Doktoraty 2010-2025 /dostęp otwarty/

Permanent URI for this collectionhttps://repozytorium.amu.edu.pl/handle/10593/357

Browse

Now showing 1 - 20 of 980

Wolnorodnikowe reakcje aminokwasów i peptydów zawierających atom siarki. Od reaktywnych indywiduów przejściowych do produktów trwałych
(2025) Grzyb, Katarzyna Nadzieja; Pędziński, Tomasz. Promotor
W ramach pracy doktorskiej przeprowadzone zostały prace badawcze, których celem było dogłębne poznanie i uzupełnienie dotychczasowej wiedzy na temat mechanizmów jedno-elektronowego utleniania pochodnych metioniny - biomimetycznych układów modelowych aminokwasów zawierających grupę sulfidową. W serii pięciu tematycznie spójnych artykułów naukowych (P1-P5) zostały opisane zarówno produkty przejściowe, jak i trwałe, reakcji utleniania fotosensybilizowanego przez 3-karboksybenzofenon oraz utleniania indukowanego radiolitycznie, w którym utleniaczem jest rodnik hydroksylowy. Krótko żyjące produkty przejściowe zostały przebadane za pomocą technik czasowo-rozdzielczych, a produkty trwałe zostały zidentyfikowane z wykorzystaniem wysokosprawnej chromatografii cieczowej sprzężonej z tandemową spektrometrią mas. Połączenie tych komplementarnych metod pozwoliło uzyskać odpowiedź na pytania o wpływ struktury substratu (rodzaju grup funkcyjnych, długości łańcucha bocznego), a także warunków reakcji na powstające produkty pośrednie oraz trwałe modyfikacje badanych związków. Dzięki temu otrzymano pełniejszy obraz procesów utleniania wybranych, biologicznie istotnych cząsteczek. Ponadto została przeprowadzona szczegółowa charakterystyka ketonów aromatycznych (benzofenonu, 3-karboksybenzofenonu oraz 4-karboksybenzofenonu), które stosowane są jako fotosensybilizatory. The aim of this doctoral dissertation was to thoroughly investigate and describe the mechanisms behind photosensitized and radiation-induced oxidation of biomimetic model amino acids that contain a sulfide group. Series of five thematically coherent scientific articles (P1-P5) describes transient and stable products of the oxidation reaction of model systems containing a sulfide group. The oxidation was sensitized by 3-carboxybenzophenone and induced radiolytically, where the oxidizing agent was the hydroxyl radical. Short-lived transients (e.g., intermediates containing three-electron bonds, free radicals, and radical ions and reactive excited states) were investigated using time-resolved techniques (laser flash photolysis and pulse radiolysis), while stable products were identified using high-performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry. Combining these complementary methods allowed to address the impact of the substrate’s structure (type of functional groups, length of the amino acid side chain) and the reaction conditions on the formation of transient and stable products. This helped to propose a fuller picture of the oxidation processes in selected biologically important compounds. Additionally, the aromatic ketones (benzophenone, 3-carboxybenzophenone, and 4-carboxybenzophenone), which are used as photosensitizers, were characterized in detail.
Synteza, analiza strukturalna i badanie aktywności biologicznej pochodnych salinomycyny
(2025) Jędrzejczyk, Marta; Huczyński, Adam. Promotor
Salinomycyna jest antybiotykiem jonoforowym produkowanym przez Streptomyces albus. Celem pracy doktorskiej była chemiczna modyfikacja salinomycyny, analiza jej struktury oraz ocena właściwości biologicznych. Opisano reakcję rozkładu salinomycyny w warunkach kwasowych oraz syntezę koniugatów z kationami fosfoniowymi, modyfikując pozycje C1 i C20. Struktury potwierdzono technikami spektroskopowymi i krystalograficznymi. Badania wykazały, że produkt reakcji rozkładu zachowuje zdolność do kompleksowania jonów metali, a pochodne z kationem fosfoniowym wykazują większą cytotoksyczność wobec komórek nowotworowych (zastosowane linie ludzkich komórek nowotworowych: SW480, SW620, PC3, MDA-MB-231, A549) niż salinomycyna i doksorubicyna. Ponadto udowodniono, że otrzymane pochodne wpływają na funkcjonalność mitochondriów. Analiza obejmowała wpływ na mitochondria, cykl komórkowy i apoptozę. Związki wykazywał umiarkowaną aktywność przeciwbakteryjną wobec bakterii Gram-dodatnich. Wyniki wskazują, że koniugacja bioaktywnych cząsteczek to obiecujący kierunek w poszukiwaniu nowych leków przeciwnowotworowych. Salinomycin is an ionophore antibiotic produced by Streptomyces albus. The aim of the doctoral dissertation was the chemical modification of salinomycin, structural analysis, and evaluation of its biological properties. The study described the degradation reaction of salinomycin under acidic conditions and the synthesis of its conjugates with phosphonium cations by modifying positions C1 and C20. The structures were confirmed using spectroscopic and crystallographic techniques. Research showed that the degradation product retains the ability to complex metal ions, and the derivatives containing a phosphonium cation exhibit higher cytotoxicity against cancer cell lines (used cancer cell lines: SW480, SW620, PC3, MDA-MB-231, A549) than salinomycin and doxorubicin. Furthermore, it was demonstrated that the obtained derivatives affect mitochondrial functionality. The analysis included the impact on mitochondria, the cell cycle, and apoptosis. The compounds also exhibited moderate antibacterial activity against Gram-positive bacteria. The results indicate that conjugation of bioactive molecules is a promising direction in the search for new anticancer drugs.
Przywracanie pamięci o społeczności żydowskiej we współczesnej Wielkopolsce. Ludzie, działania i ich skutki, prognozy
(2025) Frąszczak, Magdalena; Zaporowski, Andrzej. Promotor
Głównym celem pracy, którym jest ukazanie podejmowanych po II wojnie światowej różnorodnych działań zmierzających do przywrócenia pamięci o mieszkających kiedyś w Wielkopolsce Żydach. Aby osiągnąć ten cel poddałam analizie inicjatywy o tematyce żydowskiej na terenie całego województwa. Dodatkowym celem pracy jest ukazanie prognoz dotyczących działań na przyszłość które wysnuwam na podstawie obserwacji poszczególnych inicjatyw oraz w rozmów z aktywistami pamięci. Wyznaczone cele i założona teza zdeterminowały strukturę pracy. Pierwszy rozdział to rozważania teoretyczne służące wypracowaniu narzędzi pozwalających na analizę inicjatyw o tematyce żydowskiej, zaprezentowanych w dalszych rozdziałach. Drugi to przedstawienie dziejów Żydów w Polsce ze szczególnym uwzględnieniem wielkopolskich Żydów. Trzeci i czwarty rozdział to opis i analiza inicjatyw o tematyce żydowskiej, której były przedmiotem przeprowadzonych przeze mnie badań empirycznych. Piąty, ostatni rozdział niniejszej rozprawy to propozycja rozwoju Ośrodka Badań nad Historią i Kulturą Żydów z Południowej Wielkopolski. Jest to próba odpowiedzi na powstałe podczas badań wątpliwości dotyczące przywracania pamięci. The main goal of the work is to show various activities undertaken after World War II aimed at restoring the memory of Jews who once lived in Greater Poland. To achieve this goal, I analyzed Jewish-themed initiatives throughout the voivodeship. An additional goal of the work is to present forecasts regarding future activities that I make based on observations of individual initiatives and conversations with memory activists. The set goals and the assumed thesis determined the structure of the work. The first chapter is theoretical considerations intended to develop tools enabling the analysis of Jewish-related initiatives presented in subsequent chapters. The second one is a presentation of the history of Jews in Poland, with particular emphasis on Jews from Greater Poland. The third and fourth chapters are a description and analysis of Jewish-themed initiatives, which were the subject of my empirical research. The fifth and last chapter of this dissertation is a proposal for the development of the Center for Research on the History and Culture of Jews from Southern Greater Poland. This is an attempt to answer the doubts raised during research regarding memory recovery.
Rola genów zawierających elementy ISRE oraz GAS w długoterminowej odpowiedzi na IFN-I i INF-II
(2025) Hassani, Sanaz; Bluijssen, Johannes A. R. Promotor
Interferony to cytokiny o aktywności przeciwwirusowej. Wyróżnia się trzy główne typy interferonów (IFN-I, IFN-II, IFN-III), które działają poprzez receptory na komórkach. Przeanalizowaliśmy regulację genów zawierających ISRE+GAS pod wpływem IFNα i IFNγ, identyfikując 89 takich genów oraz 30 indukowanych przez oba interferony. Badania wykazały, że kompleks STAT2/IRF9 reguluje te geny w odpowiedzi na IFNα. Testy potwierdziły, że ISG zawierające ISRE+GAS są skuteczniejsze w odpowiedzi przeciwwirusowej niż te zawierające tylko GAS. Interferons are cytokines with antiviral activity. There are three main types of interferons (IFN-I, IFN-II, IFN-III) that act through receptors on cells. We analyzed the regulation of ISRE+GAS-containing genes under the influence of IFNα and IFNγ, identifying 89 such genes and 30 induced by both interferons. Studies have shown that the STAT2/IRF9 complex regulates these genes in response to IFNα. Tests confirmed that ISGs containing ISRE+GAS are more effective in the antiviral response than those containing only GAS.
Reakcje małży Unionidae na nowe rodzaje zanieczyszczeń wód. Potencjalne wykorzystanie małży w systemach wczesnego ostrzegania przed zanieczyszczeniami
(2025) Drewek, Agnieszka; Klimaszyk, Piotr. Promotor
Małże z rodziny Unionidae są istotnym komponentem ekosystemów wodnych. W procesie odżywiania odfiltrowują z toni wodnej bio i abioseston, a tym samym uczestniczą w procesie naturalnego oczyszczania wód powierzchniowych. Niestety, organizmy te są wrażliwe na różne zakłócenia środowiska i należą do najbardziej zagrożonych grup zwierząt wodnych. Małże bardzo często wykorzystywane są do bioindykacji zanieczyszczeń wody, w tym w systemach wczesnego ostrzegania przed zanieczyszczeniem. Celem przeprowadzonych badań była ocena reakcji wybranych gatunków małży Unionidae na nowe rodzaje zanieczyszczeń oraz możliwości ich wykorzystania do wykrywania tych substancji w ramach systemów wczesnego ostrzegania o zanieczyszczeniach. Bivalves of the family Unionidae are an essential component of aquatic ecosystems. In the process of feeding, they filter bioseston and abioseston from the water table, and thus participate in the process of natural purification of surface water. Regrettably, these organisms are vulnerable to various environmental disturbances and are among the most endangered groups of aquatic animals. Bivalves are frequently utilized as bioindicators of water pollution, including in pollution early warning systems.
Wykorzystanie nowych technologii w recepturowaniu produktów dermatologicznych zawierających surowce pszczele
(2025) Suwiński, Grzegorz; Nowak, Izabela. Promotor
W niniejszej pracy opracowano, scharakteryzowano i skomercjalizowano nowe technologie nośników zawierających surowce pszczele: organożel z 90% w/w ekstraktu z propolisu oraz krem typu olej w wodzie z 5-15% w/w miodu. Cykl trzech publikacji naukowych niniejszej rozprawy opisuje kolejne etapy prac nad najlepiej rokującymi technologiami, stworzonymi w celu poprawy efektywności stosowania produktów zawierających surowce pszczele. Ostatnim etapem przedmiotowych badań było technologiczne wdrożenie dwóch produktów w przedsiębiorstwie farmaceutycznym. Prace badawcze opublikowane w ramach niniejszej rozprawy obejmują kolejno: - P1 [Przem. Chem., 2021, 100.6, 600-605] - PAT1 (patent) [WUP UPRP 2022, 43, 5] - P2 [Materials 2025, 18, 266] - P3 [Pharmaceuticals, 2024, 17, 1709] In this work, new carrier technologies containing bee-derived raw materials were developed, characterized, and commercialized: an organogel with 90% w/w propolis extract and an oil-in-water cream with 5-15% w/w honey. The cycle of three scientific publications in this dissertation describes subsequent stages of work on the most promising technologies, created to improve the efficacy of products containing bee-derived raw materials. The final stage of the research was the technological implementation of two products in a pharmaceutical company. The research published in this dissertation includes: - P1 [Przem. Chem., 2021, 100.6, 600-605] - PAT1 (patent) [WUP UPRP 2022, 43, 5] - P2 [Materials 2025, 18, 266] - P3 [Pharmaceuticals, 2024, 17, 1709]
Badanie kierunków potencjalnego zastosowania cieczy jonowych w procesach wytwarzania i modyfikacji kompozytów epoksydowych oraz ocena ich właściwości
(2025) Zieliński, Dawid Damian; Maciejewski, Hieronim. Promotor; Śmiglak, Marcin. Promotor
Rozprawa doktorska koncentruje się na syntezie, charakterystyce oraz innowacyjnym zastosowaniu cieczy jonowych i ich mieszanin jako wielofunkcyjnych modyfikatorów i utwardzaczy dla żywic epoksydowych oraz kompozytów wzmacnianych włóknami. Praca składa się z dwóch głównych części: szczegółowej analizy teoretycznej oraz przewodnika po cyklu siedmiu publikacji, które opisują kompleksowe badania nad nowymi systemami cieczy jonowych oraz ich wpływem na właściwości badanych materiałów kompozytowych. W części teoretycznej zaprezentowano dogłębną analizę literatury, obejmującą historię, klasyfikację oraz unikalne właściwości fizykochemiczne cieczy jonowych. Szczególną uwagę poświęcono ich zastosowaniu w żywicach epoksydowych. Cykl publikacji koncentruje się na procesach syntezy różnych cieczy jonowych, ich wykorzystaniu w polimeryzacji żywic epoksydowych oraz analizie wpływu na struktury kompozytowe, w tym m. in. na właściwości mechaniczne, termiczne oraz odporność ogniową. Badania wykazały, że ciecze jonowe mogą pełnić istotną rolę jako modyfikatory, umożliwiając kontrolowane procesy sieciowania, poprawę właściwości mechanicznych oraz termicznych, a także zwiększenie odporności ogniowej kompozytów. Wyniki otwierają nowe możliwości w projektowaniu zaawansowanych materiałów kompozytowych, oferując jednocześnie praktyczne wskazówki dotyczące doboru optymalnych struktur cieczy jonowych. The doctoral dissertation focuses on the synthesis, characterization, and innovative application of ionic liquids and their mixtures as multifunctional modifiers and hardeners for epoxy resins and fiber-reinforced composites. The work consists of two main parts: a detailed theoretical analysis and a guide through a cycle of seven publications that describe comprehensive studies on new ionic liquid systems and their impact on the properties of the examined composite materials. The theoretical part presents an in-depth literature review, covering the history, classification, and unique physicochemical properties of ionic liquids, with particular attention given to their application in epoxy resins. The publication cycle focuses on the synthesis processes of various ionic liquids, their use in the polymerization of epoxy resins, and the analysis of their impact on composite structures, including mechanical properties, thermal properties, and fire resistance. The research demonstrated that ionic liquids can play a significant role as modifiers, enabling controlled cross-linking processes, improving mechanical and thermal properties, and enhancing the fire resistance of composites. The results open new possibilities in the design of advanced composite materials while offering practical guidelines for selecting optimal ionic liquid structures.
Pojęcie praktyki i jego użycie w polskich aktach normatywnych, w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego oraz w prawoznawstwie
(2025) Rzepiński, Wojciech Robert; Smolak, Marek. Promotor; Dybowski, Maciej. Promotor pomocniczy
W rozprawie doktorskiej prowadzona jest analiza użycia pojęcia praktyki w polskich aktach normatywnych, w orzecznictwie TK oraz w prawoznawstwie, a co za tym idzie pojmowania praktyk na tych polach. Innymi słowy, problemem badawczym podjętym w rozprawie jest próba odpowiedzi na pytanie, jak – w jaki sposób, realizując jakie funkcje, jakiego typu formułując twierdzenia – używa się pojęcia praktyki w tych przedmiotach analizy. Praca została podzielona na trzy części. Część I obejmuje dwa rozdziały poświęcone analizie użycia pojęcia praktyki w polskich aktach normatywnych oraz analizie użycia tego pojęcia w uzasadnieniach orzeczeń TK. Część II obejmuje sześć rozdziałów, w których odtwarzane są sposoby rozwiązywania problemów teoretycznoprawnych dotyczących reguł prawnych przy użyciu pojęcia praktyki przez wybranych autorów. Część III tworzą dwa rozdziały, w których uporządkowane zostały poczynione w dwóch wcześniejszych częściach. Przedstawione zostały w niej wnioski dotyczące sposobów użycia pojęcia praktyki w kontekstach prawnych. Zaproponowane zostało wyjaśnianie pojęcia praktyki w kategoriach narzędzia służącego charakteryzowaniu aktywności określonych podmiotów, budowaniu argumentacji w toku podejmowania decyzji stosowania prawa oraz pozwalającego wyjaśniać naturę prawa. W ostatnim rozdziale przedstawione zostały ustalenia dotyczące pojęcia praktyki prawniczej. The doctoral dissertation analyzes the use of the concept of practice in Polish normative acts, in the case law of the Constitutional Tribunal (TK), and in legal theory, and, as a result, the understanding of practices in these areas. In other words, the research problem addressed in the dissertation is an attempt to answer the question of how – in what way, by fulfilling which functions, and formulating which types of statements – the concept of practice is used in these subjects of analysis. The dissertation is divided into three parts. Part I consists of two chapters dedicated to the analysis of the use of the concept of practice in Polish normative acts and the analysis of its use in the reasoning of TK rulings. Part II includes six chapters, where the methods of solving theoretical problems concerning legal rules by selected authors are reproduced. Part III consists of two chapters, where the findings made in the previous two parts are organized. This part presents conclusions regarding the ways in which the concept of practice is used in legal contexts. It proposes explaining the concept of practice in terms of a tool used to characterize the activities of certain entities, to build arguments in the process of decision-making in the application of law, and to help explain the nature of law. The final chapter presents conclusions concerning the concept of legal practice.
Koniugaty indolowe – synteza, analiza strukturalna i ocena aktywności biologicznej
(2025) Babijczuk Karolina; Jasiewicz, Beata. Promotor
Celem mojej pracy doktorskiej była synteza koniugatów indolowych oraz ich kompleksów, a także analiza strukturalna i ocena aktywności biologicznej otrzymanych związków. Wykorzystując graminę zsyntezowałam ponad trzydzieści nowych koniugatów indolowo-azolowych, w których pierścień azolu połączony jest z indolem łącznikiem metylenowym. Ze względu na strukturę można podzielić je na trzy grupy: 1) indolowo-imidazolowe, 2) indolowo-tioketonowe, 3) indolowo-pirazolowe. Koniugaty pierwszej grupy wykorzystałam jako ligandy w reakcji kompleksowania z chlorkiem cynku. Wszystkie nowe pochodne zostały scharakteryzowane za pomocą spektrometrii mas oraz spektroskopii FT-IR i NMR, a dla większości została określona struktura w krysztale. We współpracy z Wydziałem Biologii UAM zbadałam właściwości hemolityczne i antyoksydacyjne związków. Dokowanie molekularne pozwoliło na określenie powinowactwa wybranych pochodnych do enzymów uczestniczących w stresie oksydacyjnym. Dodatkowo we współpracy z Uniwersytetem Przyrodniczym w Poznaniu zbadano właściwości przeciwbakteryjne i przeciwgrzybiczne związków. Wszystkie koniugaty i kompleksy zostały też sprawdzone pod kątem ich podobieństwa do leków dzięki wykorzystaniu metod in silico. Przeprowadzona analiza właściwości biologicznych otrzymanych pochodnych pozwoliła określić zależność między strukturą chemiczną związku a jego aktywnością biologiczną. The aim of my doctoral thesis was to synthesize indole conjugates and their complexes, as well as to analyze the structure and evaluate the biological activity of the obtained compounds. Using gramine, I synthesized over thirty new indole-azole conjugates in which the azole is attached to the indole through a methylene linker. Based on their structure, they can be divided into three groups: 1) indole-imidazole, 2) indole-thioketone, and 3) indole-pyrazole. The conjugates of the first group were used as ligands in the complexation reaction with zinc chloride. All new derivatives were characterized by mass spectrometry, FT-IR, and NMR spectroscopy and for most of them the crystal structures were determined. In collaboration with the Faculty of Biology of Adam Mickiewicz University, I investigated the compounds' hemolytic and antioxidant properties. Molecular docking allowed us to determine the affinity of selected derivatives to enzymes involved in oxidative stress. In addition, studies in collaboration with the University of Life Sciences in Poznań determined the compounds' antibacterial and antifungal properties. Also, the druglikeness of all conjugates and complexes were tested using in silico methods. A comprehensive analysis of the biological activity of the obtained derivatives established the relationship between the compound's chemical structure and its biological properties.
Generowanie i walidacja syntetycznych zbiorów danych obrazów do trenowania modeli sztucznej inteligencji w wizji komputerowej
(2025) Kałużny, Jacek; Dyczkowski, Krzysztof. Promotor; Pałubicki, Wojciech. Promotor pomocniczy
Niniejsza rozprawa doktorska dotyczy generowania i walidacji syntetycznych zbiorów danych obrazów do trenowania modeli w widzeniu komputerowym. Głównym celem pracy jest rozwiązanie problemów związanych z niedoborem danych oraz ich zmiennością˛ w kontekście trenowania solidnych i dokładnych modeli SI. Zaproponowano wieloaspektowe podejście obejmujące opracowanie nowych technik generowania danych syntetycznych, tworzenie realistycznych i zróżnicowanych zbiorów danych oraz rygorystyczną walidację tych zbiorów poprzez kompleksowe eksperymenty. Początkowa faza badań skupia się na rekonstrukcji botanicznych drzew na podstawie pojedynczych obrazów z wykorzystaniem zaawansowanych algorytmów uczenia maszynowego. Zaproponowana została metoda wykorzystująca "Radial Bounding Volumes" oraz dwumodalne modele wzrostu, aby dokładnie odtworzyć struktury 3D drzew. Technikę zwalidowano poprzez intensywne testy na rzeczywistych zbiorach danych, wykazując jej skuteczność w tworzeniu wysokiej jakości rekonstrukcji. Badania zostały rozszerzone na tworzenie syntetycznych zbiorów danych poprzez wykorzystywanie ControlNet zintegrowanego z Stable Diffusion do generowania realistycznych syntetycznych obrazów roślin. To autorskie podeście obejmuje szczegółowy proces tworzenia anotowanych obrazów, zapewniając, że zbiory danych są odpowiednie do trenowania modeli głębokiego uczenia. Ostatnia faza pracy obejmuje walidację syntetycznych zbiorów danych. Przeprowadzony został szereg eksperymentów porównujących wydajność modeli SI trenowanych na danych syntetycznych z tymi trenowanymi na danych rzeczywistych. Wyniki wskazują, że modele trenowane na powstałych syntetycznych zbiorach danych działają porównywalnie, a w niektórych przypadkach przewyższają modele trenowane na tradycyjnych zbiorach danych. To podkreśla potencjał danych syntetycznych do uzupełniania lub nawet zastępowania danych rzeczywistych w niektórych aplikacjach. Badania te wnoszą wkład w dziedzinę widzenia komputerowego poprzez dostarczenie solidnych metod generowania i walidacji danych syntetycznych, torując drogę do bardziej efektywnego i ekonomicznego trenowania modeli SI. Wyniki maja˛ istotne implikacje dla różnych zastosowań, w tym automatyzacji rolnictwa, badań biologicznych i innych. This thesis explores the generation and validation of synthetic image datasets for training models in computer vision. The core objective is to address the challenges of data scarcity and variability in training robust and accurate AI models. A multi-faceted approach was adopted, involving the development of novel techniques for synthetic data generation, the creation of realistic and diverse datasets, and the rigorous validation of these datasets through comprehensive experiments. The initial phase of the research focuses on the reconstruction of botanical trees from single images, leveraging advanced machine learning algorithms. A method was introduced using radial bounding volumes and bi-modal growth models to accurately reconstruct 3D tree structures. This technique was validated through extensive testing against real-world datasets, demonstrating its efficacy in producing high-fidelity reconstructions. Subsequently, the investigation was expanded to synthetic dataset creation, utilizing ControlNet integrated with Stable Diffusion to generate realistic synthetic images of various plants. This approach includes a detailed pipeline for generating annotated images, ensuring the datasets are suitable for training deep learning models for tasks. The final phase involves the validation of the synthetic datasets. A series of experiments were conducted to compare the performance of AI models trained on synthetic data versus those trained on real data. The results indicate that models trained on these synthetic datasets perform comparably to, and in some cases exceed, those trained on traditional datasets. This highlights the potential of synthetic data to supplement or even replace real data in certain applications. This research contributes to the field of computer vision by providing robust methods for synthetic data generation and validation, paving the way for more efficient and cost-effective training of AI models. The findings have significant implications for various applications, including agricultural automation, urban planning, and beyond.
Udział ludzkich paralogów białka VDAC w przeciwdziałaniu skutkom stresu oksydacyjnego wywołanego brakiem dysmutaz wewnątrzkomórkowych
(2025) Baranek-Grabińska, Martyna; Kmita, Hanna. Promotor; Karachitos, Andonis. Promotor
W mitochondriach zachodzi proces oddychania komórkowego, którego substraty i metabolity są transportowane przez kanał VDAC zlokalizowany w zewnętrznej błonie mitochondrialnej. To białko kanałowe transportuje również drobne cząsteczki i jony nieorganiczne oraz oddziałuje z wieloma białkami mitochondrialnymi i komórkowymi, dzięki czemu pośredniczy w regulacji funkcjonowania mitochondriów i całej komórki. VDAC może występować w postaci paralogów, np. u drożdży występują 2 paralogi (yVDAC1 i yVDAC2), a u człowieka występują 3 (hVDAC1, hVDAC2 i hVDAC3), podobnie jak u innych ssaków i kręgowców. Podczas procesu oddychania komórkowego, oprócz cząsteczek „niosących” energię, powstają także reaktywne formy tlenu (ROS, ang. reactive oxygen species), których nadmiar w komórce zwiększa ryzyko uszkodzeń i mutacji. Naturalnie nadmiar ROS usuwają enzymy antyoksydacyjne, wśród których kluczową role pełni dysmutaza ponadtlenkowa (SOD), występująca w komórkach w postaci dwóch form. SOD1 (CuZnSOD) występuje w różnych strukturach komórkowych, także w mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej, natomiast SOD2 (MnSOD) zlokalizowana jest w macierzy mitochondrialnej. Zwiększony poziom ROS stanowi wskaźnik stresu oksydacyjnego, któremu z kolei komórka może przeciwdziałać uruchamiając odpowiednie mechanizmy obronne. Dostępne dane wskazują, że w odpowiedzi komórek człowieka na stres oksydacyjny istotną rolę może odgrywać hVDAC3, któremu przypisuje się funkcję czujnika stanu redukcyjno-oksydacyjnego (stan redoks; ang. redox sensitive VDAC; rsVDAC), co z kolei wynikać może z liczby oraz swoistej lokalizacji reszt cysteiny w sekwencji tego białka. W związku z tym, celem niniejszej pracy było określenie częstości występowania rsVDAC poza grupą kręgowców oraz skonstruowanie modelu drożdżowego pozwalającego na analizę funkcjonalności poszczególnych paralogów VDAC człowieka w warunkach stresu oksydacyjnego. W realizacji tego celu wykorzystano narzędzia do przewidywania struktur drugorzędowych badanych białek, a następnie rozmieszczenia reszt cysteiny, w celu określenia częstości występowania rsVDAC w zależności od liczby paralogów VDAC oraz poziomu złożoności organizmów, ich środowiska życia i ich trybu życia oraz technikę CRISPR/Cas9 dla otrzymania modelu opartego na komórkach drożdży Saccharomyces cerevisiae, w których dokonano heterologicznej ekspresji genów kodujących hVDAC1, hVDAC2 i hVDAC3 (hVDAC3 także w wariancie pozbawionym reszt cysteiny - hVDAC3ΔCys) w warunkach nieobecności genów kodujących yVDAC1 i yVDAC2 oraz usunięto geny kodujące SOD1 i SOD2. Uzyskane wyniki wskazują, że: (1) rsVDAC może być jedynym wariantem VDAC w mitochondriach, a jego obecność może korelować z warunkami siedliskowymi, ponieważ rsVDAC wydaje się być powszechny u pasożytów, co z kolei sugeruje, że kanał ten może pośredniczyć w wykrywaniu i adaptacji do warunków środowiskowych; (2) genotyp komórek drożdży S. cerevisiae może mieć istotne znaczenie dla ich wykorzystania w badaniach hVDAC, w tym szczególnie hVDAC3, ze względu na jego wpływ na wewnątrzkomórkowy stan redoks i (3) hVDAC3 może chronić komórkę w warunkach stresu oksydacyjnego w sposób nie wymagający obecności dysmutaz ponadtlenkowych i sprowadzający się do uruchomienia swoistego stanu bioenergetycznego mitochondriów związanego z intensywną syntezą ATP, co z kolei wymaga obecności w tym białku reszt cysteiny. Wyniki te poszerzają wiedzę na temat rozpowszechnienia występowania rsVDAC w mitochondriach zwierząt oraz swoistej roli hVDAC3 w warunkach stresu oksydacyjnego. The process of cellular respiration takes place in the mitochondria, whose substrates and metabolites are transported through the VDAC channel located in the outer mitochondrial membrane. This channel protein also transports small molecules and inorganic ions and interacts with many mitochondrial and cellular proteins, thus mediating the regulation of mitochondrial and whole cell function. VDAC can exist in the form of paralogs, e.g. in yeast there are 2 paralogs (yVDAC1 and yVDAC2), and in humans there are 3 (hVDAC1, hVDAC2 and hVDAC3), as in other mammals and vertebrates. During the process of cellular respiration, in addition to molecules "carrying" energy, reactive oxygen species (ROS) are also produced, the excess of which in the cell increases the risk of damage and mutations. Naturally, the excess of ROS is removed by antioxidant enzymes, among which the key role is played by superoxide dismutase (SOD), which occurs in cells in the form of two forms. SOD1 (CuZnSOD) is found in various cellular structures, including the mitochondrial intermembrane space, while SOD2 (MnSOD) is localized in the mitochondrial matrix. Increased ROS levels are an indicator of oxidative stress, which in turn can be counteracted by the cell by activating appropriate defense mechanisms. Available data indicate that hVDAC3 may play an important role in the response of human cells to oxidative stress, which is attributed to the function of a sensor of the reduction-oxidation state (redox state; redox sensitive VDAC; rsVDAC), which in turn may be due to the number and specific location of cysteine residues in the sequence of this protein. Therefore, the aim of this study was to determine the frequency of rsVDAC occurrence outside the vertebrate group and to construct a yeast model to analyze the functionality of individual human VDAC paralogs under oxidative stress conditions. In pursuit of this goal, tools were used to predict the secondary structures of the studied proteins, followed by the distribution of cysteine residues, in order to determine the frequency of rsVDACs depending on the number of VDAC paralogs and the level of complexity of the organisms, their living environment and their lifestyle, and the CRISPR/Cas9 technique to obtain a model based on Saccharomyces cerevisiae yeast cells, in which the genes encoding hVDAC1, hVDAC2 and hVDAC3 (hVDAC3 also in a variant devoid of cysteine residues - hVDAC3ΔCys) were heterologously expressed in the absence of the genes encoding yVDAC1 and yVDAC2 and the genes encoding SOD1 and SOD2 were deleted. The obtained results indicate that: (1) rsVDAC may be the only VDAC variant in mitochondria and its presence may correlate with habitat conditions, as rsVDAC seems to be common in parasites, which in turn suggests that this channel may mediate sensing and adaptation to environmental conditions; (2) the genotype of S. cerevisiae yeast cells may be important for their use in hVDAC studies, including hVDAC3 in particular, due to its effect on the intracellular redox state and (3) hVDAC3 may protect the cell under oxidative stress conditions in a way that does not require the presence of superoxide dismutases and comes down to the activation of a specific bioenergetic state of mitochondria associated with intensive ATP synthesis, which in turn requires the presence of cysteine residues in this protein. These results expand the knowledge on the prevalence of rsVDAC in animal mitochondria and the specific role of hVDAC3 under oxidative stress conditions.
Domena dialogu. Interteksualność, podmiotowość i modernizm we współczesnej prozie kobiet (Filipiak – Kuryluk – Tuszyńska)
(2025) Sobczak, Izabela; Mizerkiewicz, Tomasz. Promotor
Rozprawa poświęcona jest polskiej prozie kobiet końca XX i początku XXI stulecia analizowanej z perspektywy intertekstualnych odniesień do pisarstwa modernistycznego. Przeprowadzone badania wpisują się w ramy toczącej się w ostatnich dekadach debaty paradygmatycznej związanej z odrodzeniem wrażliwości modernizmu we współczesnej literaturze i sztuce. Ich celem nie jest jednak rozstrzyganie o zasadności nowych projektów periodyzacyjnych, ale uwypuklenie na ich tle charakteru jednostkowego, intencjonalnego dialogu między polskimi autorkami współczesnymi (Ewą Kuryluk, Izabelą Morską (Filipiak) oraz Agatą Tuszyńską) a konkretnymi twórcami i twórczyniami przełomu XIX/XX wieku (Josephem Conradem, Virginią Woolf, Isaaciem Bashevishem Singerem). Ponowna operacjonalizacja interteksualności jako narzędzia teoretyczno-metodologicznego, przeprowadzona za pomocą trzech kluczowych pojęć (personalności, intymności i tekstury), pozwala uchwycić złożoność dialogu oraz odpowiedzieć na pytanie, w jaki sposób i dlaczego modernistyczna wrażliwość staje się kluczowa dla konstruowania współczesnej podmiotowości (kobiet). The dissertation is dedicated to Polish women’s prose from the late 20th and early 21st centuries, analyzed through the lens of intertextual references to modernist writing. The conducted research aligns with the ongoing paradigmatic debate concerning the revival of modernist sensibility in contemporary literature and art. However, its goal is not to determine the validity of new periodization projects but rather to highlight, against their backdrop, the individual and intentional dialogue between contemporary Polish women writers (Ewa Kuryluk, Izabela Morska (Filipiak), and Agata Tuszyńska) and specific authors from the turn of the 19th and 20th centuries (Joseph Conrad, Virginia Woolf, Isaac Bashevis Singer). The renewed operationalization of intertextuality as a theoretical and methodological tool, carried out through three key concepts—personality, intimacy, and texturality—allows to capture the complexity of this dialogue and to address the question of how and why modernism becomes crucial for constructing contemporary (female) subjectivity.
Strategie działania inteligentnych systemów wspierających kształcenie operujące na danych nieprecyzyjnych
(2025) Szczepański, Marcin; Marciniak, Jacek. Promotor
Niniejsza praca ma na celu zaproponowanie metody adaptacji treści w kursie e-learningowym pozwalającej na wykorzystanie różnych zjawisk dydaktycznych. W rozprawie jest prezentowana architektura kursu z adaptacyjną zawartością, która posłuży do opracowania metody adaptacji opartej na wybranych nieprecyzyjnych danych dydaktycznych, wykorzystując sterowanie rozmyte. W pracy zostaje dokonany przegląd dostępnych innych rozwiązań w obszarze realizowania różnych strategii dydaktycznych. Praca ilustruje również problemy związane z pozyskiwaniem i przetwarzaniem różnych danych dydaktycznych oraz przedstawia metody modelowania danych nieprecyzyjnych. Ponadto, zostaje dokonana ewaluacja różnych sterowników rozmytych w porównaniu z wybranymi algorytmami uczenia maszynowego. Rozprawa prezentuje różne strategie działania inteligentnych systemów wspierających kształcenie, a także omówiony jest proces implementacji i pozyskiwania danych z kursu z adaptacyjną zawartością. This dissertation aims to propose a method for content adaptation in an e-learning course to leverage various learning phenomena. The study introduces a course architecture featuring adaptive content, which will serve as the foundation for developing an adaptation technique utilizing selected imprecise educational data through fuzzy control. The document surveys existing solutions within the domain of implementing various teaching strategies. It also delineates the challenges associated with acquiring and processing varied educational data, emphasizing the issue of modeling imprecise data. Furthermore, the effectiveness of various fuzzy controllers is compared with machine learning algorithms. Various strategies for the operation of intelligent tutoring systems are presented in the dissertation, along with discussions on the implementation process and data collection within a course with adaptive content.
Chiny w oczach hiszpańskiego dominikanina na podstawie "Hechos de la Orden de Predicadores en el Imperio de China"
(2025) Ewertowski. Piotr; Witkowski, Rafał. Promotor
Celem rozprawy doktorskiej jest ocena wiarygodności i analiza rękopisu "Hechos de la Orden de Predicadores en el Imperio de China", autorstwa hiszpańskiego dominikanina Victorio Riccio (1621 - 1685). Rękopis zawiera nie tylko opowieści o życiu i męczeństwie chrześcijan w Państwie Środka, w okresie burzliwych przemian dynastycznych, lecz zawiera także opis chińskich zwyczajów i religii z perspektywy misjonarza katolickiego – znajduje się tu także unikalna relacja Ricciego z jego osobistego spotkania z generałem Zhengiem Chenggongiem. Rękopis zawiera bogate źródło informacji na temat relacji pomiędzy mniejszością chińską, władzami hiszpańskimi i rdzenną ludnością Manili. Rozprawa składa się z 4 rozdziałów. W pierwszym rozdziale przedstawiono biografię Victorio Ricciego oraz aktualny stan badań nad rękopisami, a także historię autografu i zachowanych kopii. Rozdział drugi stanowi merytoryczne wprowadzenie w świat, w którym żył Victorio Riccio. Trzeci z kolei przedstawia osoby i miejsca ukazane w rękopisie. Rozdział czwarty to analiza świata w oczach autora rękopisu i wiarygodności jego przekazu. "Hechos de la Orden de Predicadores en el Imperio de China" jest cennym źródłem informacji na temat historii Kościoła w Chinach i hiszpańskiej kolonii na Filipinach, a także na temat relacji pomiędzy różnymi kulturami Azji Wschodniej w XVII wieku. Informacje zawarte w rękopisie są w dużej mierze wiarygodne, z pewnymi zastrzeżeniami. Należy pamiętać, że celem autora jest ukazanie wielkiego dzieła, jakiego dokonuje Bóg poprzez dominikanów w Chinach oraz udowodnienie, że „chińskie obrzędy” nie są konieczne w ewangelizacji Chin, a wręcz mogą być nawet szkodliwe. The aim of the doctoral dissertation is to assess the reliability and analysis of the manuscript "Hechos de la Orden de Predicadores en el Imperio de China", by the Spanish Dominican Victorio Riccio (1621 - 1685). The manuscript contains not only stories about the life and martyrdom of Christians in the Middle Kingdom, during the turbulent dynastic transition, but also includes a description of Chinese customs and religions from the perspective of a Catholic missionary – there is also a unique account of Ricci's personal meetings with general Zheng Chenggong. There is a rich source of information in the manuscript, of relations between the Chinese minority, the Spanish authorities, and the indigenous people in Manila. The dissertation consists of 4 chapters. The first chapter presents Victorio Ricci's biography and the current state of manuscript research, as well as the history of the autograph and surviving copies. The second chapter is a factual introduction of the world, in which Victorio Riccio lived. The third, in turn, presents people and places portrayed in the manuscript. The fourth chapter is an analysis of the world, in the eyes of the manuscript’s author and the reliability of his message. "Hechos de la Orden de Predicadores en el Imperio de China", is a valuable source of knowledge about the history of the Church in China and the Spanish colony in the Philippines, as well as the relations between different cultures in East Asia in the 17th century. The information contained in the manuscript is largely reliable, with some reservations. It should be remembered that the author's goal is to show the great work that God does, carried out by the Dominicans in China, and to prove that "Chinese rites" are not necessary in the evangelization of China, rather they are even harmful.
Spojrzenie na molekularny mechanizm leżący u podstaw rzadkich procesów transportowych w enzymach z ukrytymi miejscami aktywnymi
(2025) Mandal, Nishita; Brezovsky, Jan. Promotor
Enzymy są potężnymi biologicznymi katalizatorami, z prawie 50-60% posiadających ukryte centra aktywne kontrolowane przez tunele transportowe. Te tunele odgrywają kluczową rolę w transporcie biomolekuł, co jest niezbędne dla procesów takich jak kataliza i transdukcja sygnałów. Jednak klasyczne symulacje dynamiki molekularnej (cMD) mają trudności z próbkowaniem rzadkich zdarzeń, takich jak chwilowe otwieranie tuneli. Moje badania doktorskie koncentrują się na opracowywaniu zaawansowanych metod, które rozwiązują to ograniczenie i badają stałe oraz rzadkie, chwilowe tunele w enzymach. Kluczowe części mojej pracy doktorskiej obejmują, opracowanie TransportTools, narzędzia do analizy i ujednolicania dużych zestawów danych dotyczących sieci tuneli. Wykorzystanie przyspieszonej dynamiki molekularnej Gaussa (GaMD) do badania dynamiki tuneli w enzymie LinB, odkrywanie nowych rzadkich tuneli i ich mechanizmów. Ocenę metod zgrubnych (CG), takich jak Martini i SIRAH, w celu uchwycenia długoczasowych zdarzeń związanych z tunelami w różnych enzymach. Te osiągnięcia poszerzają naszą wiedzę na temat mechanizmów enzymatycznych, transportu ligandów oraz potencjalnych zastosowań w odkrywaniu leków i inżynierii białek. Enzymes are powerful biological catalysts, with nearly 50-60% having buried active sites controlled by transport tunnels. These tunnels play a crucial role in biomolecule transport, essential for processes like catalysis and signal transduction. However, classical molecular dynamics (cMD) simulations struggle to sample rare events like transient tunnel openings. My Ph.D. research focuses on developing advanced methods to address this limitation and explore permanent and rare transient tunnels in enzymes. Key sections of my thesis include, Development of TransportTools, an in-house tool for analyzing and unifying large tunnel network datasets. Using Gaussian accelerated MD (GaMD) to study tunnel dynamics in the enzyme LinB, discovering novel rare tunnels and their mechanisms. Benchmarking coarse-grained (CG) methods like Martini and SIRAH to capture long-timescale tunnel events across various enzymes. These advancements enhance our understanding of enzyme mechanisms, ligand transport, and potential applications in drug discovery and protein engineering.
Funkcje chromatyny w transkrypcji, odpowiedzi na stres oraz rekombinacji mejotycznej u Arabidopsis thaliana
(2025) Dzięgielewski, Wojciech; Ziółkowski, Piotr. Promotor
Chromatin composition and accessibility affects multiple biological processes on cellular scale, such as initiation of gene transcription or meiotic recombination. In turn, those molecular changes, affect genetic diversity and stress-response on the populational and organismal levels. In the first part of the thesis, I have investigated functions of chromatin modifications on expression of stress-response genes in model plant species Arabidopsis thaliana. We thoroughly characterized, histone variant H2A.Z acetyltransferase NuA4 that is necessary for expression of genes related to growth and development. On the other hand, NuA4 stimulates deposition of H2A.Z into gene-bodies of stress-responsive genes, which ultimately leads to their silencing in non-inductive conditions. Later, I investigated roles of histone deacetylase enzyme HOA 19, that can specifically remove acetyl groups from H2A.Z and H3 at responsive genes. Interplay between histone acetylation and deacetylation forms equilibrium preventing spurious expression of stress genes. In the later section I explored possible roles of chromatin modifications with dCas9-based tools. I provided a set of evidence that local recruitment of expression inducer peptide VP64, leads not only to increased transcription of the targeted gene but also to rearrangements in chromatin which can affect meiotic crossover formation in the targeted locus. In the second part of the thesis, I developed bioinformatic pipelines used in NGS data analysis with emphasis on crossover detection in Arabidopsis. First, I designed web-based tool that allows easy browsing of genotyping-by sequencing datasets coming from different mutant backgrounds. Additionally, I developed a code that provides a simple and effective way to determine crossover site in NGS data generated via seed typing. Seed-typing is a method for investigating meiotic recombination at the hotspot scale. To sum up, I demonstrated various aspects of my PhD research activities, ranging from studies on chromatin roles in the regulation of gene expression and meiotic recombination to development of computational approaches in biological data analysis.
Działania grup na rozmaitościach acyklicznych i rzeczywistych przestrzeniach rzutowych
(2025) Pulikowski, Jan; Pawałowski, Krzysztof M. Promotor
Do ważnych problemów dotyczących działań zwartych grupy Liego G na rozmaitościach gładkich należy opis pojawiających się zbiorów punktów stałych. Taki zbiór jest rozmaitością gładką, o ile działanie grupy G jest gładkie. Można więc zadać pytanie, jakie warunki są konieczne i wystarczające na to, by rozmaitość gładka była dyfeomorficzna ze zbiorem punktów stałych działania gładkiego grupy G na rozmaitości o specyficznych własnościach, np., na rozmaitości ściągalnej, jak dysk czy tez przestrzeń euklidesowa. W tym przypadku odpowiedzi na zadane pytanie udzielił Lowell Jones (gdy G jest p-grupa skończona), Krzysztof Pawałowski (gdy G jest torusem lub G jest rozszerzeniem p-grupy skończonej o torus) i Robert Oliver (gdy G jest grupa skończona, której rzad nie jest potęga liczby pierwszej). W rozprawie rozważa się działania gładkie grupy G na rozmaitościach gładkich, które są pseudo-równoważne z danym G-szablonem (tj. skończonym G-CW kompleksem spójnym o niepustym i spójnym zbiorze punktów stałych). Wyniki autorów wspomnianych powyżej dotyczą działań grup na rozmaitościach ściągalnych, tj. pseudo-równoważnych z jednym punktem. W rozprawie wyniki te rozszerzone są do działań grup G na rozmaitościach pseudo-równoważnych z G-szablonem mod-p acyklicznym (Twierdzenie 0.1) i acyklicznym (Twierdzenie 0.2). Przy dodatkowym założeniu, ze zbiory punków stałych są rozmaitościami stabilnie paralelizowalnymi, ich opis jest podany bez żadnego ograniczenia na G-szablon (Twierdzenie 0.3). Podano tez warunek konieczny i wystarczający na istnienie działania gładkiego grupy skończonej G (której rzad nie jest potęgą liczby pierwszej) bez punktów stałych na zwartej rozmaitości gładkiej pseudo-równoważnej z dowolnie zadanym G-szablonem (Twierdzenie 0.4). W szczególności, istnieje działanie gładkie skończonej grupy G bez punktów stałych na zwartej rozmaitości gładkiej pseudo-równoważnej z rzeczywista przestrzenią rzutowa parzysto-wymiarowa z trywialnym działaniem grupy G, wtedy i tylko wtedy, gdy G jest grupa Olivera. Wykazano też, ze każda skończona grupa Olivera posiada działanie gładkie bez punktów stałych na pewnej rzeczywistej przestrzeni rzutowej parzysto-wymiarowej (Twierdzenie 0.5). Among important problems concerning actions of compact Lie groups G on smooth manifolds is the description of the occurring fixed point sets. Such a set is a smooth manifold, assuming the action of the group G is smooth. Therefore, one may ask what are the necessary and sufficient conditions for a smooth manifold to be diffeomorphic to the fixed point set of a smooth action of G on a smooth manifold with specific properties, e.g, on a contractible manifold (such as a disk or Euclidean space). In the case of actions on contractible manifolds, the answer to the posed question goes back to Lowell Jones (when G is a finite p-group), Krzysztof Pawałowski (when G is a torus or G is an extension of a finite p-group by a torus) and Robert Oliver (when G is a finite group not of prime power order). In this thesis, one considers smooth actions of a group G on smooth manifolds which are pseudo-equivalent to a given G-template (i.e., a finite connected G-CW complex with non-empty and connected fixed point set). The results of authors mentioned above concern group actions on contractible manifolds, i.e., pseudo-equivalent to one point. In this thesis, the results are extended to actions of groups G on manifolds pseudo-equivalent to a mod-p acyclic G-template (Theorem 0.1) and an acyclic G-template (Theorem 0.2). Under the additional assumption that the fixed point sets in question are stably parallelizable, the description of the fixed point sets is obtained without any additional restriction on the G-template. Moreover, a necessary and sufficient condition is given for the existence of a smooth fixed point free action of a finite group G (not of prime power order) on a compact smooth manifold pseudo-equivalent to any given G-template (Theorem 0.4). In particular, the result shows that there exists a smooth fixed point free action of a finite group G on a compact smooth manifold pseudo-equivalent to an even-dimensional real projective space with the trivial action of G, if and only if G is an Oliver group. Finally, it is proven that each finite Oliver group G has a smooth fixed point free action on some even-dimensional real projective space (Theorem 0.5).
Koncepcja interesu grupy spółek oraz jej zastosowanie w polskim porządku prawnym na przykładzie ochrony wspólników mniejszościowych spółki zależnej
(2025) Buszkiewicz, Mateusz; Grykiel, Jarosław. Promotor
Rozprawa doktorska analizuje ochronę wspólników mniejszościowych spółki zależnej w kontekście polskiej regulacji grup spółek opartej na koncepcji ich interesu. Autor bada nowe środki ochrony wynikające z nowelizacji KSH oraz ich wpływ na dotychczasowe mechanizmy. Główna teza wskazuje, że obecne regulacje nie zapewniają wystarczającej ochrony wspólników mniejszościowych. Praca obejmuje analizę rozwoju prawa grup spółek w UE i w Polsce, a także porównanie różnych modeli prawnych, w tym inspiracji rozwiązaniami francuskimi. Autor omawia strukturalne cechy grup spółek, ich powstawanie oraz kluczowe założenia przyjętego modelu. Szczegółowo analizuje wpływ koncepcji interesu grupy na ochronę praw majątkowych i korporacyjnych wspólników mniejszościowych oraz możliwość ich wystąpienia ze spółki. Rozprawa ocenia skuteczność wprowadzonych regulacji i wskazuje na ich potencjalne niedoskonałości. The dissertation analyzes the protection of minority shareholders of a subsidiary in the context of Polish regulation of groups of companies based on the concept of their interest. The author examines the new protection measures resulting from the amendments to the CCC and their impact on the existing mechanisms. The main thesis indicates that the current regulations do not provide sufficient protection for minority shareholders. The work includes an analysis of the development of the law of groups of companies in the EU and Poland, as well as a comparison of different legal models, including inspiration from French solutions. The author discusses the structural features of company groups, their formation and the key assumptions of the adopted model. He analyzes in detail the impact of the group interest concept on the protection of property and corporate rights of minority shareholders and the possibility of their withdrawal from the company. The dissertation evaluates the effectiveness of the introduced regulations and points out their potential imperfections.
Zobowiązania in solidum w świetle założeń metodologicznych poznańsko-szczecińskiej szkoły teorii prawa
(2025) Klaczak, Piotr; Mularski, Krzysztof. Promotor
W polskim systemie prawnym przyjęto tzw. zasadę formalnego źródła solidarności, zgodnie z którą zobowiązanie jest solidarne tylko wtedy, gdy wynika to z ustawy lub z czynności prawnej. W związku z tym powstaje problem kwalifikowania sytuacji, w których brak jest tak rozumianego źródła solidarności, a mimo to wierzyciel może domagać się spełnienia całości świadczenia od każdego z dłużników, a zaspokojenie wierzyciela przez któregokolwiek z nich zwalnia pozostałych. W orzecznictwie i doktrynie stworzono konstrukcję zwaną „zobowiązania in solidum” dla rozwiązywania problemów pojawiających się właśnie na tle tego typu sytuacji. W pracy doktorskiej przedstawiona została geneza konstrukcji zobowiązań in solidum z zarysowaniem zarówno kontekstu historycznoprawnego, jak i prawnoporównawczego. Następnie konstrukcję tę poddano możliwie szczegółowej analizie przy wykorzystaniu narzędzi metodologicznych właściwych dla Poznańsko-Szczecińskiej Szkoły Teorii Prawa. Takiej samej analizie poddano instytucję solidarności biernej, a następnie dokonano odpowiednich porównań. Ostatecznie przyjęto, że zobowiązania in solidum stanowią specyficznie rozumiany zbieg norm indywidualnych i konkretnych. Dla sformułowania tych wniosków konieczne było sięgnięcie do rozważań dotyczących zbiegu norm prawnych prowadzonych zarówno w teorii prawa, jak i w doktrynie prawa karnego. Po dokonaniu ustaleń o charakterze teoretycznym i ogólnym przedstawiono najważniejsze przypadki kwalifikowane w doktrynie jako zobowiązania in solidum. Szczególną uwagę poświęcono zagadnieniu współodpowiedzialności odszkodowawczej wielu podmiotów za jedną szkodę. W tym kontekście konieczne okazały się rozważania dotyczące pewnych fundamentalnych dla odpowiedzialności odszkodowawczej zagadnień, takich jak sposób rozumienia szkody czy koncepcja adekwatnego związku przyczynowego. Każde z podejmowanych zagadnień rozważane było w kontekście specyfiki wynikającej z występowania więcej niż jednego podmiotu zobowiązanego do naprawienia szkody. Na tle współodpowiedzialności odszkodowawczej wielu podmiotów za jedną szkodę analizie poddano problem dopuszczalności stosowania przepisów o solidarności dłużników do zobowiązań in solidum. Poczynione ustalenia posłużyły do sformułowania ogólnych wniosków o niedopuszczalności stosowania tychże przepisów do analizowanej konstrukcji. W rozprawie przedstawiono również problemy pojawiające się w innych sytuacjach kwalifikowanych w doktrynie jako zobowiązania in solidum. Szczególnie wiele miejsce poświęcono sytuacji, w której in solidum odpowiadają podmioty zobowiązane na podstawie odpowiedzialności odszkodowawczej oraz bezpodstawnego wzbogacenia. Analizie poddano również m.in. współodpowiedzialność dłużnika rzeczowego i osobistego. Przeprowadzone analizy pozwoliły zrekonstruować teoretyczny model zobowiązań in solidum sformułowany w języku właściwym dla analitycznej teorii prawa. Tak zarysowana konstrukcja umożliwiła z kolei rozwiązanie wielu szczegółowych problemów pojawiających się na tle poszczególnych przypadków kwalifikowanych w doktrynie jako zobowiązania in solidum. W konsekwencji wyprowadzono również wniosek o niedopuszczalności stosowania przepisów o solidarności dłużników do zobowiązań in solidum. Jednocześnie zaproponowano rozwiązywanie pojawiających się na tym tle problemów w oparciu o przedstawioną w pracy koncepcję. The Polish legal system has adopted the so-called principle of a formal source of solidarity according to which an obligation is joint and several only when it results from an act or a legal transaction. In connection with this a problem arises how to qualify situations where there is no a source of solidarity thus understood, and yet a creditor may demand a full performance of the obligation from each of debtors, and a satisfaction of the creditor by any of them discharges the others from it. In the jurisdiction and in the doctrine it was created a legal construction called „obligations in solidum” to solve problems arising just in relation to this type of situations. In the PhD thesis the origin of the legal construction of obligations in solidum was presented as well as both the historical and legal context and the legal and comparative one were outlined. Following the construction was submitted for as thorough analysis as possible using methodological tools specific for the Poznań-Szczecin School of Legal Theory. The institution of passive solidarity was subject to the same analysis, and afterwards appriopriate comparisons were made. Finally it was assumed that obligations in solidum are a specifically understood concurrence of individual and concrete legal norms. In order to formulate the conclusions it was necessary to refer to considerations regarding the concurrence of legal norms carried out both in the legal theory and in the doctrine of criminal law. After reaching the findings of a theoretical and general nature the most important cases, which are qualified in the doctrine as obligations in solidum, were presented. The particular attention was paid to the issue of a co-liability of many entities for one damage. In this connection it was necessary to consider some issues which are fundamental for liability for damages such as the way of understanding a damage or the concept of the adequate casual nexus. Each of the issues discussed was considered in the connection with specificity resulting from the presence of more than one entity which are obliged to redress a damage. In relation to a co-liability of many entities for one damage the admissibility of application of provisions on joint and several liability of debtors to obligations in solidum was submitted for analysis. The findings reached were used to formulate general conclusions on the inadmissibility of application of these provisions to the analyzed construction. In the thesis problems arising in other situations, which are qualified in the doctrine as obligations in solidum, were also presented. Especially a lot of attention was paid to a situation in which obliged entities are liable in solidum on the basis of liability for damages and of an unjust enrichment. Among other things a co-liability of a mortgager and of a personal debtor was also subject to analysis. The conducted analyses allowed to reconstruct a theoretical model of obligations in solidum which is formulated in the language specific to the analytical legal theory. Such an outlined construction allowed in turn to solve many specific problems arising in relation to individual cases which are qualified in the doctrine as obligations in solidum. In the result the conclusion of the inadmissibility of application of provisions on joint and several liability of debtors to obligations in solidum was also drawn. At the same time it was proposed on the basis of the concept presented in the thesis to solve problems arising in this context.
Charakterystyka mechanizmów różnicowania elementów przewodzących floemu u roślin
(2025) Michalak, Kornel; Bagniewska-Zadworna. Agnieszka. Promotor; Wojciechowska, Natalia. Promotora pomocniczy
W toku ewolucji rośliny wykształciły tkanki przystosowane do efektywnego transportu substancji. Drewno (ksylem) przewodzi wodę i sole mineralne przez elementy trachealne, natomiast komórki przewodzące łyka (floemu) to elementy sitowe rozprowadzające produkty fotosyntezy. Różnicowanie tych komórek polega na ich dostosowaniu do niezakłóconego przepływu roztworów przez redukcję cytoplazmy i modyfikację ściany komórkowej. W rozwój komórek przewodzących ksylemu zaangażowane są mechanizmy programowanej śmierci komórki (PCD – ang. Programmed Cell Death), prowadzącej do powstania martwych elementów trachealnych o silnie zgrubiałych ścianach. Co ciekawe, analogicznie komórki ze zubożałym protoplastem wykształcane są także podczas floemogenezy. Na drodze różnicowania elementy sitowe pozbawiane są większości organelli, w tym jądra komórkowego, jednak pozostają żywe, zachowując część cytoplazmy skupionej blisko ściany komórkowej. Dotychczas niewiele było wiadomo na temat procesów odpowiedzialnych za częściową i wysoce selektywną redukcję protoplastu podczas floemogenezy. Głównym procesem odpowiedzialnym za usuwanie struktur cytoplazmatycznych jest autofagia, a jej występowanie podczas ksylogenezy potwierdziły liczne prace naukowe. Niewiele wiadomo jednak o roli autofagii selektywnej w rozwoju łyka. Celem pracy była weryfikacja hipotezy badawczej zakładającej, że w różnicowanie komórek przewodzących łyka zaangażowane są procesy degradacyjne, ale ich działanie jest selektywne i nie prowadzi do lizy całego protoplastu, tak jak w przypadku PCD podczas rozwoju komórek przewodzących drewna. Materiałem badawczym były korzenie roślin modelowych. W oparciu o analizy anatomiczne, cytologiczne i molekularne scharakteryzowano mechanizmy odpowiedzialne za redukcję cytoplazmy w elementach sitowych korzeni topoli kalifornijskiej (Populus trichocarpa Torr. et A. Gray ex Hook.). Zidentyfikowano także cytologiczne i molekularne markery autofagii występujące podczas floemogenezy. Ponadto, analizując korzenie innych gatunków oddalonych ewolucyjnie, od paproci do dwuliściennych, udowodniono, że autofagia to proces specyficzny dla różnicowania zarówno drewna i łyka roślin naczyniowych. Nie stwierdzono natomiast specyficznego wzorca ewolucji dla składu ściany komórkowej tkanek przewodzących. W porównaniu do konserwatywnego charakteru autofagii, formowanie ściany komórkowej tkanek przewodzących jest bardzo zmienne. Dla każdego z badanych gatunków udokumentowano różny skład ściany komórkowej dla ksylemu bądź floemu. W pracy zaproponowano także wzory mechanizmów degradacyjnych u roślin w warunkach ich prawidłowego rozwoju oraz w reakcji na stres abiotyczny i biotyczny. Różnicowanie ksylemu i floemu zachodzące w wyniku śmierci komórki lub tylko częściowego zaniku organelli stanowi bardzo dobry model badawczy dla mechanizmów odpowiedzialnych za intensywne zmiany w składzie cytoplazmy i ściany komórkowej. Uzyskane wyniki znacząco poszerzyły dotychczasową wiedzę na temat różnych ścieżek selektywnej degradacji cytoplazmy oraz metod ich badania. In the course of evolution, plants have developed tissues adapted to the efficient transport of substances. Xylem conducts water and mineral salts through tracheal elements, while phloem conducting cells known as sieve elements, distributing products of photosynthesis. The differentiation of these cells involves the adaptation to ensure the uninterrupted flow of solutions by reducing the cytoplasm and modifying the cell wall. Programmed Cell Death (PCD) mechanisms are involved in the development of xylem conducting cells. In the case of xylogenesis, tracheary elements become dead, therefore empty, and their walls become extensively thickened. Interestingly, analogically cells with reduced protoplast are formed during phloemogenesis as well. In the course of differentiation, sieve elements are deprived of most organelles, including the nucleus, but they remain alive, retaining part of the cytoplasm concentrated close to the cell wall. So far, little has been known about the processes responsible for the partial and highly selective reduction of the protoplast during phloemogenesis. The main process responsible for the removal of cytoplasmic structures is autophagy, and its occurrence during xylogenesis has already been confirmed. However, little is known about the role of selective autophagy in the development of phloem. The aim of the work was to verify the research hypothesis, assuming that degradative processes are involved in the differentiation of phloem conductive cells, but their operation is selective and does not lead to the lysis of the entire protoplast, as is the case of PCD during the development of xylem conducting cells. The research material consisted of the roots of model plants. Using the black cottonwood (Populus trichocarpa Torr. et A. Gray ex Hook.) as well as anatomical, cytological and molecular analyses, the mechanisms responsible for the reduction of cytoplasm in sieve elements were characterized. Cytological and molecular markers of autophagy occurring during phloemogenesis were also identified. Moreover, by analyzing the roots of other evolutionarily distant species, ranging from ferns to dicotyledons, it was proven that autophagy is a process specific to the differentiation of both the xylem and phloem in vascular plants. However, no specific evolutionary pattern was found for the composition of the cell walls of conducting tissues. Compared to the conserved nature of autophagy, cell wall formation is very variable. For each examined species, different cell wall composition for xylem or phloem were documented. The thesis also proposes patterns of degradation mechanisms in plants under conditions of their normal development and in response to abiotic and biotic stresses. The differentiation of xylem and phloem, undergoing in the result of cell death or just partial reduction of organelles, is a very good research model for the mechanisms responsible for intensive changes in the composition of the cytoplasm and cell wall. The obtained results significantly extended the current knowledge on different pathways of cytoplasmic selective degradation and methods of their study

Browse

Recent Submissions