Doktoraty 2010-2025 /dostęp otwarty/

Permanent URI for this collectionhttps://repozytorium.amu.edu.pl/handle/10593/357

Browse

Now showing 1 - 20 of 989

System drożdżowy do przeszukiwania inhibitorów głównej proteazy SARS-CoV-2
(2025) Grabiński, Wojciech; Karachitos, Andonis. Promotor
Pandemia COVID-19, wywołana wirusem Betacoronavirus pandemicum (SARS-CoV-2) doprowadziła do śmierci milionów ludzi na całym świecie. Jednym z białek niezbędnych do funkcjonowania SARS-CoV-2 jest jego główna proteaza (Mpro), co czyni ją jednym z ważniejszych celów dla potencjalnych leków. Celem niniejszej rozprawy doktorskiej było opracowanie bezpiecznego, ekonomicznie przystępnego i szybkiego systemu przesiewowego, opartego na drożdżach Saccharomyces cerevisiae, do badania aktywności Mpro oraz poszukiwania jej inhibitorów. System ten umożliwia kontrolowaną ekspresję genu kodującego Mpro, który został umieszczony pod kontrolą promotora GAL1. Zaproponowany system pozwala na określenie aktywności Mpro zarówno poprzez jego toksyczny wpływ na wzrost komórek drożdży, jak i pomiar zmian poziomu fluorescencji. System wykazał czułość na znane inhibitory Mpro, ale także umożliwił identyfikację nowych, wcześniej nieopisanych inhibitorów, takich jak meisoindigo. Dodatkowo, przeprowadzone badania wskazały na związek między aktywnością Mpro a funkcjonowaniem mitochondriów. Zaobserwowano, że Mpro jest szczególnie toksyczne w warunkach wymagających od komórek aktywnych mitochondriów. Na podstawie pomiarów poziomu oddychania komórkowego oraz obserwacji mikroskopowych wykazano, że Mpro obniża zużycie tlenu, zakłóca potencjał wewnętrznej błony mitochondrialnej oraz powoduje deformację struktury mitochondriów. Ponadto, w ramach pracy przedstawiono przegląd literatury dotyczącej szerokiego wykorzystania drożdży w badaniach nad SARS-CoV-2, obejmujących analizę aktywności Mpro, badanie oddziaływań między białkami wirusa a białkami gospodarza, produkcję szczepionek oraz tworzenie replikonów SARS-CoV-2. Niniejsza rozprawa doktorska prezentuje skuteczny system drożdżowy umożliwiający wykrywanie inhibitorów Mpro. oraz dostarcza nowej wiedzy na temat wpływu Mpro na kluczowe struktury subkomórkowe, takie jak mitochondria, pogłębiając zrozumienie mechanizmów działania SARS-CoV-2. The COVID-19 pandemic, caused by the Betacoronavirus pandemicum virus (SARS-CoV-2), has resulted in the death of millions of people worldwide. One of the proteins required for SARS-CoV-2 to function is its main protease (Mpro), making it one of the most important targets for potential drugs. The aim of this thesis was to develop a safe, inexpensive and rapid screening system based on the yeast Saccharomyces cerevisiae to study Mpro activity and search for its inhibitors. This system allows the controlled expression of the Mpro gene under the control of the GAL1 promoter. The proposed system allows for the determination of Mpro activity both through its toxic effect on yeast cell growth and through measurement of changes in fluorescence level. The system showed sensitivity to known Mpro inhibitors, but also allowed the identification of new, previously undescribed inhibitors, such as meisoindigo. In addition, the results indicated a relationship between Mpro activity and mitochondrial function. Mpro was observed to be particularly toxic under conditions that require active mitochondria in cells. Based on measurements of cellular respiration levels and microscopic observations, Mpro was shown to reduce oxygen consumption, disrupt the inner mitochondrial membrane potential, and cause deformation of mitochondrial structure. In addition, this thesis presents a literature review of the extensive use of yeast in SARS-CoV-2 research, including the analysis of Mpro activity, the study between viral- host protein interactions, vaccine production, and the formation of SARS-CoV-2 replicons. This dissertation presents an effective yeast system for the detection of Mpro inhibitors and provides new insights into the effects of Mpro on key subcellular structures such as mitochondria, expanding our understanding of the mechanisms of SARS-CoV-2 action.
Nowe fazy prototypowych matelocenów
(2025) Moszczyńska, Ida; Katrusiak, Andrzej. Promotor
Metaloceny to prototypowa grupa związków metaloorganicznych, których odkrycie zapoczątkowało intensywny rozwój tej dziedziny chemii. Niedawne publikacje nowych faz krystalicznych ferrocenu, modulowanej Iʺ i wysokociśnieniowej Iʹ, skłoniły mnie do bardziej wnikliwej analizy również pozostałych prototypowych metalocenów. Przeprowadzone badania struktur niklocenu i ferrocenu, przy założeniu modelu niezależnych położeń pierścieni wskazały, że w izostrukturalnych fazach I tych związków, współistnieją konformacja naprzemianległa z konformacjami skręconymi. Ten, ‘miękki model’ wyjaśnia na podstawie danych strukturalnych obserwowane wcześniej eksperymentalnie dielektryczne właściwości ferrocenu, niezgodne z symetrią C5 cząsteczek. W wysokim ciśnieniu kryształy α-rutenocenu (α-RuCp2, Pnma) i α-osmocenu (α-OsCp2, grupa przestrzenna Pnma) ulegają przemianom fazowym ze zmianą symetrii do grupy przestrzennej Pcmb (β-RuCp2) i Pcab (β-OsCp2). Pomiary spektroskopii Ramana, dyfraktometryczne pomiary proszkowe i obserwacje wizualne kryształów świadczą o szerokich histerezach przemian fazowych, rozciągających się w zakresach 0.7-3.9 GPa (RuCp2) i 0.3-3.6 GPa (OsCp2). W wysokociśnieniowych polimorfach β preferencja do tworzenia krótkich oddziaływań CH‧‧‧M (gdzie M = Ru, Os) jest wyższa niż do tworzenia oddziaływań CH‧‧‧π, przeważających w fazie α. Dzięki dyfraktometrycznym pomiarom monokryształów RuCp2 i OsCp2 w ciśnieniu atmosferycznym i wysokich temperaturach, odpowiednio 395 K i 427 K, zaobserwowałam przemiany fazowe do izostrukturalnych faz γ o symetrii Fmmm. W wyniku tych przemian zerwane zostają wszystkie kontakty CH‧‧‧M, a cząsteczki metalocenów stają się nieuporządkowane w konformacjach na przemian- i naprzeciwległej. Metallocenes constitute a prototypic group of metalloorganic compounds. The discovery of ferrocene indicated the intensive development of metaloorganic chemistry. The recently revealed new high-pressure crystal phase Iʹ and modulated phase Iʹʹ of ferrocene convinced me to investigate also other prototypic metallocenes. The structural analysis of nickelocene and ferrocene, by applying the model of independent rotation of cyclopentadienyl rings to their isostructural phases I, shows that the staggered molecular conformation coexists with rotated conformations. Based on structural data, this ‘soft model’ explains the previously reported dielectric properties of ferrocene. These properties were inconsistent with the C5 symmetry of ferrocene molecules. The compression of α-ruthenocene (α-RuCp2, space group Pnma) and α-osmocene (α-OsCp2, Pnma) crystals lead to phase transitions, which change of crystal symmetry into space group Pcmb (β-RuCp2) and Pcab (β-OsCp2). The Raman spectra, diffractometric measurements on powder samples, and visual observations of single crystals revealed a wide hysteresis of the α – β phase transitions between 0.7-3.9 GPa (RuCp2) and 0.3-3.6 GPa (OsCp2). The high-pressure β polymorphs are stabilized by short contact CH‧‧‧M (M = Ru, Os), whereas phase α is dominated by bonds CH‧‧‧π. Diffractometric measurements on single crystals of RuCp2 and OsCp2 at ambient pressure and 395 K and 427 K respectively reveal the α to γ phase transitions. The high-temperature γ phases are isostructural, space group Fmmm. These phase transitions break all CH‧‧‧M bonds, and the molecules become disordered in staggered and eclipsed conformations.
Współczesne naczynia przyjazne środowisku – problem interakcji pomiędzy materiałem a żywnością
(2025) Brończyk, Karolina; Dąbrowska, Agata. Promotor; Majcher, Małgorzata. Promotor
Na mocy Dyrektywy Plastikowej, na rynek konsumencki wprowadzono „ekologiczne” materiały do kontaktu z żywnością (ang. food contact materials; FCMs), co budzi wątpliwości dotyczące bezpieczeństwa żywności. W rozprawie doktorskiej przeprowadzono charakterystykę interakcji zachodzących między nowymi FCMs a żywnością. W tym celu FCMs poddano badaniom migracji w różnych warunkach czasowych i temperaturowych, z wykorzystaniem żywności lub płynów modelowych. Oznaczono szerokie spektrum związków chemicznych (podejście nieukierunkowane) oraz markery migracji (podejście ukierunkowane) za pomocą narzędzi analitycznych, sensorycznych i statystycznych. Umożliwiło to zidentyfikowanie oraz skwantyfikowanie zanieczyszczeń, które mogą migrować z FCMs do żywności i wpływać na jej profil sensoryczny i jakość. Wyniki wykazały, że FCMs pochodzenia roślinnego mogą zniekształcać profil sensoryczny kawy i herbaty, za co odpowiadają nasycone i nienasycone związki karbonylowe i nasycone alkohole. W celu oceny wpływu czynników na intensywność interakcji FCMs-żywność, wybrano niskocząsteczkowe związki karbonylowe jako markery zachodzących zmian. Są one wszechobecne w środowisku, reaktywne i ulegają dynamicznym zmianom, a zastosowana zoptymalizowana procedura pomiarowa pozwoliła na ich monitorowanie na niskich poziomach stężeń (ng/L). Oszacowano również narażenie konsumentów na niebezpieczne związki (np. formaldehyd) stosując limit migracji specyficznej (SML) lub tolerowane dzienne pobranie (TDI). Wyniki i dyskusja są podstawą do pogłębienia wiedzy i zrozumienia natury FCMs i ich wpływu na żywność. Based on the Plastics Directive, “ecological” food contact materials (FCMs) have appeared on the consumer market, which may raise food safety concerns. The doctoral dissertation carried out a characterization of the interactions between new FCMs and food. For this purpose, different FCMs were subjected to migration tests under different time and temperature conditions, using food or food simulants. A wide spectrum of chemical compounds (untargeted approach) and migration markers (targeted approach) were determined using analytical, sensory and statistical tools. This enabled the identification and quantification of contaminants that can migrate from FCMs to food and affect its sensory profile and quality. The results showed that plant-based FCMs can distort the sensory profile of coffee and tea. Chemical compounds affecting undesirable changes include saturated and unsaturated carbonyl compounds, and saturated alcohols. Low-molecular-weight carbonyl compounds were selected as markers of undesirable changes, in order to assess the influence of various factors on the intensity of FCM-food interactions. These compounds are ubiquitous in the environment, are reactive and undergo dynamic changes, and the optimized measurement procedure used allowed their monitoring at low concentration levels (ng/L). Consumer exposure to hazardous compounds (e.g., formaldehyde) was also estimated using specific migration limits (SML) or tolerable daily intake (TDI). The presented results and discussion provide a basis for deepening knowledge and understanding the nature of popular FCMs and their impact on the food.
Synteza, analiza spektroskopowa oraz badania biologiczne in silico nowych koniugatów steroidowych zawierających układy triazolowe
(2025) Kawka, Anna; Pospieszny, Tomasz. Promotor; Koenig, Hanna. Promotorka pomocnicza
Praca doktorska dotyczy projektowania, syntezy i charakterystyki nowatorskich biokoniugatów steroidowych. Związki inspirowane terapeutycznym potencjałem steroidów, kwasów żółciowych i zasad pirymidynowych połączono pierścieniami 1,2,3-triazolowymi z wykorzystaniem chemii „click”. Rozprawa obejmuje przegląd literatury oraz badania eksperymentalne i obliczeniowe. Omówiono znaczenie biokoniugatów steroidowych, takich jak skwalamina, w terapiach oraz zastosowanie chemii „click” do modyfikacji steroli i kwasów żółciowych. Podkreślono ich rolę jako inhibitorów enzymów i potencjalnych leków przeciwinfekcyjnych. W części badawczej opracowano trzy grupy związków: koniugaty kwasów żółciowych i steroli o przewidywanej aktywnościrzeciwgrzybiczej i przeciwbakteryjnej, quasi-podandy do zastosowań w nanotechnologii oraz hybrydy steroidowo-pirymidynowe o potencjale przeciwnowotworowym i przeciwdrobnoustrojowym. Analizy spektroskopowe (NMR, FT-IR, MS) oraz obliczenia teoretyczne potwierdziły poprawność struktur. Badania in silico wykazały szerokie spektrum aktywności biologicznej, m.in. przeciwnowotworowej i przeciwzapalnej. Praca wnosi wkład w rozwój chemii bioorganicznej i projektowanie wielofunkcyjnych związków terapeutycznych. The thesis focuses on the design, synthesis and characterisation of novel steroid bioconjugates. Inspired by the therapeutic potential of steroids, bile acids and pyrimidine bases, these compounds were linked via 1,2,3-triazole rings using „click” chemistry. The thesis includes a literature review and original experimental and computational studies. The review highlights the importance of steroid bioconjugates such as squalamine in pharmacological therapies, focusing on „click” chemistry to modify bile acids and sterols. This approach enables the formation of stable, bioactive supramolecular structures. The study also examines recent advances in steroid-triazole conjugates as enzyme inhibitors and potential anti-infective drugs. The research section presents three groups of new compounds: bile acid-sterol conjugates with antifungal and antibacterial properties, quasi-podands with potential applications in nanotechnology and drug delivery, and steroid-pyrimidine hybrids (with uracil and 2-thiouracil) targeting lipid metabolism enzymes for possible anticancer, antimicrobial, and dermatological therapies. Spectral analyses (NMR, FT-IR, MS) and theoretical calculations confirmed the structural correctness and chemical stability. In silico studies (PASS, molecular docking) revealed broad biological activities, including anticancer, antimicrobial, cytoprotective, and anti-inflammatory effects. This work advances bioorganic chemistry, offering new directions in the design of therapeutic compounds.
Czułość i ciepło. Studium porównawcze twórczości Olgi Tokarczuk i Mo Yan
(2025) Guo, Xiaojin; Zduniak, Małgorzata. Promotor
Olga Tokarczuk została laureatką Literackiej Nagrody Nobla w 2018 roku, a Mo Yan otrzymał ją sześć lat wcześniej. Ani Polska, ani Chiny nie są centrum literackiego świata, ale obojgu pisarzom udało się odnieść międzynarodowy sukces. Chociaż polska i chińska literatura uważane są za peryferyjne w porównaniu z zachodnim kanonem literackim, powieś ci obojga autorów zdołały przeniknąć z marginalizowanej literatury powstającej na peryferiach do literatury światowej. Dziś traktuje się ją jako tę, która wykracza poza swój oryginalny kontekst kulturowy lub językowy i ma uniwersalne znaczenie. Polska pisarka i chiński pisarz wykorzystują w narracji czułość i ciepło, oddając głos marginalizowanym kobietom i naturze. Przedstawiają ucisk marginalizowanych postaci kobiecych i przyrody w ramach patriarchalnych hierarchii. Dzięki czułej narracji kobiety zajmują centralną pozycję w dziełach obojga pisarzy, przy czym kobiece postacie buntują się i walczą z opresją. Z kolei natura jest personifikowana lub uznawana za sprawczą, aby w ten sposób podkreślić, że na równych prawach bierze ona udział w kształtowaniu świata. Tokarczuk i Mo Yan, pokazując, że kobiety i natura nie zajmują w świecie marginalnych pozycji, kształtują świadomość istnienia i rangi relacji ludzi, szczególnie kobiet, z naturą. Nie opowiadają się przy tym radykalnie za zastąpieniem androcentryzmu gynocentryzmem, obdarzają czułością i ciepłem również marginalizowanych społecznie mężczyzn, np. tych, którzy są nieszczęśliwi i żyją w samotności. Mimo izolacji, w jakiej się znaleźli, mogą bowiem liczyć na opiekę i pocieszenie ze strony natury oraz kobiet. W rozprawie analizowane są więc sposoby, jakimi polska pisarka i chiński pisarz dekonstruują opozycje mężczyzna–kobieta i kultura–natura. Ich twórczość zawiera manifestacje wzajemnych powiązań i pokazuje, że zrównoważ one i oparte na współpracy relacje między mężczyznami, kobietami i naturą czynią świat lepszym i bardziej harmonijnym miejscem. Niniejsza rozprawa może stanowić wkład w badania jest twórczości Olgi Tokarczuk i Mo Yana w kontekście literatury światowej, ale także w międzykulturowe studia literackie, a co za tym idzie, w badania porównawcze. Olga Tokarczuk was the winner of Nobel Prize for Literature in 2018 and Mo Yan received the prize in 2012. Neither Poland nor China is the center of literary world, but Tokarczuk and Mo Yan succeed to make international influence. Both Polish and Chinese literature were considered peripheral compared with the Western literary canon, but their books manage to rise from peripheral literature to world literature that have gained international recognition and are considered to have universal significance beyond their original cultural or linguistic context. The two writers display their commonalities of tenderness and warmth by giving voice to the marginalized women and nature. They depict the oppression and exploitation on marginalized women and nature under patriarchal hierarchal structures, and the wars and political upheavals. Through tender narration, the women are put in the center of their works, their values and significance are recognized, and their female characters are rebellious to fight against oppressive powers; nature is personified or acknowledged having agency to highlight their equal importance with humans in shaping the world. They raise women and nature from the marginalized and neglected position to the center of their works aiming to remind us to pay attention to the survival of women and nature, and to arouse people’s awareness of women’s existence and the human-nature relationship. However, they are not radically advocating replacing androcentrism with gynocentrism, the two authors also convey their tenderness and warmth to those marginalized men living a miserable and lonely life; despite being isolated or deserted by society, they could find care and comfort from nature and women, and those men also expressed their care and tenderness to women and nature. The binary oppositions between males/females and male (culture)/nature are deconstructed in their works. Their works manifest the interconnectedness of everything and that a balanced and cooperative relationship among males, females and nature can and should be achieved to make the world a better and harmonious place. This dissertation is not only of certain values in looking at the works of Tokarczuk and Mo Yan through the prism of world literature, but will also constitute a contribution to intercultural literary studies and, consequently, to comparative research.
Semantyka nazw własnych w ujęciu kontrastywnym. Plan doonimiczny i deonimiczny w języku polskim, angielskim i chińskim
(2025) Galewska, Karolina; Rutkiewicz-Hanczewska, Małgorzata. Promotor
Pracę poświęcono wielowymiarowemu opisowi znaczeń zakodowanych w nazwach własnych i przez nie wyrażanych, który uwzględnia podobieństwa i różnice między systemami onimicznymi trzech języków: polskiego, angielskiego i chińskiego (mandaryńskiego). Kierunek rozważań wyznacza pytanie, jak typ języka, czyli jego właściwości morfologiczne, syntaktyczne i fonologiczne, oraz cechy danej kultury wpływają na tworzenie propriów i posługiwanie się nimi. Przyjęty w całej pracy porównawczy, uniwersalistyczny punkt oglądu stanowi swoiste novum w badaniach onomastycznych ze względu na zestawienie ze sobą zróżnicowanych językowo i kulturowo systemów oraz odrzucenie dominującego w onomastyce europocentryzmu, a także z uwagi na holistyczne podejście do rozdzielanych dotychczas dziedzin opisu onomastycznego (związanych z trzema planami użycia onimów). Ewolucję stosunku filozofów oraz onomastów do kwestii znaczenia nazw własnych omówiono w pierwszej części pracy. W kolejnych rozdziałach semantykę propriów poddano analizie w wymiarze trzech płaszczyzn ich funkcjonowania: 1) momentu kreacji, a więc stawania się nazwą (płaszczyzna doonimiczna), 2) użycia w komunikacji (płaszczyzna onimiczna), 3) wtórnych użyć, w których nazwa przestaje pełnić funkcję referencjalną (płaszczyzna deonimiczna). Plany doonimiczny i deonimiczny stanowią główne perspektywy oglądu, gdyż przyjmuje się, że nazwa używana w komunikacji w swej podstawowej funkcji (w płaszczyźnie onimicznej) przede wszystkim oznacza, dlatego wartość pojęciowa znaku onimicznego nie musi być w tym wymiarze aktualizowana. This thesis provides a multidimensional description of the meanings encoded in and expressed by proper names, that which takes into account the similarities and differences between the onymic systems of three languages: Polish, English and Chinese (Mandarin). The study is driven by the central question of how the type of language (i.e. its morphological, syntactic and phonological properties) and the characteristics of a given culture affect the creation of propria and their use. The comparative, universalist point of view adopted throughout the work can be considered a novel approach in onomastic research because it juxtaposes linguistically and culturally diverse systems and rejects the Eurocentric perspective dominant in onomastics. The perspective is also regarded as innovative as a result of the holistic approach it takes to the hitherto separated fields of onomastic description (related to the three levels of onymic usage). In the first part of the dissertation, there is a discussion on the evolution of perspectives on the meaning of proper names, developed by philosophers and onomasticians. In the following chapters, the semantics of propria are analyzed in terms of three spheres of functionality: 1) the moment of creation, i.e. becoming a name (to-onymic plan); 2) their use in communication (onymic plan); 3) their secondary uses, in which the name no longer serves a referential function (deonymic plan). Regarding the onymic plan, as it is assumed that the name used in communication primarily denotes objects, the conceptual level of the onymic sign is not necessarily activated. As such, the to-onymic and de-onymic plans are the main areas of analysis.
Znaczenie kulturowe upraw i komodyfikacji roślin w okresach chalkolitu oraz wczesnej epoki brązu w Azji Południowo-Zachodniej na przykładzie stanowisk Gurga Chiya z późnej fazy kultury Ubaid (Iracki Kurdystan), Kani Shaie z okresu wczesnej epoki brązu (Iracki Kurdystan) oraz Tel Qedesh z okresu wczesnej epoki brązu (Izrael)
(2025) Joka, Karolina; Marciniak, Arkadiusz. Promotor; Fuller, Dorian Q. Promotor
Udomowienie roślin i późniejsze pojawienie się rolnictwa to jedne z kluczowych czynników rewolucji neolitycznej, które zapoczątkowały szereg zmian gospodarczych i społecznych. Rolnictwo wpłynęło na krajobraz (pola uprawne, wylesianie), społeczeństwo (osiadły tryb życia, magazynowanie plonów) oraz ekologię (udomowienie roślin i zwierząt). Jednym ze skutków uprawy ziemi był wzrost populacji, który wiązał się z pojawieniem się specjalizacji pozarolniczych oraz rozwinięciem bardziej rozległych form dystrybucji dóbr i handlu. W Azji Południowo-Zachodniej różnica czasowa między pojawieniem się rolnictwa, organizacją pól uprawnych a powstaniem pierwszych miast wynosi około 5000 lat. Powszechnie przyjmuje się, że w tym okresie uprawiano i udomawiano rośliny wieloletnie (takie jak oliwka, winorośl, figa, granat i daktyl), które stanowiły fundament dla późniejszego rozwoju tzw. „upraw towarowych” (ang. cash crops). Jednocześnie uprawa zbóż przeszła liczne transformacje mające na celu uzyskanie bardziej efektywnych plonów. Obie te kategorie, a także produkty wtórne roślin (np. wino, olej, suszone owoce), uległy procesom komodyfikacji, stając się towarami na rynku sprzedaży. Podczas gdy pierwsze etapy tego procesu zostały szeroko zbadane, późniejsza faza pozostaje w dużej mierze niedostatecznie rozpoznana. Moje badania doktorskie dotyczą trzeciego etapu powyższego procesu i mają trzy wzajemnie powiązane cele: 1. Rozpoznanie procesu i mechanizmów komodyfikacji roślin oraz ich kulturotwórczego wpływu, zwłaszcza w kontekście wzrostu złożoności społecznej w północnej Mezopotamii. 2. Zbadanie procesu i mechanizmów pojawienia się nowych praktyk rolniczych, w tym metod intensyfikacji i ekstensyfikacji, wprowadzenia nowych upraw – zwłaszcza roślin wieloletnich – oraz trwałego wpływu zaawansowanych procesów rolniczych, takich jak celowe opóźnienie zwrotów z inwestycji, na rosnącą złożoność społeczną w Azji Południowo-Zachodniej. 3. Analiza zastosowania wyników badań izotopów stabilnych na materiale archeobotanicznym jako narzędzia wspierającego rozpoznanie procesów komodyfikacji Badania zrealizowane w ramach przedłożonej pracy doktorskiej obejmują okres od V do początku III tysiąclecia p.n.e., czyli czas rozwoju zaawansowanego rolnictwa i powiązanych praktyk w Azji Południowo-Zachodniej. Z kulturowo-historycznego punktu widzenia obejmuje to okres od późnego neolitu do wczesnej epoki brązu. Cele badawcze zostaną osiągnięte poprzez kompleksową analizę materiałów botanicznych i archeologicznych z trzech stanowisk w badanym regionie: 1. Gurga Chiya, iracki Kurdystan – późny chalkolit. 2. Kani Shaie, iracki Kurdystan – wczesna epoka brązu. 3. Tel Qedesh, Izrael – wczesna epoka brązu. Wyniki badań zostały opublikowane w trzech artykułach recenzowanych, znajdujących się na liście A Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Każda z publikacji porusza odmienny aspekt szeroko rozumianego procesu komodyfikacji upraw rolnych. The domestication of plants, and the subsequent emergence of agriculture, is one of the determinants of the Neolithic revolution, and which triggered a series of economic and social changes Agriculture had an impact on the landscape (arable fields, deforestation), society (sedentism, crop storage) and ecology (domestication of plants and animals). One of the effects of farming was the increase in population, which was associated with the emergence of non- agricultural specializations and extensive forms of distribution of goods and trade. In the Southwest Asia, the offset between the emergence of agriculture, organised form of the arable fields, and the first cities is significant, and amounts to ca. 5000 years. It is generally agreed that during this period perennial plants (such as olive, grape, fig, pomegranate and date) were cultivated and then domesticated, forming the foundations for the subsequent development of the so– called “cash crops”, whereas cereal cultivation has undergone numerous transformations aimed at more efficient harvests Both categories, as well as plants’ secondary products (e.g. wine, oil, dried fruits) have also undergone commodification processes, becoming goods on the sales market. While the first steps have been extensively studied, the latter process remains largely under researched. My PhD research project pertains to the third step in the process outlined above has three intertwined objectives: 1. The recognition of the process and mechanisms of plant commodification and its culture-forming impact, especially for the emergence of increased social complexity in Northern Mesopotamia 3 2. The recognition of the process and mechanisms of the emergence of new agricultural practices, including intensification and extensification methods, the introduction of new crops—particularly perennial plants. Furthermore, the enduring impact of the advanced agricultural processes, including deliberate practices of delayed returns, and its far- reaching consequences for increased social complexity in Southwest Asia. 3. the applicability of using stable isotope analysis results on archaeobotanical material as a heuristically viable tool for recognizing the processes of commodification. The study covers the period from 5 th to the beginning of the 3 rd millennium BCE, which covers the emergence of advanced farming and related practices in Southwest Asia. From the culture- historical standpoint, this covers a period between Late Neolithic and Early Bronze Age. The advocated objectives will be achieved by comprehensive study of botanical and archaeological materials from three sites from the studied region: (i) Gurga Chiya, Iraqi Kurdistan – Late Chalcolithic (ii) Kani Shaie, Iraqi Kurdistan – Early Bronze Age (iii) Tel Qedesh, Israel - Early Bronze Age II The results of my study were published in three articles in highly established peer-reviewed journals. All of them are on the A list of the Ministry of Science and Higher Education, and each publication covers a different issue related to the broadly understood topic of commodification processes of agricultural crops.
Wnioskowanie autobiograficzne a diagnozowanie poziomu funkcjonowania osobowości
(2025) Wesołowski, Arkadiusz; Soroko, Emilia. Promotor
W ostatnich latach integracja teorii tożsamości narracyjnej oraz wymiarowych modeli zaburzeń osobowości zyskuje na znaczeniu. Badacze wskazują na związki tożsamości narracyjnej z zaburzeniami osobowości, w tym także na potencjalną użyteczność analizy autonarracji dla diagnozowania zaburzeń osobowości w ujęciu wymiarowym. Łączenie tych dwóch perspektyw zarówno w warstwie naukowej jak i praktycznej jest jednak relatywnie nowym i innowacyjnym podejściem wymagającym dalszej eksploracji. Określono dwa główne cele rozprawy doktorskiej. Pierwszym z nich było sprawdzenie związków tożsamości narracyjnej z wymiarową konceptualizacją zaburzeń osobowości opisaną w Alternatywnym Modelu Zaburzeń Osobowości (AMPD) DSM-5. Drugim było wstępne sprawdzenie użyteczności klinicznej analizy autonarracji dla diagnozowania poziomu funkcjonowania osobowości (kryterium A). Na rzecz realizacji celów zaprojektowano dwa badania naukowe. Badanie pierwsze przygotowano w modelu ilościowym z mieszanymi metodami zbierania danych (ilościowe i jakościowe). Badanie drugie zaprojektowano w podejściu ilościowym. Wnioski z przeprowadzonych badań sugerują (1) konieczność dostosowywania (uszczegóławiania lub zwiększania ogólności) sposobu rozumienia aktywności narracyjnej w celu dopasowania jej do zagadnień zaburzeń osobowości; (2) zasadność uwzględniania pytań narracyjnych w procesie diagnozowania zaburzeń osobowości; (3) konieczność prowadzenia dalszych badań w kierunku dookreślenia związków zachodzących między tożsamością narracyjną a zaburzeniami osobowości. In recent years, the integration of narrative identity theory and dimensional models of personality disorders has grown in importance. Researchers highlight the relationships between narrative identity and personality disorders, including the potential clinical utility of self-narrative analysis for the assessment of personality disorders in a dimensional approach. Combining these two perspectives in scientific and practical layers is a relatively new and innovative approach that requires further exploration. Two main aims of the dissertation were identified. The first was to test the relationship of narrative identity with the dimensional conceptualization of personality disorders described in the DSM-5 Alternative Model of Personality Disorders (AMPD). The second was to preliminarily test the clinical utility of self-narrative analysis for the level of personality functioning (criterion A) assessment. In support of the objectives, two scientific studies were designed. Study one was prepared using a quantitative model with mixed data collection methods (quantitative and qualitative). Study two was designed with a quantitative approach. Conclusions of the study suggest (1) the need to adapt (make more specific or more general) the understanding of narrative activity to adjust it to the matters of personality disorders; (2) the reasonableness of including narrative inquiries in the process of assessing personality disorders; (3) the need to conduct further research towards clarifying the relationships between narrative identity and personality disorders.
Szkoła Katechistów Archidiecezji Poznańskiej i jej znaczenie dla rozwoju katechezy dorosłych. Studium teoretyczno-empiryczne
(2025) Jakób, Szymon; Szpet, Jan. Promotor; Zjawin, Jacek. promotor
Sobór Watykański II, dostrzegając wielowiekowe zaniedbanie katechezy dorosłych, podkreślił jej pierwszorzędne znaczenie i zapoczątkował proces jej odnowy, który trwa do dziś. Najnowszym wyrazem tego kierunku jest motu proprio papieża Franciszka Antiquum ministerium, ustanawiające posługę katechisty. Jednak już wcześniej, lokalnie w archidiecezji poznańskiej, podjęto konkretne działania na rzecz formacji świeckich katechistów, czego przykładem jest powołanie Szkoły Katechistów. Celem niniejszej rozprawy doktorskiej jest analiza działalności tejże szkoły oraz jej wpływu na katechezę dorosłych w archidiecezji poznańskiej. Badanie uwzględnia perspektywę teoretyczną, empiryczną oraz prakseologiczną. W części teoretycznej omówiono znaczenie katechezy dorosłych w nauczaniu Kościoła, pojęcie dorosłości w różnych kontekstach, a także historyczny rozwój katechezy dorosłych. Przedstawiono również genezę i strukturę Szkoty Katechistów. Część empiryczna opiera się na badaniach przeprowadzonych w archidiecezji poznańskiej wśród katechistów, proboszczów, uczestników katechezy dorosłych oraz kandydatów na katechistów. Zastosowano metody badań jakościowych i ilościowych, w tym metodę ankiety i wywiadu. Wyniki badań wskazują na istotną rolę świeckich katechistów jako autentycznych świadków wiary, ale także na konieczność wsparcia udzielanego przez proboszczów dla ich efektywnej posługi oraz potrzebę stałej aktualizacji programu formacji. Część prakseologiczna koncentruje się na formułowaniu postulatów dotyczących dalszego rozwoju katechezy dorosłych w archidiecezji. Podkreślono potrzebę jeszcze większego zaangażowania świeckich w tę formę katechezy, dostosowania treści formacyjnych do współczesnych wyzwań, automatyzacji struktur organizacyjnych Szkoły Katechistów oraz intensyfikacji działań katechistów w parafiach. Zwrócono także uwagę na konieczność ,,pastoralnego nawrócenia" proboszczów oraz potrzebę wzbogacenia katechezy dorosłych o nowe formy zaangażowania. Wnioski z przeprowadzonych badań potwierdzają, że działalność Szkoły Katechistów Archidiecezji Poznańskiej znacząco wpływa na jakość i skuteczność katechezy dorosłych, stanowiąc modelowe rozwiązanie dla innych diecezji w Polsce. The Second Vatican Council, recognizing the centuries-long neglect of adult catechesis, emphasized its primary significance and initiated a process of renewal that continues to this day. The most recent manifestation of this direction is Pope Francis' motu proprio Antiquum Ministerium, which established the ministry of the catechist. However, even earlier, at the local level in the Archdiocese of Poznan, concrete actions were taken in support of the formation of lay catechists, exemplified by the establishment of the School of Catechists. The aim of this doctoral dissertation is to analyze the activities of this School of Catechists and its impact on adult catechesis in the Archdiocese of Poznan. The study incorporates theoretical, empirical, and praxeological perspectives. The theoretical section discusses the sianificance of adult catechesis in the teaching of the Church, the concept of adulthood in various contexts, and the historical development of adult catechesis. The genesis and structure of the School of Catechists are also presented. The empirical section is based on research conducted in the Archdiocese of Poznan among catechists, parish priests, participants in adult catechesis, and candidates for the catechist ministry. Both qualitative and quantitative research methods were applied, including surveys and interviews. The findings indicate the significant role of lay catechists as authentic witnesses to the faith, while also emphasizing the need for support provided by parish priests to ensure the effectiveness of their ministry and the ongoing adaptation of the formation program. The praxeological section focuses on formulating recommendations for the further development of adult catechesis in the Archdiocese of Poznan. The need for greater involvement of the laity in this form of catechesis, the adaptation of the formation content to contemporary challenges, the automation of the organizational structures of the School of Catechists, and the intensification of catechists' activities in parishes were emphasized. Attention was also drawn to the necessity of a "pastoral conversion" among parish priests and the need for the enrichment of adult catechesis with new forms of engagement. The conclusions derived from the conducted research confirm that the activities of the School of Catechists of the Archdiocese of Poznan significantly enhance the quality and effectiveness of adult catechesis, providing a model solution for other dioceses in Poland.
Wolnorodnikowe reakcje aminokwasów i peptydów zawierających atom siarki. Od reaktywnych indywiduów przejściowych do produktów trwałych
(2025) Grzyb, Katarzyna Nadzieja; Pędziński, Tomasz. Promotor
W ramach pracy doktorskiej przeprowadzone zostały prace badawcze, których celem było dogłębne poznanie i uzupełnienie dotychczasowej wiedzy na temat mechanizmów jedno-elektronowego utleniania pochodnych metioniny - biomimetycznych układów modelowych aminokwasów zawierających grupę sulfidową. W serii pięciu tematycznie spójnych artykułów naukowych (P1-P5) zostały opisane zarówno produkty przejściowe, jak i trwałe, reakcji utleniania fotosensybilizowanego przez 3-karboksybenzofenon oraz utleniania indukowanego radiolitycznie, w którym utleniaczem jest rodnik hydroksylowy. Krótko żyjące produkty przejściowe zostały przebadane za pomocą technik czasowo-rozdzielczych, a produkty trwałe zostały zidentyfikowane z wykorzystaniem wysokosprawnej chromatografii cieczowej sprzężonej z tandemową spektrometrią mas. Połączenie tych komplementarnych metod pozwoliło uzyskać odpowiedź na pytania o wpływ struktury substratu (rodzaju grup funkcyjnych, długości łańcucha bocznego), a także warunków reakcji na powstające produkty pośrednie oraz trwałe modyfikacje badanych związków. Dzięki temu otrzymano pełniejszy obraz procesów utleniania wybranych, biologicznie istotnych cząsteczek. Ponadto została przeprowadzona szczegółowa charakterystyka ketonów aromatycznych (benzofenonu, 3-karboksybenzofenonu oraz 4-karboksybenzofenonu), które stosowane są jako fotosensybilizatory. The aim of this doctoral dissertation was to thoroughly investigate and describe the mechanisms behind photosensitized and radiation-induced oxidation of biomimetic model amino acids that contain a sulfide group. Series of five thematically coherent scientific articles (P1-P5) describes transient and stable products of the oxidation reaction of model systems containing a sulfide group. The oxidation was sensitized by 3-carboxybenzophenone and induced radiolytically, where the oxidizing agent was the hydroxyl radical. Short-lived transients (e.g., intermediates containing three-electron bonds, free radicals, and radical ions and reactive excited states) were investigated using time-resolved techniques (laser flash photolysis and pulse radiolysis), while stable products were identified using high-performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry. Combining these complementary methods allowed to address the impact of the substrate’s structure (type of functional groups, length of the amino acid side chain) and the reaction conditions on the formation of transient and stable products. This helped to propose a fuller picture of the oxidation processes in selected biologically important compounds. Additionally, the aromatic ketones (benzophenone, 3-carboxybenzophenone, and 4-carboxybenzophenone), which are used as photosensitizers, were characterized in detail.
Synteza, analiza strukturalna i badanie aktywności biologicznej pochodnych salinomycyny
(2025) Jędrzejczyk, Marta; Huczyński, Adam. Promotor
Salinomycyna jest antybiotykiem jonoforowym produkowanym przez Streptomyces albus. Celem pracy doktorskiej była chemiczna modyfikacja salinomycyny, analiza jej struktury oraz ocena właściwości biologicznych. Opisano reakcję rozkładu salinomycyny w warunkach kwasowych oraz syntezę koniugatów z kationami fosfoniowymi, modyfikując pozycje C1 i C20. Struktury potwierdzono technikami spektroskopowymi i krystalograficznymi. Badania wykazały, że produkt reakcji rozkładu zachowuje zdolność do kompleksowania jonów metali, a pochodne z kationem fosfoniowym wykazują większą cytotoksyczność wobec komórek nowotworowych (zastosowane linie ludzkich komórek nowotworowych: SW480, SW620, PC3, MDA-MB-231, A549) niż salinomycyna i doksorubicyna. Ponadto udowodniono, że otrzymane pochodne wpływają na funkcjonalność mitochondriów. Analiza obejmowała wpływ na mitochondria, cykl komórkowy i apoptozę. Związki wykazywał umiarkowaną aktywność przeciwbakteryjną wobec bakterii Gram-dodatnich. Wyniki wskazują, że koniugacja bioaktywnych cząsteczek to obiecujący kierunek w poszukiwaniu nowych leków przeciwnowotworowych. Salinomycin is an ionophore antibiotic produced by Streptomyces albus. The aim of the doctoral dissertation was the chemical modification of salinomycin, structural analysis, and evaluation of its biological properties. The study described the degradation reaction of salinomycin under acidic conditions and the synthesis of its conjugates with phosphonium cations by modifying positions C1 and C20. The structures were confirmed using spectroscopic and crystallographic techniques. Research showed that the degradation product retains the ability to complex metal ions, and the derivatives containing a phosphonium cation exhibit higher cytotoxicity against cancer cell lines (used cancer cell lines: SW480, SW620, PC3, MDA-MB-231, A549) than salinomycin and doxorubicin. Furthermore, it was demonstrated that the obtained derivatives affect mitochondrial functionality. The analysis included the impact on mitochondria, the cell cycle, and apoptosis. The compounds also exhibited moderate antibacterial activity against Gram-positive bacteria. The results indicate that conjugation of bioactive molecules is a promising direction in the search for new anticancer drugs.
Przywracanie pamięci o społeczności żydowskiej we współczesnej Wielkopolsce. Ludzie, działania i ich skutki, prognozy
(2025) Frąszczak, Magdalena; Zaporowski, Andrzej. Promotor
Głównym celem pracy, którym jest ukazanie podejmowanych po II wojnie światowej różnorodnych działań zmierzających do przywrócenia pamięci o mieszkających kiedyś w Wielkopolsce Żydach. Aby osiągnąć ten cel poddałam analizie inicjatywy o tematyce żydowskiej na terenie całego województwa. Dodatkowym celem pracy jest ukazanie prognoz dotyczących działań na przyszłość które wysnuwam na podstawie obserwacji poszczególnych inicjatyw oraz w rozmów z aktywistami pamięci. Wyznaczone cele i założona teza zdeterminowały strukturę pracy. Pierwszy rozdział to rozważania teoretyczne służące wypracowaniu narzędzi pozwalających na analizę inicjatyw o tematyce żydowskiej, zaprezentowanych w dalszych rozdziałach. Drugi to przedstawienie dziejów Żydów w Polsce ze szczególnym uwzględnieniem wielkopolskich Żydów. Trzeci i czwarty rozdział to opis i analiza inicjatyw o tematyce żydowskiej, której były przedmiotem przeprowadzonych przeze mnie badań empirycznych. Piąty, ostatni rozdział niniejszej rozprawy to propozycja rozwoju Ośrodka Badań nad Historią i Kulturą Żydów z Południowej Wielkopolski. Jest to próba odpowiedzi na powstałe podczas badań wątpliwości dotyczące przywracania pamięci. The main goal of the work is to show various activities undertaken after World War II aimed at restoring the memory of Jews who once lived in Greater Poland. To achieve this goal, I analyzed Jewish-themed initiatives throughout the voivodeship. An additional goal of the work is to present forecasts regarding future activities that I make based on observations of individual initiatives and conversations with memory activists. The set goals and the assumed thesis determined the structure of the work. The first chapter is theoretical considerations intended to develop tools enabling the analysis of Jewish-related initiatives presented in subsequent chapters. The second one is a presentation of the history of Jews in Poland, with particular emphasis on Jews from Greater Poland. The third and fourth chapters are a description and analysis of Jewish-themed initiatives, which were the subject of my empirical research. The fifth and last chapter of this dissertation is a proposal for the development of the Center for Research on the History and Culture of Jews from Southern Greater Poland. This is an attempt to answer the doubts raised during research regarding memory recovery.
Rola genów zawierających elementy ISRE oraz GAS w długoterminowej odpowiedzi na IFN-I i INF-II
(2025) Hassani, Sanaz; Bluijssen, Johannes A. R. Promotor
Interferony to cytokiny o aktywności przeciwwirusowej. Wyróżnia się trzy główne typy interferonów (IFN-I, IFN-II, IFN-III), które działają poprzez receptory na komórkach. Przeanalizowaliśmy regulację genów zawierających ISRE+GAS pod wpływem IFNα i IFNγ, identyfikując 89 takich genów oraz 30 indukowanych przez oba interferony. Badania wykazały, że kompleks STAT2/IRF9 reguluje te geny w odpowiedzi na IFNα. Testy potwierdziły, że ISG zawierające ISRE+GAS są skuteczniejsze w odpowiedzi przeciwwirusowej niż te zawierające tylko GAS. Interferons are cytokines with antiviral activity. There are three main types of interferons (IFN-I, IFN-II, IFN-III) that act through receptors on cells. We analyzed the regulation of ISRE+GAS-containing genes under the influence of IFNα and IFNγ, identifying 89 such genes and 30 induced by both interferons. Studies have shown that the STAT2/IRF9 complex regulates these genes in response to IFNα. Tests confirmed that ISGs containing ISRE+GAS are more effective in the antiviral response than those containing only GAS.
Reakcje małży Unionidae na nowe rodzaje zanieczyszczeń wód. Potencjalne wykorzystanie małży w systemach wczesnego ostrzegania przed zanieczyszczeniami
(2025) Drewek, Agnieszka; Klimaszyk, Piotr. Promotor
Małże z rodziny Unionidae są istotnym komponentem ekosystemów wodnych. W procesie odżywiania odfiltrowują z toni wodnej bio i abioseston, a tym samym uczestniczą w procesie naturalnego oczyszczania wód powierzchniowych. Niestety, organizmy te są wrażliwe na różne zakłócenia środowiska i należą do najbardziej zagrożonych grup zwierząt wodnych. Małże bardzo często wykorzystywane są do bioindykacji zanieczyszczeń wody, w tym w systemach wczesnego ostrzegania przed zanieczyszczeniem. Celem przeprowadzonych badań była ocena reakcji wybranych gatunków małży Unionidae na nowe rodzaje zanieczyszczeń oraz możliwości ich wykorzystania do wykrywania tych substancji w ramach systemów wczesnego ostrzegania o zanieczyszczeniach. Bivalves of the family Unionidae are an essential component of aquatic ecosystems. In the process of feeding, they filter bioseston and abioseston from the water table, and thus participate in the process of natural purification of surface water. Regrettably, these organisms are vulnerable to various environmental disturbances and are among the most endangered groups of aquatic animals. Bivalves are frequently utilized as bioindicators of water pollution, including in pollution early warning systems.
Wykorzystanie nowych technologii w recepturowaniu produktów dermatologicznych zawierających surowce pszczele
(2025) Suwiński, Grzegorz; Nowak, Izabela. Promotor
W niniejszej pracy opracowano, scharakteryzowano i skomercjalizowano nowe technologie nośników zawierających surowce pszczele: organożel z 90% w/w ekstraktu z propolisu oraz krem typu olej w wodzie z 5-15% w/w miodu. Cykl trzech publikacji naukowych niniejszej rozprawy opisuje kolejne etapy prac nad najlepiej rokującymi technologiami, stworzonymi w celu poprawy efektywności stosowania produktów zawierających surowce pszczele. Ostatnim etapem przedmiotowych badań było technologiczne wdrożenie dwóch produktów w przedsiębiorstwie farmaceutycznym. Prace badawcze opublikowane w ramach niniejszej rozprawy obejmują kolejno: - P1 [Przem. Chem., 2021, 100.6, 600-605] - PAT1 (patent) [WUP UPRP 2022, 43, 5] - P2 [Materials 2025, 18, 266] - P3 [Pharmaceuticals, 2024, 17, 1709] In this work, new carrier technologies containing bee-derived raw materials were developed, characterized, and commercialized: an organogel with 90% w/w propolis extract and an oil-in-water cream with 5-15% w/w honey. The cycle of three scientific publications in this dissertation describes subsequent stages of work on the most promising technologies, created to improve the efficacy of products containing bee-derived raw materials. The final stage of the research was the technological implementation of two products in a pharmaceutical company. The research published in this dissertation includes: - P1 [Przem. Chem., 2021, 100.6, 600-605] - PAT1 (patent) [WUP UPRP 2022, 43, 5] - P2 [Materials 2025, 18, 266] - P3 [Pharmaceuticals, 2024, 17, 1709]
Badanie kierunków potencjalnego zastosowania cieczy jonowych w procesach wytwarzania i modyfikacji kompozytów epoksydowych oraz ocena ich właściwości
(2025) Zieliński, Dawid Damian; Maciejewski, Hieronim. Promotor; Śmiglak, Marcin. Promotor
Rozprawa doktorska koncentruje się na syntezie, charakterystyce oraz innowacyjnym zastosowaniu cieczy jonowych i ich mieszanin jako wielofunkcyjnych modyfikatorów i utwardzaczy dla żywic epoksydowych oraz kompozytów wzmacnianych włóknami. Praca składa się z dwóch głównych części: szczegółowej analizy teoretycznej oraz przewodnika po cyklu siedmiu publikacji, które opisują kompleksowe badania nad nowymi systemami cieczy jonowych oraz ich wpływem na właściwości badanych materiałów kompozytowych. W części teoretycznej zaprezentowano dogłębną analizę literatury, obejmującą historię, klasyfikację oraz unikalne właściwości fizykochemiczne cieczy jonowych. Szczególną uwagę poświęcono ich zastosowaniu w żywicach epoksydowych. Cykl publikacji koncentruje się na procesach syntezy różnych cieczy jonowych, ich wykorzystaniu w polimeryzacji żywic epoksydowych oraz analizie wpływu na struktury kompozytowe, w tym m. in. na właściwości mechaniczne, termiczne oraz odporność ogniową. Badania wykazały, że ciecze jonowe mogą pełnić istotną rolę jako modyfikatory, umożliwiając kontrolowane procesy sieciowania, poprawę właściwości mechanicznych oraz termicznych, a także zwiększenie odporności ogniowej kompozytów. Wyniki otwierają nowe możliwości w projektowaniu zaawansowanych materiałów kompozytowych, oferując jednocześnie praktyczne wskazówki dotyczące doboru optymalnych struktur cieczy jonowych. The doctoral dissertation focuses on the synthesis, characterization, and innovative application of ionic liquids and their mixtures as multifunctional modifiers and hardeners for epoxy resins and fiber-reinforced composites. The work consists of two main parts: a detailed theoretical analysis and a guide through a cycle of seven publications that describe comprehensive studies on new ionic liquid systems and their impact on the properties of the examined composite materials. The theoretical part presents an in-depth literature review, covering the history, classification, and unique physicochemical properties of ionic liquids, with particular attention given to their application in epoxy resins. The publication cycle focuses on the synthesis processes of various ionic liquids, their use in the polymerization of epoxy resins, and the analysis of their impact on composite structures, including mechanical properties, thermal properties, and fire resistance. The research demonstrated that ionic liquids can play a significant role as modifiers, enabling controlled cross-linking processes, improving mechanical and thermal properties, and enhancing the fire resistance of composites. The results open new possibilities in the design of advanced composite materials while offering practical guidelines for selecting optimal ionic liquid structures.
Pojęcie praktyki i jego użycie w polskich aktach normatywnych, w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego oraz w prawoznawstwie
(2025) Rzepiński, Wojciech Robert; Smolak, Marek. Promotor; Dybowski, Maciej. Promotor pomocniczy
W rozprawie doktorskiej prowadzona jest analiza użycia pojęcia praktyki w polskich aktach normatywnych, w orzecznictwie TK oraz w prawoznawstwie, a co za tym idzie pojmowania praktyk na tych polach. Innymi słowy, problemem badawczym podjętym w rozprawie jest próba odpowiedzi na pytanie, jak – w jaki sposób, realizując jakie funkcje, jakiego typu formułując twierdzenia – używa się pojęcia praktyki w tych przedmiotach analizy. Praca została podzielona na trzy części. Część I obejmuje dwa rozdziały poświęcone analizie użycia pojęcia praktyki w polskich aktach normatywnych oraz analizie użycia tego pojęcia w uzasadnieniach orzeczeń TK. Część II obejmuje sześć rozdziałów, w których odtwarzane są sposoby rozwiązywania problemów teoretycznoprawnych dotyczących reguł prawnych przy użyciu pojęcia praktyki przez wybranych autorów. Część III tworzą dwa rozdziały, w których uporządkowane zostały poczynione w dwóch wcześniejszych częściach. Przedstawione zostały w niej wnioski dotyczące sposobów użycia pojęcia praktyki w kontekstach prawnych. Zaproponowane zostało wyjaśnianie pojęcia praktyki w kategoriach narzędzia służącego charakteryzowaniu aktywności określonych podmiotów, budowaniu argumentacji w toku podejmowania decyzji stosowania prawa oraz pozwalającego wyjaśniać naturę prawa. W ostatnim rozdziale przedstawione zostały ustalenia dotyczące pojęcia praktyki prawniczej. The doctoral dissertation analyzes the use of the concept of practice in Polish normative acts, in the case law of the Constitutional Tribunal (TK), and in legal theory, and, as a result, the understanding of practices in these areas. In other words, the research problem addressed in the dissertation is an attempt to answer the question of how – in what way, by fulfilling which functions, and formulating which types of statements – the concept of practice is used in these subjects of analysis. The dissertation is divided into three parts. Part I consists of two chapters dedicated to the analysis of the use of the concept of practice in Polish normative acts and the analysis of its use in the reasoning of TK rulings. Part II includes six chapters, where the methods of solving theoretical problems concerning legal rules by selected authors are reproduced. Part III consists of two chapters, where the findings made in the previous two parts are organized. This part presents conclusions regarding the ways in which the concept of practice is used in legal contexts. It proposes explaining the concept of practice in terms of a tool used to characterize the activities of certain entities, to build arguments in the process of decision-making in the application of law, and to help explain the nature of law. The final chapter presents conclusions concerning the concept of legal practice.
Koniugaty indolowe – synteza, analiza strukturalna i ocena aktywności biologicznej
(2025) Babijczuk Karolina; Jasiewicz, Beata. Promotor
Celem mojej pracy doktorskiej była synteza koniugatów indolowych oraz ich kompleksów, a także analiza strukturalna i ocena aktywności biologicznej otrzymanych związków. Wykorzystując graminę zsyntezowałam ponad trzydzieści nowych koniugatów indolowo-azolowych, w których pierścień azolu połączony jest z indolem łącznikiem metylenowym. Ze względu na strukturę można podzielić je na trzy grupy: 1) indolowo-imidazolowe, 2) indolowo-tioketonowe, 3) indolowo-pirazolowe. Koniugaty pierwszej grupy wykorzystałam jako ligandy w reakcji kompleksowania z chlorkiem cynku. Wszystkie nowe pochodne zostały scharakteryzowane za pomocą spektrometrii mas oraz spektroskopii FT-IR i NMR, a dla większości została określona struktura w krysztale. We współpracy z Wydziałem Biologii UAM zbadałam właściwości hemolityczne i antyoksydacyjne związków. Dokowanie molekularne pozwoliło na określenie powinowactwa wybranych pochodnych do enzymów uczestniczących w stresie oksydacyjnym. Dodatkowo we współpracy z Uniwersytetem Przyrodniczym w Poznaniu zbadano właściwości przeciwbakteryjne i przeciwgrzybiczne związków. Wszystkie koniugaty i kompleksy zostały też sprawdzone pod kątem ich podobieństwa do leków dzięki wykorzystaniu metod in silico. Przeprowadzona analiza właściwości biologicznych otrzymanych pochodnych pozwoliła określić zależność między strukturą chemiczną związku a jego aktywnością biologiczną. The aim of my doctoral thesis was to synthesize indole conjugates and their complexes, as well as to analyze the structure and evaluate the biological activity of the obtained compounds. Using gramine, I synthesized over thirty new indole-azole conjugates in which the azole is attached to the indole through a methylene linker. Based on their structure, they can be divided into three groups: 1) indole-imidazole, 2) indole-thioketone, and 3) indole-pyrazole. The conjugates of the first group were used as ligands in the complexation reaction with zinc chloride. All new derivatives were characterized by mass spectrometry, FT-IR, and NMR spectroscopy and for most of them the crystal structures were determined. In collaboration with the Faculty of Biology of Adam Mickiewicz University, I investigated the compounds' hemolytic and antioxidant properties. Molecular docking allowed us to determine the affinity of selected derivatives to enzymes involved in oxidative stress. In addition, studies in collaboration with the University of Life Sciences in Poznań determined the compounds' antibacterial and antifungal properties. Also, the druglikeness of all conjugates and complexes were tested using in silico methods. A comprehensive analysis of the biological activity of the obtained derivatives established the relationship between the compound's chemical structure and its biological properties.
Generowanie i walidacja syntetycznych zbiorów danych obrazów do trenowania modeli sztucznej inteligencji w wizji komputerowej
(2025) Kałużny, Jacek; Dyczkowski, Krzysztof. Promotor; Pałubicki, Wojciech. Promotor pomocniczy
Niniejsza rozprawa doktorska dotyczy generowania i walidacji syntetycznych zbiorów danych obrazów do trenowania modeli w widzeniu komputerowym. Głównym celem pracy jest rozwiązanie problemów związanych z niedoborem danych oraz ich zmiennością˛ w kontekście trenowania solidnych i dokładnych modeli SI. Zaproponowano wieloaspektowe podejście obejmujące opracowanie nowych technik generowania danych syntetycznych, tworzenie realistycznych i zróżnicowanych zbiorów danych oraz rygorystyczną walidację tych zbiorów poprzez kompleksowe eksperymenty. Początkowa faza badań skupia się na rekonstrukcji botanicznych drzew na podstawie pojedynczych obrazów z wykorzystaniem zaawansowanych algorytmów uczenia maszynowego. Zaproponowana została metoda wykorzystująca "Radial Bounding Volumes" oraz dwumodalne modele wzrostu, aby dokładnie odtworzyć struktury 3D drzew. Technikę zwalidowano poprzez intensywne testy na rzeczywistych zbiorach danych, wykazując jej skuteczność w tworzeniu wysokiej jakości rekonstrukcji. Badania zostały rozszerzone na tworzenie syntetycznych zbiorów danych poprzez wykorzystywanie ControlNet zintegrowanego z Stable Diffusion do generowania realistycznych syntetycznych obrazów roślin. To autorskie podeście obejmuje szczegółowy proces tworzenia anotowanych obrazów, zapewniając, że zbiory danych są odpowiednie do trenowania modeli głębokiego uczenia. Ostatnia faza pracy obejmuje walidację syntetycznych zbiorów danych. Przeprowadzony został szereg eksperymentów porównujących wydajność modeli SI trenowanych na danych syntetycznych z tymi trenowanymi na danych rzeczywistych. Wyniki wskazują, że modele trenowane na powstałych syntetycznych zbiorach danych działają porównywalnie, a w niektórych przypadkach przewyższają modele trenowane na tradycyjnych zbiorach danych. To podkreśla potencjał danych syntetycznych do uzupełniania lub nawet zastępowania danych rzeczywistych w niektórych aplikacjach. Badania te wnoszą wkład w dziedzinę widzenia komputerowego poprzez dostarczenie solidnych metod generowania i walidacji danych syntetycznych, torując drogę do bardziej efektywnego i ekonomicznego trenowania modeli SI. Wyniki maja˛ istotne implikacje dla różnych zastosowań, w tym automatyzacji rolnictwa, badań biologicznych i innych. This thesis explores the generation and validation of synthetic image datasets for training models in computer vision. The core objective is to address the challenges of data scarcity and variability in training robust and accurate AI models. A multi-faceted approach was adopted, involving the development of novel techniques for synthetic data generation, the creation of realistic and diverse datasets, and the rigorous validation of these datasets through comprehensive experiments. The initial phase of the research focuses on the reconstruction of botanical trees from single images, leveraging advanced machine learning algorithms. A method was introduced using radial bounding volumes and bi-modal growth models to accurately reconstruct 3D tree structures. This technique was validated through extensive testing against real-world datasets, demonstrating its efficacy in producing high-fidelity reconstructions. Subsequently, the investigation was expanded to synthetic dataset creation, utilizing ControlNet integrated with Stable Diffusion to generate realistic synthetic images of various plants. This approach includes a detailed pipeline for generating annotated images, ensuring the datasets are suitable for training deep learning models for tasks. The final phase involves the validation of the synthetic datasets. A series of experiments were conducted to compare the performance of AI models trained on synthetic data versus those trained on real data. The results indicate that models trained on these synthetic datasets perform comparably to, and in some cases exceed, those trained on traditional datasets. This highlights the potential of synthetic data to supplement or even replace real data in certain applications. This research contributes to the field of computer vision by providing robust methods for synthetic data generation and validation, paving the way for more efficient and cost-effective training of AI models. The findings have significant implications for various applications, including agricultural automation, urban planning, and beyond.
Udział ludzkich paralogów białka VDAC w przeciwdziałaniu skutkom stresu oksydacyjnego wywołanego brakiem dysmutaz wewnątrzkomórkowych
(2025) Baranek-Grabińska, Martyna; Kmita, Hanna. Promotor; Karachitos, Andonis. Promotor
W mitochondriach zachodzi proces oddychania komórkowego, którego substraty i metabolity są transportowane przez kanał VDAC zlokalizowany w zewnętrznej błonie mitochondrialnej. To białko kanałowe transportuje również drobne cząsteczki i jony nieorganiczne oraz oddziałuje z wieloma białkami mitochondrialnymi i komórkowymi, dzięki czemu pośredniczy w regulacji funkcjonowania mitochondriów i całej komórki. VDAC może występować w postaci paralogów, np. u drożdży występują 2 paralogi (yVDAC1 i yVDAC2), a u człowieka występują 3 (hVDAC1, hVDAC2 i hVDAC3), podobnie jak u innych ssaków i kręgowców. Podczas procesu oddychania komórkowego, oprócz cząsteczek „niosących” energię, powstają także reaktywne formy tlenu (ROS, ang. reactive oxygen species), których nadmiar w komórce zwiększa ryzyko uszkodzeń i mutacji. Naturalnie nadmiar ROS usuwają enzymy antyoksydacyjne, wśród których kluczową role pełni dysmutaza ponadtlenkowa (SOD), występująca w komórkach w postaci dwóch form. SOD1 (CuZnSOD) występuje w różnych strukturach komórkowych, także w mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej, natomiast SOD2 (MnSOD) zlokalizowana jest w macierzy mitochondrialnej. Zwiększony poziom ROS stanowi wskaźnik stresu oksydacyjnego, któremu z kolei komórka może przeciwdziałać uruchamiając odpowiednie mechanizmy obronne. Dostępne dane wskazują, że w odpowiedzi komórek człowieka na stres oksydacyjny istotną rolę może odgrywać hVDAC3, któremu przypisuje się funkcję czujnika stanu redukcyjno-oksydacyjnego (stan redoks; ang. redox sensitive VDAC; rsVDAC), co z kolei wynikać może z liczby oraz swoistej lokalizacji reszt cysteiny w sekwencji tego białka. W związku z tym, celem niniejszej pracy było określenie częstości występowania rsVDAC poza grupą kręgowców oraz skonstruowanie modelu drożdżowego pozwalającego na analizę funkcjonalności poszczególnych paralogów VDAC człowieka w warunkach stresu oksydacyjnego. W realizacji tego celu wykorzystano narzędzia do przewidywania struktur drugorzędowych badanych białek, a następnie rozmieszczenia reszt cysteiny, w celu określenia częstości występowania rsVDAC w zależności od liczby paralogów VDAC oraz poziomu złożoności organizmów, ich środowiska życia i ich trybu życia oraz technikę CRISPR/Cas9 dla otrzymania modelu opartego na komórkach drożdży Saccharomyces cerevisiae, w których dokonano heterologicznej ekspresji genów kodujących hVDAC1, hVDAC2 i hVDAC3 (hVDAC3 także w wariancie pozbawionym reszt cysteiny - hVDAC3ΔCys) w warunkach nieobecności genów kodujących yVDAC1 i yVDAC2 oraz usunięto geny kodujące SOD1 i SOD2. Uzyskane wyniki wskazują, że: (1) rsVDAC może być jedynym wariantem VDAC w mitochondriach, a jego obecność może korelować z warunkami siedliskowymi, ponieważ rsVDAC wydaje się być powszechny u pasożytów, co z kolei sugeruje, że kanał ten może pośredniczyć w wykrywaniu i adaptacji do warunków środowiskowych; (2) genotyp komórek drożdży S. cerevisiae może mieć istotne znaczenie dla ich wykorzystania w badaniach hVDAC, w tym szczególnie hVDAC3, ze względu na jego wpływ na wewnątrzkomórkowy stan redoks i (3) hVDAC3 może chronić komórkę w warunkach stresu oksydacyjnego w sposób nie wymagający obecności dysmutaz ponadtlenkowych i sprowadzający się do uruchomienia swoistego stanu bioenergetycznego mitochondriów związanego z intensywną syntezą ATP, co z kolei wymaga obecności w tym białku reszt cysteiny. Wyniki te poszerzają wiedzę na temat rozpowszechnienia występowania rsVDAC w mitochondriach zwierząt oraz swoistej roli hVDAC3 w warunkach stresu oksydacyjnego. The process of cellular respiration takes place in the mitochondria, whose substrates and metabolites are transported through the VDAC channel located in the outer mitochondrial membrane. This channel protein also transports small molecules and inorganic ions and interacts with many mitochondrial and cellular proteins, thus mediating the regulation of mitochondrial and whole cell function. VDAC can exist in the form of paralogs, e.g. in yeast there are 2 paralogs (yVDAC1 and yVDAC2), and in humans there are 3 (hVDAC1, hVDAC2 and hVDAC3), as in other mammals and vertebrates. During the process of cellular respiration, in addition to molecules "carrying" energy, reactive oxygen species (ROS) are also produced, the excess of which in the cell increases the risk of damage and mutations. Naturally, the excess of ROS is removed by antioxidant enzymes, among which the key role is played by superoxide dismutase (SOD), which occurs in cells in the form of two forms. SOD1 (CuZnSOD) is found in various cellular structures, including the mitochondrial intermembrane space, while SOD2 (MnSOD) is localized in the mitochondrial matrix. Increased ROS levels are an indicator of oxidative stress, which in turn can be counteracted by the cell by activating appropriate defense mechanisms. Available data indicate that hVDAC3 may play an important role in the response of human cells to oxidative stress, which is attributed to the function of a sensor of the reduction-oxidation state (redox state; redox sensitive VDAC; rsVDAC), which in turn may be due to the number and specific location of cysteine residues in the sequence of this protein. Therefore, the aim of this study was to determine the frequency of rsVDAC occurrence outside the vertebrate group and to construct a yeast model to analyze the functionality of individual human VDAC paralogs under oxidative stress conditions. In pursuit of this goal, tools were used to predict the secondary structures of the studied proteins, followed by the distribution of cysteine residues, in order to determine the frequency of rsVDACs depending on the number of VDAC paralogs and the level of complexity of the organisms, their living environment and their lifestyle, and the CRISPR/Cas9 technique to obtain a model based on Saccharomyces cerevisiae yeast cells, in which the genes encoding hVDAC1, hVDAC2 and hVDAC3 (hVDAC3 also in a variant devoid of cysteine residues - hVDAC3ΔCys) were heterologously expressed in the absence of the genes encoding yVDAC1 and yVDAC2 and the genes encoding SOD1 and SOD2 were deleted. The obtained results indicate that: (1) rsVDAC may be the only VDAC variant in mitochondria and its presence may correlate with habitat conditions, as rsVDAC seems to be common in parasites, which in turn suggests that this channel may mediate sensing and adaptation to environmental conditions; (2) the genotype of S. cerevisiae yeast cells may be important for their use in hVDAC studies, including hVDAC3 in particular, due to its effect on the intracellular redox state and (3) hVDAC3 may protect the cell under oxidative stress conditions in a way that does not require the presence of superoxide dismutases and comes down to the activation of a specific bioenergetic state of mitochondria associated with intensive ATP synthesis, which in turn requires the presence of cysteine residues in this protein. These results expand the knowledge on the prevalence of rsVDAC in animal mitochondria and the specific role of hVDAC3 under oxidative stress conditions.

Browse

Recent Submissions