Browsing by Author "Kubicki, Maciej. Promotor"
Now showing 1 - 3 of 3
Results Per Page
Sort Options
Item Eksperymentalne badania rozkładu gęstości elektronowej w kryształach pochodnych 4-nitroimidazolu(2013-01-25) Poulain, Agnieszka; Kubicki, Maciej. Promotor; Lecomte, Claude. PromotorWysokorozdzielcze dane dyfrakcji promieni rentgenowskich zostały zebrane dla pięciu pochodnych 4-nitroimidazolu: 1-(2’-aminofenylo)-2-metylo-4-nitroimidazolu (I), 2-metylo-4-nitro-1-fenylo-1H-imidazol-5-karbo-nitrylu (II), roztwór stały 1-(4-chlorofenylo)-2-metylo-4-nitro-1H-imidazol-5-karbonitrylu i 5-bromo-1-(4’-chlorofenylo)-2-metylo-4-nitro-1H-imidazolu (IIIa), 1-(4’-chlorofenylo)-4-nitro-5-metylo-imidazolu (IV) i 2-chloro-1-metylo-4-nitro-1H-imidazolu (V). Ich struktury krystalograficzne zostały rozwiązane i udokładnione w modelu niezależnych atomów (IAM), a następnie rozkład gęstości elektronowej udokładniono w modelu multipolowym Hansena-Coppensa i wykonano analizę topologiczną używając teorii Badera Atomów-W-Cząsteczkach. W końcu przeprowadzono analizę zmian wewnątrz-cząsteczkowych spowodowanych obecnością różnych podstawników, oraz oddziaływań międzycząsteczkowych w celu ich hierarchizacji. Poza główną częścią analityczną, dodatkowe obliczenia zostały wykonane dla poszczególnych struktur: - obliczenia czynnika Rfree dla cząsteczki I w celu ocenienia, czy różnice gęstości elektronowej pomiędzy dwiema symetrycznie niezależnymi cząsteczkami są wiarygodne czy też są rezultatem szumów i niepewności, oraz dla cząsteczek I i II w celu znalezienia optymalnego poziomu „miękkich” więzów; - wyznaczenie najlepszych warunków obliczeniowych dla uzyskania wartości i kierunku momentu dipolowego podobnych do danych teoretycznych (cząsteczka II). Modelowanie niektórych struktur wymagało użycia dodatkowych parametrów: rozkład gęstości elektronowej dla roztworu stałego (IIIa) uzyskano dzięki zasadzie transferu parametrów multipolowych, a anharmoniczność została zastosowana dla niektórych atomów w cząsteczkach I, IIIa i V w celu wymodelowania niespodziewanych pików gęstości resztkowej ułożonych w tzw. wzór szaszłykowy.Item Oddziaływania międzycząsteczkowe w kryształach molekularnych z perspektywy wysokorozdzielczej dyfrakcji promieni rentgenowskich(2020) Ostrowska, Agata; Kubicki, Maciej. PromotorCelem rozprawy doktorskiej była analiza oddziaływań międzycząsteczkowych na poziomie rozkładu gęstości elektronowej przy użyciu wysokorozdzielczej rentgenowskiej analizy strukturalnej. W ostatnich latach wiązania niekowalencyjne stały się przedmiotem wielu badań niemal w każdej dziedzinie chemii. Jednak pomimo rosnącego zainteresowania, wciąż niewielka liczba ukazujących się prac bazuje na eksperymentalnym rozkładzie gęstości elektronowej. Wyniki pracy przedstawiono w cyklu czterech publikacji w recenzowanych czasopismach międzynarodowych, składających się na niniejszą rozprawę. W ramach przedstawionego cyklu prac (P1- P4) przebadałam osiem związków cytyzynę (1), N-metylocytyzynę (2), kompleks trygoneliny z kwasem p-hydroksybenzenowym (TRG∙HBA, 3), kompleks N-karboksymetyloN-metylopiperydyny z kwasem p-hydroksybenzenowym (MPB∙HBA, 4), N- (tetrachlorobutylo)ftalimid (5), 6-amino-2-tiouracyl (ATU, 6), imidazolidyno-2-tion (IMT, 7) i tiazolidyno-2-tion (TT, 8). Pierwsze cztery struktury były podstawą do analizy wiązań wodorowych różnej mocy oraz słabszych oddziaływań takich jak C-H···π, π···π. Analiza chlorowej pochodnej ftalimidu (5) pozwoliła na analizę całej gamy oddziaływań, w których uczestniczy atom chloru np. C-Cl∙∙∙O,C-H∙∙∙Cl, Cl∙∙∙Cl. Z kolei modele multipolowe tioamidów (6, 7, 8) dostarczyły informacji o oddziaływaniach, w które zaangażowany jest atom siarki ze szczególnym uwzględnieniem kontaktów S···S. Dla wszystkich struktur (1-8) opisano rozkład gęstości elektronowej za pomocą modelu multipolowego Hansena-Coppensa, a następnie przeprowadzono analizę topologiczną z wykorzystaniem teorii AIM. Szczególną uwagę poświecono oddziaływaniom międzycząsteczkowym, również tym o niewielkiej mocy. W sumie znaleziono 170 interakcji międzycząsteczkowych dla których gęstość w punkcie krytycznym była > 0,2 e·Å-3 .Dla wszystkich kontaktów przeprowadzono analizę w oparciu o parametry topologiczne m.in. gęstość elektronową ρ(r) i laplasjan gęstości elektronowej ∇ 2 ρ(r).Item Relacja między strukturą a aktywnością biologiczną kompleksów wybranych metali z tioamidami, potencjalnych leków terapii antynowotworowej(2015-11-13) Grześkiewicz, Anita; Kubicki, Maciej. PromotorW ramach prowadzonych badań otrzymano nowe kompleksy trifenylocyny z tioamidami, które scharakteryzowano różnymi metodami analitycznymi. Rozwiązano i udokładniono struktury 15 nowych kompleksów o udowodnionej aktywności antynowotworowej i wskazano czynniki mogące mieć na nią wpływ Dodatkowo przeprowadzono wysokorozdzielcze badania 5 ligandów tioamidowych, co umożliwiło systematyczne badania podobnych cząsteczek należących do jednej klasy związków oraz zwiększenie ilości związków siarki, dla których został określony rozkład gęstości elektronowej. Przeanalizowano słabe oddziaływania międzycząsteczkowe w tych strukturach i m.in. pokazano, że wiązania wodorowe typu C-H···S mają podobne właściwości topologiczne, jak wiązania C-H···O. Po raz pierwszy wykonano eksperymentalne badania gęstości elektronowej dla kompleksów srebra oraz przeprowadzono ich analizę topologiczną. Ponadto wykazano, że transfer parametrów multipolowych z liganda do kompleksu jest zasadny nawet w obrębie strefy koordynacyjnej. Stwarza to dużo szersze możliwości badań rozkładu gęstości elektronowej dla kompleksów, dla których przeprowadzenie badań wysokorozdzielczych jest niemożliwe, lub wysoce utrudnione.