Doktoraty 2010-2023 /dostęp otwarty/
Permanent URI for this collection
Browse
Recent Submissions
- ItemModelowanie molekularne zależności struktura-dynamika-funkcja w białkach(2023) Surpeta, Bartłomiej; Brezovsky, JanCiągły postęp w nauce, metodach obliczeniowych i technologii umożliwia coraz lepsze badanie białek. Na przestrzeni dziesięcioleci stało się jasne, że białka są dynamicznymi jednostkami i aby dokładnie zbadać ich funkcję, nie wystarczy spojrzeć tylko na strukturę, ale także na nieodłączny składnik dynamiczny. W moich badaniach doktoranckich skupiłem się na wygaszaniu kworum, które pozwala na zakłócenie komunikacji bakteryjnej, zmniejszając w ten sposób czynniki wirulencji. Można to osiągnąć enzymatycznie, a zatem takie enzymy były głównym przedmiotem mojej rozprawy doktorskiej. Praca składa się z czterech artykułów. W pierwszym zbadałem szczegóły dynamicznych składników, które determinują i ograniczają aktywność wygaszania kworum w N-końcowych hydrolazach serynowych. Drugi to przegląd literatury podsumowujący podejścia w inżynierii białek, które uwzględniają dynamikę jako kluczową podczas procesu projektowania. Trzecia część przedstawia bibliotekę TransportTools, oprogramowanie opracowane w naszym laboratorium w celu sprostania wyzwaniu spójnej analizy przestrzeni wewnętrznych w danych zespołu białek pochodzących z masowych symulacji dynamiki molekularnej. Ostatnia część rozprawy obejmuje racjonalne projektowanie wariantów acylazy penicyliny G E. coli o ulepszonej aktywności i modulowanej specyficzności wobec cząsteczek sygnałowych różnych patogennych gatunków bakterii. Ongoing advances in science, computational methods, and technology make it possible to study proteins better and better. Over the decades, it has become clear that proteins are dynamic entities, and to accurately study their function, it is not enough to look only at the structure, but also at the inherent dynamic component. In my Ph.D. research, I focused on quorum quenching, which allows the disruption of bacterial communication, thereby reducing virulence factors. It can be achieved enzymatically, and thus such enzymes were the main interest of my dissertation. The thesis consists of four articles. In the first, I investigated details of the dynamic components that determine and limit the quorum quenching activity in N-terminal serine hydrolases. The second is a literature review summarizing approaches in protein engineering that consider dynamics as crucial during the design process. The third part presents the TransportTools library, software developed in our laboratory to address the challenge of consistent analysis of internal spaces in protein ensemble data resulting from massive molecular dynamics simulations. The last part of the thesis covers the rational design of E. coli penicillin G acylase variants with improved activities and modulated specificities towards signaling molecules of different pathogenic bacterial species.
- ItemKontrola crossing-over poprzez białko MSH2 wykrywające nieprawidłowo dopasowane pary zasad DNA w odpowiedzi na wzór chromosomowej heterozygotyczności u Arabidopsis thaliana(2023) Dłużewska, Julia; Ziółkowski, PiotrPodczas mejozy chromosomy homologiczne łączą się w pary i wzajemnie wymieniają materiałem genetycznym w procesie zwanym crossing-over lub rekombinacją mejotyczną. Crossing-over jest ważne dla generowania nowych kombinacji alleli, a co najmniej jedno crossing-over na biwalent jest niezbędne do zapewnienia właściwej segregacji chromosomów w mejozie. Co więcej, rozmieszczenie zdarzeń crossing-over nie jest przypadkowe, a ich liczba jest limitowana – na jedną parę chromosomów podczas mejozy przypada tylko około 2-3 crossing-over, niezależnie od fizycznej wielkości genomu. Jednym z czynników wpływających na rozmieszczenie rekombinacji jest polimorfizm pomiędzy chromosomami homologicznymi. Obecność regionu heterozygotycznego obok regionu homozygotycznego na tym samym chromosomie powoduje redystrybucję crossing-over do regionu polimorficznego. Pokazałam, że ów efekt zestawienia heterozygotyczności in cis (ang. heterozygosity juxtaposition effect), zależy od aktywności białka MSH2, kluczowego elementu systemu naprawy nieprawidłowo sparowanych zasad DNA. Moje wyniki wykazują stymulującą rolę MSH2 w tworzeniu crossing-over klasy I. Dzięki całogenomowej analizie crossing-over w mieszańcach z mutacją msh2 wykazałam, że rekombinacja jest redystrybuowana z wysoce polimorficznych regionów okołocentromerowych do mniej polimorficznych regionów przytelomerowych. Interferencja genetyczna nie uległa zmianie w mutancie msh2 w liniach wsobnych i mieszańcowych. Korzystając z panelu linii Arabidopsis thaliana znakowanych fluorescencyjnie (ang. fluorescent-tagged line, FTL) wykazałam, że wzór rekombinacji jest w znacznej mierze podobny między liniami wsobnymi i mieszańcami, jednak obecność regionu heterozygotycznego na w innym wypadku homozygotycznym chromosomie przekierowuje zdarzenia crossing-over do regionu heterozygotycznego. Wzrost rekombinacji obserwuje się głównie w pobliżu granicy pomiędzy regionem heterozygotycznym i homozygotycznym, podczas gdy spadek zdarzeń crossing-over w części homozygotycznej obejmuje cały ten region. Protokół opisujący wykorzystanie FTL w pomiarach częstotliwości rekombinacji również stanowi część mojej rozprawy doktorskiej. Zdarzenia crossing-over klasy II są wrażliwe na obecność polimorfizmu i z tego powodu nie są wydajnie formowane w regionach heterozygotycznych. W mieszańcach, w których aktywna jest wyłącznie klasa II (podwójny mutant fancm zip4) przyczyną obniżonej płodności jest niedobór crossing-over. Poprzez dodatkową inaktywację MSH2 zwiększyłam płodność roślin. Co więcej, moje całogenomowe analizy crossing-over w tle różnych mutantów, w tym w msh2 fancm i msh2 recq4, w połączeniu z pomiarami częstości rekombinacji przy użyciu FTL ujawniły, że MSH2 ogranicza zachodzenie crossing-over klasy II. MSH2 wykazuje więc przeciwstawne działanie w dwóch szlakach crossing-over. W regionach około-centromerowych, które są znacznie bardziej polimorficzne niż reszta chromosomu, inaktywacja MSH2 nie spowodowała zwiększenia częstości crossing-over klasy II w regionach heterozygotycznych. To pokazuje, że polimorfizm może mieć również niezależny od MSH2 wpływ na rekombinację. Ponadto, nadekspresja pro-rekombinacyjnego czynnika HEI10 spowodowała znaczny wzrost rekombinacji we wszystkich testowanych wariantach heterozygotyczności, z wciąż obecną tendencją regionów heterozygotycznych do stymulowania zdarzeń crossing-over. Wykazałam, że w msh2 HEI10-OE rekombinacja jest zwiększona globalnie z powodu promowania klasy I przez HEI10, jednak nie obserwuje się efektu zestawienia heterozygotyczności in cis. Co więcej, w wariancie msh2 fancm zip4 HEI10-OE nie wykryto stymulowania crossing-over przez HEI10, co dowodzi, że HEI10 nie odgrywa żadnej roli w klasie II. Podsumowując, wykazałam pro-rekombinacyjną rolę MSH2 dla crossing-over klasy I oraz antagonistyczną, anty-rekombinacyjną rolę dla crossing-over klasy II. Moja praca pokazuje, że MSH2 jest głównym regulatorem dla obu szlaków crossing-over, co pozwala na dynamiczną regulację rekombinacji mejotycznej, w zależności od poziomu i rozkładu heterozygotyczności pomiędzy chromosomami homologicznymi. During meiosis, homologous chromosomes pair and reciprocally exchange genetic material in a process called crossover or meiotic recombination. Crossover is important for generating new allele combinations and at least one crossover per bivalent is necessary to ensure proper chromosome segregation in meiosis. Moreover, crossover placement is not random and its numbers are limited – there are only about 2-3 crossovers per chromosome pair per meiosis, regardless of the physical size of the genome. One of the factors influencing recombination pattern is interhomolog polymorphism. The presence of heterozygous region juxtaposed to homozygous region on the same chromosome, causes a redistribution of crossovers into the polymorphic region. I showed that this heterozygosity juxtaposition effect depends on the activity of MSH2 protein, key element of mismatch repair system. My results demonstrate MSH2 stimulating role in the formation of Class I crossovers. With genome-wide crossover mapping in msh2 hybrids, I was able to show that recombination is redistributed from highly polymorphic pericentromeres into less polymorphic subtelomeric regions. Genetic interference was not changed in msh2 inbred and hybrid lines. By using a panel of Arabidopsis thaliana fluorescence-tagged lines (FTLs), I showed that recombination landscape is mostly similar between inbred and hybrid lines, however the presence of heterozygous region on an otherwise homozygous chromosome, redirects crossover events into the former. The increase in heterozygous region is mostly observed close to the heterozygous-homozygous regions boarder, whilst decrease in homozygous part spans the entire region. The protocol for FTL use in crossover rate measurements is also included in this dissertation. Class II crossovers are polymorphism-sensitive and cannot be efficiently formed in heterozygous regions. In hybrids exhibiting only Class II (fancm zip4 double mutant), crossover scarcity is the reason for reduced fertility. By additionally inactivating MSH2, I was able to increase plant fertility. Moreover, my genome-wide crossover analysis in different mutant contexts, including msh2 fancm and msh2 recq4, combined with FTL crossover frequency measurements, revealed that MSH2 limits Class II crossovers. Hence, MSH2 has opposite roles in two crossover pathways. In pericentromeric regions, which are much more polymorphic than the rest of the chromosome, MSH2 inactivation was not able to increase Class II crossovers frequency in heterozygous regions. This shows MSH2-independent polymorphism impact on recombination. Finally, the overexpression of pro-crossover HEI10 caused significant increase in recombination in all tested heterozygosity variants, with a trend of heterozygous regions attracting crossovers still present. I showed, that in msh2 HEI10-OE total recombination is increased because of HEI10 promoting Class I, however no juxtaposition effect is observed. What is more, no HEI10 stimulation is detected in msh2 fancm zip4 HEI10-OE variant, proving that HEI10 has no role in Class II. To sum up, I showed pro-recombination role of MSH2 for Class I crossovers and an antagonistic, anti-recombination role for Class II crossovers. Therefore, this work demonstrates that MSH2 is a master regulator of both crossover pathways, which allows for dynamic regulation of meiotic recombination outcomes, depending on the level and distribution of sequence divergence between homologs.
- ItemNiemieccy badacze epoki brązu na środkowym Nadodrzu na przełomie XIX i XX wieku(2023) Staniewicz, Tomasz; Rączkowski, WłodzimierzCelem niniejszej dysertacji jest analiza praktyk badawczych niemieckich archeologów zajmujących się epoką brązu związanych z obszarem środkowego Nadodrza na przełomie XIX i XX wieku. Teoretyczną podstawę pracy stanowią założenia egzystencjalizmu według Jean-Paula Sartre’a, a analiza egzystencjalna Viktora Frankla i Alfrieda Längle narzędzie badawcze. W egzystencjalizmie kwestia kontekstu kulturowego jest różnie ujmowana. Wydaje się jednak, że odgrywa on rolę w procesie kształtowania postaw ludzkich. Z tego powodu elementy kontekstu zostały omówione z uwzględnieniem kwestii szerzących się idei (np. volkizm, nazizm), a także sytuacji społeczno-politycznej (np. miejsce kobiet w społeczeństwie) czy organizacji archeologii niemieckiej. W dysertacji zastosowano kilkustopniowy poziom porządkowania danych. Do realizacji celu pracy ostatecznie wybrano dwudziestu jeden archeologów i dla każdego z osobna nakreślono biogram wraz ze spisem publikacji. Dla kilkudziesięciu publikacji spełniających wybrane kryteria sporządzono analizę treści opartą na kategoriach egzystencjalizmu. Na podstawie inspiracji analizą egzystencjalną powstał model moderowanego wywiadu biograficznego (MWB). Posłużył on przedstawieniu i przeanalizowaniu praktyk badawczych wybranych archeologów niemieckich – ich życiorysów, wybranych publikacji oraz informacji kontekstualnych. Zastosowanie MWB pokazało duże podobieństwo publikacji oraz sposób uprawiania archeologii, ukazało emocje danej osoby i obecność ideologii w ich życiu. Całość pracy uzupełniają liczne aneksy, które stanowią bazę, jak i uzupełnienie informacji zawartych w pracy. Existentialism by Jean-Paul Sartre is the theoretical foundation of the thesis, and existential analysis by Viktor Frankl and Alfried Längle was chosen as research tool. The matter of cultural context is approached in a variety of ways in existentialism. It would seem, however, that it plays an important role in the process of the shaping of human attitudes and decision-making processes. For this very reason, certain parts of the context are discussed having in mind ideologies (e.g. volkism, nazism), as well as the socio-political situation, and organization of the German archaeology of that time. Within the dissertation I have applied multi-levels of data ordering. 21 archaeologists were selected to realize the thesis purpose, and for each of them a biographical note was prepared, along with their publication list. The analysis based on the categories of existentialism was compiled for several of those publications. Based on the inspiration of the existential analysis, a model of ‘moderated biographical interview’ (MBI) was proposed. It was used to analyze research practices of some German archaeologists: their biographies, chosen publications and additional contextual information. The MBI allowed different understanding their publications and ways they conducted archaeological research; it showed the emotions of a given person and the presence of ideology in their life.
- ItemKompetencje menedżerskie dyrektorów szkół. Socjopedagogiczne studium zarządzania polską szkołą(2023) Wieczorek, Emilia; Banaszak, SławomirProblematyka zawarta w pracy dotyczy kompetencji menedżerskich dyrektorów współczesnych szkół w świetle literatury przedmiotu oraz własnych badań empirycznych. Celem pracy jest pogłębienie wiedzy na temat określonych predyspozycji dyrektorów, jako kompetentnych i profesjonalnych liderów, będących jednocześnie kierownikami, menedżerami oraz przywódcami szkoły. Badania w tym zakresie mają za zadanie poznanie opinii dyrektorów na temat tej problematyki, dokonanie analizy pozyskanego materiału oraz opracowanie wniosków poszerzonych dodatkowo o implikacje praktyczne, mające na celu próbę konstrukcji kategorii kompetencji menadżerskich. Komponenty tej kategorii to kompleksowość oraz interdyscyplinarna wiedza i umiejętności, aktywne słuchanie, otwartość na zmianę i planowanie wizji rozwoju placówki, elastyczność czasowa, inteligencja emocjonalna, odpowiedzialność. Przeprowadzone badania mają charakter jakościowy oraz plasują się w obszarze badań eksplanacyjnych. W postępowaniu badawczym zastosowano technikę indywidualnych wywiadów pogłębionych. Analiza zebranego materiału jest kontekstowa, czyli bazuje na wiedzy zaprezentowanej w teoretycznych częściach rozprawy. Badania dotyczyły wyselekcjonowanej grupy dyrektorów poznańskich szkół publicznych i zbiegły się czasem czasie z lockdownem spowodowanym pandemią covid-19, zostały więc wzbogacone o szczególną i nietypową perspektywę w zarządzaniu szkołami. Wnioski wynikające z badań wykazują, że dyrektorzy dzisiejszych szkół jako jej menedżerowie, kierownicy i przywódcy, mają wiele różnorodnych obowiązków, stawiane są przed nimi zróżnicowane wymagania, a pełniona przez nich funkcja stale ewoluuje. Wzmożonej uwagi wymaga obszar kształcenia oraz zawodowego doskonalenia dyrektorów w zakresie menedżerskim. Podejmowanie praktycznych działań, wspierających dyrektorów szkół powinno stanowić istotne zadanie dla władz oświatowych zarówno na poziomie lokalnym, jak i krajowym. The issues in the thesis concern the managerial competencies of modern school principals in light of the scholarly literature and my empirical research. The work aims to deepen the knowledge about the specific predispositions of headteachers as competent and professional leaders who are simultaneously managers and leaders of the school. Research in this area is aimed at getting to know the opinions of head teachers on this issue, analysing the obtained material and developing conclusions additionally extended by practical implications aimed at attempting to construct a category of managerial competencies. The components of this category are comprehensiveness and interdisciplinary knowledge and skills, active listening, openness to change and planning a vision for the institution’s development, time flexibility, emotional intelligence, and responsibility. The conducted research is qualitative and falls within the field of explanatory study. The research procedure used the technique of individual in-depth interviews. The analysis of the collected material is contextual, i.e., based on the knowledge presented in the theoretical parts of the dissertation. The research concerned a selected group of head teachers of Poznan public schools. It coincided with the lockdown caused by the covid-19 pandemic, so it was enriched with a unique and unusual perspective on school management. The research conclusions show that the head teachers of contemporary schools, as their managers and leaders, experience a multitude of different duties and requirements, and their role is constantly evolving. The education and professional development of principals in the management field require increased attention. Taking practical action to support head teachers should be an essential task for education authorities at both local and national level
- ItemPoczątek człowieka - upadek - śmierć. Kluczowe zagadnienia antropologii teologicznej w nowej interpretacji(2023) Witała, Maciej; Kochaniewicz, BogusławW pracy podjęto trzy kluczowe tematy z zakresu antropologii teologicznej: kwestię początków ludzkości, upadku i jego dziedzictwa oraz śmierci człowieka jako skutku grzechu. Najpierw podjęto refleksję nad teologicznymi kryteriami człowieczeństwa, zestawiając je z wiedzą nauk szczegółowych o antropogenezie w celu postawienia hipotezy o przekroczeniu przez praludzi progu hominizacji. Najbardziej istotnym z takich kryteriów wydaje się zdolność do relacji z Bogiem, ujawniająca się w prahistorycznej protoreligijnaści. Teza ta stanowi podstawę do refleksji nad upadkiem . Analiza danych biblijnych i teologicznych prowadzi do wniosku, że grzech pierwszych ludzi należy umiejscowić na samym początku dziejów ludzkości. Pierwsi ludzie, przekraczający próg hominizacji, zerwali relację ze Stwórcą, co skutkowało inwazją grzechu na świat. Dziedzictwo upadku przekazywane jest przez naturę ludzką, w wymiarze metafizycznym i społecznym. Istotnym skutkiem grzechu jest śmierć. Analiza danych biblijnych i teologicznych pozwala uznać, że w pierwszej kolejności chodzi o śmierć duchową. Skutkiem grzechu, w pewnym sensie, jest też śmierć cielesna. Chociaż przemijanie należy do natury człowieka, to po grzechu kres życia doczesnego nabrał tragicznego charakteru. Znaczenie śmierci jako bramy wiecznego życia przywrócił Chrystus, co ujawnia przykład dormitio Najświętszej Maryi Panny i fenomen transitus świętych. This work addresses essential issues of theological anthropology: the origins of mankind, the fail of man and its legacy, the death as a consequence of sin. Regarding anthropogenesis, the perspective of theological anthropology was juxtaposed with data from empirical sciences. A hypothesis concerning the crossing of the hominization threshold by the protohumans was put forward, that the most significant of the criteria of humanity is the capacity for a relationship with Gad, revealed in prehistorie protoreligion. Analysis of the biblical and theological data allowed to put forward a hypothesis, that the sin of the first men happened at the very dawn of mankind. Right after crossing the threshold of hominization mankind broke the communion with its Creator, which was revealed in the invasion of sin into the world. The original sin is transmitted through human nature, which should be perceived in both metaphysical and social aspects. Death is a significant consequence of sin. Analysis of the biblical and theological data allows to conclude that it is primarily spiritual death. Bodily death is also, in a sense, a consequence of the tall. Although integral to human nature, after the tall it became a tragic experience. lts original meaning as a gateway to the eternal life was restored by Christ. This is evident from the dormition of the Blessed Virgin Mary and transitus of saints.