Biogeneza małych RNA powstających z prekursorów wybranych mikro RNA Arabidopsis thaliana
| dc.contributor.advisor | Szweykowska-Kulińska, Zofia. Promotor | |
| dc.contributor.author | Sobkowiak, Łukasz | |
| dc.date.accessioned | 2012-09-11T09:13:04Z | |
| dc.date.available | 2012-09-11T09:13:04Z | |
| dc.date.issued | 2012-09-11T09:13:04Z | |
| dc.description | Wydział Biologii: Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii | pl_PL |
| dc.description.abstract | W trakcie realizacji niniejszej rozprawy doktorskiej dokonano charakterystyki sekwencji nukleotydowych 14 HYL1-zależnych prekursorów miRNA Arabidopsis thaliana Col-0. Poznanie sekwencji nukleotydowych cząsteczek pri-miRNA i ich mapowanie do sekwencji genomowej A. thaliana pozwoliło poznać budowę 14 genów MIR. Charakterystykę sekwencji nukleotydowych cząsteczek pri-miRNA wykonano w oparciu o techniki 5'RACE oraz 3'RACE, w tle genetycznym mutanta hyl1-2, w którym dochodzi do akumulacji prekursorów miRNA. Spośród poznanych 14 genów MIR 6 zawiera introny typu U2. W trakcie wykonywania niniejszej rozprawy doktorskiej odkryto nową cząsteczkę miRNA (miRNA319b.2) i dokonano analizy jej biogenezy oraz funkcji. Cząsteczka miRNA319b.2 posiada cechy charakterystyczne dla roślinnych miRNA: jej długość wynosi 21 lub 24 nt, jej biogeneza jest HYL1-zależna. Dodatkowo wykazano, że miRNA319b.2 jest włączany do kompleksów efektorowych RISC i reguluje na etapie potranskrypcyjnym poziom mRNA kodującego czynnik transkrypcyjny RAP2.12 w pędach kwiatonośnych oraz w kwiatostanach 42-dniowych i 53-dniowych roślin A. thaliana. Analiza wyników głębokiego sekwencjonowania wykazała także obecność cząsteczek krótkich RNA powstających z rejonu końca 5' pri-miRNA166b oraz z transkryptu antysensownego do prekursora miRNA166b. W niniejszej pracy podjęto próbę wyjaśnienia mechanizmu ich biogenezy. | pl_PL |
| dc.description.abstract | Since the majority of the full-length Arabidopsis thaliana pri-miRNAs is not known it is also not possible to determine the structure of plant MIR genes. In this PhD thesis, the structure of 14 A. thaliana MIR genes and their primary transcripts (pri-miRNA) is shown. Taking the advantage that pri-miRNAs accumulate in hyl1-2 knockdown mutant plants, 5' and 3' RACE analyses for 14 selected pri-miRNAs were performed. The lengths of analysed MIR genes varies from 396 bp to almost 5000 bp. Within all 14 A. thaliana MIR genes characterized, six contain U2 type introns. Pri-miRNAs contain broad spectrum of alternative polyadenylation sites resulting in 3' end heterogenity. In experiments performed using high throughput sequencing new microRNA, (miRNA319b.2) was discovered that is generated from the loop-proximal part of the pri-miRNA319b hairpin structure. Mature miRNA319b.2 carries multiple features of a functional miRNA and regulates expression of intron-containing mRNA isoform of RAP2.12 transcription factor in Arabidopsis stems and inflorescences. Analyses of high throughput sequencing results show the presence of small RNAs generated from pri-miRNA166b 5' region and from antisense transcript. The biogenesis pathway of these small RNAs was scrutinized. | pl_PL |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10593/3314 | |
| dc.language.iso | pl | pl_PL |
| dc.subject | Mikro RNA | pl_PL |
| dc.subject | Micro RNA | pl_PL |
| dc.subject | Pri-miRNA | pl_PL |
| dc.subject | Gen MIR | pl_PL |
| dc.subject | MIR gene | pl_PL |
| dc.subject | alternatywne miejsce poliadenylacji | pl_PL |
| dc.subject | alternative polyadenylation site | pl_PL |
| dc.subject | regulacja ekspresji genów | pl_PL |
| dc.subject | regulation of gene expression | pl_PL |
| dc.title | Biogeneza małych RNA powstających z prekursorów wybranych mikro RNA Arabidopsis thaliana | pl_PL |
| dc.title.alternative | Biogenesis of small RNAs generated from choosen Arabidopsis thaliana miRNA precursors | pl_PL |
| dc.type | Dysertacja | pl_PL |