Analiza funkcjonalna wybranych białek oddziałujących z lipidami błon w systemie błon wewnętrznych komórek Arabidopsis thaliana

Wierzchowiecka, Magdalena

Analiza funkcjonalna wybranych białek oddziałujących z lipidami błon w systemie błon wewnętrznych komórek Arabidopsis thaliana

dc.contributor.advisor	Wojtaszek, Przemysław. Promotor
dc.contributor.author	Wierzchowiecka, Magdalena
dc.date.accessioned	2013-04-29T08:29:24Z
dc.date.available	2013-04-29T08:29:24Z
dc.date.issued	2013-04-29
dc.description	Wydział Biologii: Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii	pl_PL
dc.description.abstract	Elementy systemu błon wewnętrznych w komórce roślinnej, komunikują się między sobą głównie za pomocą transportu pęcherzykowego. Transport pęcherzykowy jest uwarunkowany ciągiem następujących po sobie oddziaływań między różnymi białkami oraz między białkami a fosfatydyloinozytolami - lipidami błon biologicznych. W pracy podjęto próbę poznania nowych, dotąd nie charakteryzowanych białek Arabidopsis thaliana, oddziałujących z lipidami błon, potencjalnie uczestniczących w procesach transportowych w komórce m.in. w transporcie pęcherzykowym. W tym celu do badań wytypowano 5 białek Arabidopsis thaliana, które określono skrótami: PXS (At4g32160), PXC (At3g15920), PXX (At1g15240), SlaA (At4g02650), PRAF4 (At1g76950). Korzystając z narzędzi bioinformatycznych oceniono obecność aminokwasów zachowanych w domenach wytypowanych białek, odpowiedzialnych za wiązanie fosfatydyloinozytoli. Przeprowadzona analiza Fat blot pozwoliła stwierdzić, że wszystkie analizowane domeny białek wiążą fosfatydyloinozytole w warunkach in vitro. Wiązały one z największym powinowactwem PtdIns(4)P oraz z mniejszym PtdIns(3)P, PtdIns(3,5)P2 oraz PtdIns(5)P. Analiza lokalizacji subkomórkowej białek pokazała, że wszystkie są zlokalizowane w przedziałach systemu błon wewnętrznych, w większości w strukturach pęcherzykowych. Pęcherzyki wyznakowane przez analizowane białka często wykazywały dynamicznych ruch wzdłuż błony komórkowej. Biorąc pod uwagę uzyskane wyniki, można przypuszczać, że wybrane białka są w istocie zaangażowane w procesach transportowych w komórce roślinnej.	pl_PL
dc.description.abstract	Exchange of material between endomembrane system compartments is thought to be achieved by vesicular transport. Many of these events are regulated by the cooperative actions of distinct proteins and interactions between proteins and phosphoinositides, which are membrane lipids. The goal of the work was to identify and assess the function of several yet unidentified Arabidopsis thaliana proteins which are potentially implicated in plant cell membrane trafficking. For this purposes five proteins have finally been chosen to further exploration, which were called: PXS (At4g32160), PXC (At3g15920), PXX (At1g15240), SlaA (At4g02650), PRAF4 (At1g76950). With a series of bioinformatics analyses the existence of some conservative amino acids responsible for phosphoinositides binding, in domains of selected proteins, have been checked. Following bioinformatics analyses, phosphoinositides-binding properties have been tested in vitro, using Fat blot procedure. It was revealed that all of tested domains bound different phosphoinositides. Most of them preferently bound PtdIns(4)P and with the less affinity PtdIns(3)P, PtdIns(3,5)P2, PtdIns(5)P. On the other hand subcellular localization of the proteins have been explored. Obtained results indicated that these proteins localize to some compartments of plant endomembrane system, mostly to some vesicles. The dynamic of these vesicles was often observed. Obtained results indicated clearly that selected protein, indeed play potential role in membrane trafficking processes.	pl_PL
dc.description.sponsorship	Grant MNiSW Nr N303 360735; grant własny; Kierownik projektu: prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek; tytuł: Analiza funkcjonalna potencjalnych białek łącznikowych w obrębie kontinuum ściana komórkowa - błona komórkowa - cytoszkielet w komórkach roślinnych. Grant promotorski MNiSW Nr N301 599740; Kierownik projektu: prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek; tytuł: Interakcje białko - białko oraz białko - lipid z udziałem wybranych białek A rabidopsis thaliana potencjalnie związanych z procesem endocytozy. Stypendium wyjazdowe FEBS Summer Fellowship do Swammerdam Institute for Life Sciences (SILS) University of Amsterdam 2010	pl_PL
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10593/6071
dc.language.iso	pl	pl_PL
dc.subject	System błon wewnętrznych	pl_PL
dc.subject	Endomembrane system	pl_PL
dc.subject	Przepływ błon	pl_PL
dc.subject	Membrane trafficking	pl_PL
dc.subject	Fosfatydylyinozytole	pl_PL
dc.subject	Phosphoinositides	pl_PL
dc.subject	Arabidopsis thaliana	pl_PL
dc.subject	Arabidopsis thaliana	pl_PL
dc.title	Analiza funkcjonalna wybranych białek oddziałujących z lipidami błon w systemie błon wewnętrznych komórek Arabidopsis thaliana	pl_PL
dc.title.alternative	Functional analysis of selected proteins interacting with membrane lipids in the endomembrane system of Arabidopsis thaliana cells.	pl_PL
dc.type	Dysertacja	pl_PL