalent to a given G-template (i.e., a finite connected G-CW complex with non-empty and connected fixed point set). The results of authors mentioned above concern group actions on contractible manifolds, i.e., pseudo-equivalent to one point. In this thesis, the results are extended to actions of groups G on manifolds pseudo-equivalent to a mod-p acyclic G-template (Theorem 0.1) and an acyclic G-template (Theorem 0.2). Under the additional assumption that the fixed point sets in question are stably parallelizable, the description of the fixed point sets is obtained without any additional restriction on the G-template. Moreover, a necessary and sufficient condition is given for the existence of a smooth fixed point free action of a finite group G (not of prime power order) on a compact smooth manifold pseudo-equivalent to any given G-template (Theorem 0.4). In particular, the result shows that there exists a smooth fixed point free action of a finite group G on a compact smooth manifold pseudo-equivalent to an even-dimensional real projective space with the trivial action of G, if and only if G is an Oliver group. Finally, it is proven that each finite Oliver group G has a smooth fixed point free action on some even-dimensional real projective space (Theorem 0.5).
Profil kognitywny eksperta kryminalistyki
(2025) Ignaszak, Mateusz; Matuszewski, Szymon. Promotor
Opinia biegłego jest kluczowym dowodem w sprawach sądowych, jednak obecny model selekcji biegłych nie gwarantuje wysokiej jakości opinii. Aby zminimalizować błędy w pracy biegłych, stosuje się różne narzędzia selekcyjne, takie jak analiza CV, testy osobowości, wywiady, a także testy zdolności poznawczych. Celem pracy była analiza, czy istnieje profil kognitywny eksperta kryminalistyki, który określa zdolności poznawcze sprzyjające wykonywaniu zadań związanych z porównywaniem śladów kryminalistycznych. Badano również, czy istnieją zdolności poznawcze uniwersalne dla wszystkich ekspertów oraz specyficzne dla poszczególnych specjalności. W badaniu uczestnicy rozwiązywali testy mierzące zdolności poznawcze, a następnie zadania z zakresu porównywania podpisów i śladów daktyloskopijnych. Stwierdzono korelacje istotne statycznie. Wyniki badań sugerują, że dzięki odpowiedniej selekcji kandydatów na biegłych możliwe jest wybranie osób z lepszymi predyspozycjami poznawczymi, które będą rzadziej popełniały błędy w zadaniach z zakresu porównywania śladów kryminalistycznych. W przyszłości warto rozszerzyć badania o profile kognitywne ekspertów z innych dziedzin kryminalistyki.
The expert opinion is one of the most important means of evidence. The current model of expert witnesses does not guarantee the high quality of their opinions. In order to minimize the number of mistakes made at each stage of expertise, candidates for forensic experts are selected using tools such as biographical data analysis (CV), personality tests, preliminary tasks, and questionnaire interviews. The main research objective of this thesis was to find an answer to the question of whether there is a cognitive profile of a forensic expert that would determine cognitive abilities crucial to the performance of evidence comparison. In addition, this work sought an answer to the question of whether there are cognitive abilities that are universally beneficial (i.e. for experts in every forensic discipline) and abilities that are specifically beneficial (i.e. for experts in certain specialties). In the study probands solved tests measuring cognitive abilities as well as fingerprint and signature comparison tasks. Significant correlations were observed. The results of the study suggest that with the proper selection of candidates for forensic experts, it is possible to select people with better cognitive aptitude who will make mistakes less often in evidence examinations. In future studies, research should be conducted towards determining the cognitive profiles of experts in other fields of forensic science.
On (De)constructing Corporate Identity An Ecolinguistic Approach
(Wydawnictwo Naukowe Uniwerstetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, 2017) Wąsikiewicz-Firlej, Emilia
Niniejszą monografię poświęcono zagadnieniom tożsamości, dyskursu, ideologii i ekologii w odniesieniu do komunikacji korporacyjnej. Jej głównym celem jest dekonstrukcja mechanizmów kształtowania tożsamości korporacyjnej poprzez dyskurs z perspektywy ekolingwistycznej. Wybór paradygmatu ekolingwistycznego motywowany był założeniem, że wszelka działalność człowieka ma nie tylko wymiar społeczno-kulturowy czy ekonomiczny, ale również ekologiczny (cf. Stibbe, 2010; Biersack, 2006). Widoczne jest to szczególnie wyraźnie we współczesnym dyskursie korporacyjnym, w którym w ostatnich latach punkt ciężkości przesunął się w kierunku większej wrażliwości społecznej i ekologicznej, kosztem dominującego wcześniej neoliberalizmu (Holborow, 2012; Jonker i Marberg, 2007).