Charakterystyka molekularna i funkcjonalna białek transbłonowych 72 i 207 oraz ich deregulacja w raku jasnokomórkowym nerki
Loading...
Date
2022
Authors
Editor
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Title alternative
Molecular and functional characterization of transmembrane proteins 72 and 207 and their deregulation in clear cell renal cell carcinoma
Abstract
Rak jasnokomórkowy (ccRCC) jest jednym z najczęściej występujących typów raka nerki. Obecnie nie są znane żadne biomarkery ccRCC a najczęstszą jego przyczyną jest mutacja genu VHL. Nie tłumaczy ona jednak wszystkich mechanizmów prowadzących do rozwoju i progresji ccRCC. W wyniku przeprowadzonych wcześniej metaanaliz ekspresji genów i doświadczeń wybrane zostały geny, których ekspresja w ccRCC jest znacząco deregulowana.
Wybrane geny kodują białka należące do rodziny białek transmembranowych (TMEM). Spośród nich wybrano TMEM72 i TMEM207 w celu scharakteryzowania budowy i funkcji białek w zdrowym organizmie oraz zbadania mechanizmu deregulacji ich ekspresji w raku jasnokomórkowym nerki. W pierwszym kroku dokonano walidacji predykcji bioinformatycznych dotyczących lokalizacji i orientacji w błonie białek TMEM72 i TMEM207. Kolejno potwierdzono ekspresję TMEM72 oraz TMEM207 w guzach a także w liniach komórkowych. Udowodniono obecność dwóch isoform TMEM72 w tkankach raka jasnokomórkowego nerki. Dalej, przeprowadzono eksperymenty RNA-Seq, w celu ustalenia ich zaangażowania w szlaki sygnalizacyjne i metaboliczne oraz konsekwencji warunków stresowych występujących w guzach, świadczące o ich potencjalnej funkcji w organizmie.
Równocześnie, przeprowadzono analizy bioinformatyczne na danych uzyskanych samodzielnie, jak również pozyskanych z dostępnych baz danych. Pokazano potencjalną korelację TMEM72 ze zwiększoną infiltracją guza przez regulatorowe komórki T.
Wyniki niniejszej pracy posłużą do opisu budowy białek TMEM72 i TMEM207 oraz w przyszłości, do scharakteryzowania ich funkcji.
Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is one of the most commonly occurring types of kidney cancer. There are no known biomarkers, and while VHL mutations are often present in tumors they don’t explain all of the mechanisms of ccRCC etiology and progression. In previous meta analysis of gene expression data, significantly deregulated genes in ccRCC have been identified, with the transmembrane protein family (TMEM) being considerably overrepresented. Two TMEM family members :TMEM72 and TMEM207 were selected in order to characterize the structure and function of their protein products in the cell and in ccRCC progression. The first step was the experimental validation of bioinformatic analyses regarding the cellular localization and orientation in the membrane of TMEM72 and TMEM207 proteins. Next, the expression of both genes was analyzed in tumors and cell lines. Subsequently, the two isoforms of TMEM72 were demonstrated and studied in tumor tissues. RNA-Seq was designed and performed in order to discover TMEM participation in signaling and metabolic pathways and whether TMEMs are implicated in the stress responses occurring naturally in tumors, which would be an indication of the TMEM72 and TMEM207 function. Last, the bioinformatic analyses of the data produced in our lab as well as the data provided in public databases were performed. Potential correlation of TMEM72 with the T-regulatory cell tumor infiltration has been shown. The results of this thesis will help to unravel the role of TMEM72 and TMEM207 in healthy and cancerous cells.
Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is one of the most commonly occurring types of kidney cancer. There are no known biomarkers, and while VHL mutations are often present in tumors they don’t explain all of the mechanisms of ccRCC etiology and progression. In previous meta analysis of gene expression data, significantly deregulated genes in ccRCC have been identified, with the transmembrane protein family (TMEM) being considerably overrepresented. Two TMEM family members :TMEM72 and TMEM207 were selected in order to characterize the structure and function of their protein products in the cell and in ccRCC progression. The first step was the experimental validation of bioinformatic analyses regarding the cellular localization and orientation in the membrane of TMEM72 and TMEM207 proteins. Next, the expression of both genes was analyzed in tumors and cell lines. Subsequently, the two isoforms of TMEM72 were demonstrated and studied in tumor tissues. RNA-Seq was designed and performed in order to discover TMEM participation in signaling and metabolic pathways and whether TMEMs are implicated in the stress responses occurring naturally in tumors, which would be an indication of the TMEM72 and TMEM207 function. Last, the bioinformatic analyses of the data produced in our lab as well as the data provided in public databases were performed. Potential correlation of TMEM72 with the T-regulatory cell tumor infiltration has been shown. The results of this thesis will help to unravel the role of TMEM72 and TMEM207 in healthy and cancerous cells.
Description
Wydział Biologii
Sponsor
Keywords
rak jasnokomórkowy, clear cel renal cel carcinoma, białka transmembranowe, transmembrane proteins, RNA-seq, immunoinfiltracja, immune infiltration