Nowe metody identyfikacji mikroRNA
Loading...
Date
2013-06-03
Authors
Advisor
Editor
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Title alternative
New methods for identification of microRNAs
Abstract
mikroRNA (miRNA) to małe regulatorowe RNA, będące ważnymi regulatorami ekspresji genów u roślin i zwierząt. Celem niniejszej pracy było opracowanie metod służących do identyfikacji mikroRNA i ich wykorzystanie w wielkoskalowych analizach transkryptomów i genomów. Cel ten osiągnięto na trzy różne sposoby. Algorytm miRNEST służy do identyfikacji zakonserwowanych miRNA w danych transkryptomicznych (sekwencje EST) na zasadzie podobieństwa sekwencji. HuntMi jest narzędziem stworzonym w oparciu o techniki nauczania maszynowego i jest w stanie identyfikować nowe rodziny miRNA. Ostatecznie, tworząc bazę danych ERISdb opracowano algorytm służący do przewidywania struktury intronowo-egzonowej genów mikroRNA w oparciu o sekwencje EST. Wyniki analiz z wykorzystaniem w/w narzędzi zdeponowano w nowo utworzonych, publicznych bazach danych. Te i inne bazy danych omówiono w pracy przeglądowej o bazach danych miRNA.
microRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs that play important roles in regulation of gene expression in plants and animals. The goal of this work was to develop new methods for miRNA search and use them in large-scale analyses of genomes and transcriptomes. This was achieved in three ways. miRNEST algorithm is able to identify conserved microRNAs in transcriptomic data (EST sequences) by performing similarity search. HuntMi is a new miRNA search tool developed using machine learning techniques; it is able to identify novel miRNA families. Finally, when creating ERISdb database, a new algorithm was developed to predict miRNA exon-intron structure in genomes using EST sequences. The results of large-scale analyses using the abovementioned tools and methods are deposited in newly created, publicly available databases. The databases, as well as other miRNA resuorces, are described in a review on miRNA databases.
microRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs that play important roles in regulation of gene expression in plants and animals. The goal of this work was to develop new methods for miRNA search and use them in large-scale analyses of genomes and transcriptomes. This was achieved in three ways. miRNEST algorithm is able to identify conserved microRNAs in transcriptomic data (EST sequences) by performing similarity search. HuntMi is a new miRNA search tool developed using machine learning techniques; it is able to identify novel miRNA families. Finally, when creating ERISdb database, a new algorithm was developed to predict miRNA exon-intron structure in genomes using EST sequences. The results of large-scale analyses using the abovementioned tools and methods are deposited in newly created, publicly available databases. The databases, as well as other miRNA resuorces, are described in a review on miRNA databases.
Description
Wydział Biologii Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii
Sponsor
Keywords
mikroRNA, bazy danych, databases, nauczanie maszynowe, machine learning, EST, microRNA