Identyfikacja i wielkoskalowa analiza retrogenów w genomach zwierzęcych

dc.contributor.advisorMakałowska, Izabela. Promotor
dc.contributor.authorKabza, Michał
dc.date.accessioned2016-10-26T07:58:19Z
dc.date.available2016-10-26T07:58:19Z
dc.date.issued2016
dc.descriptionWydział Biologiipl_PL
dc.description.abstractW mojej pracy doktorskiej skupiłem się głównie na wielkoskalowej identyfikacji retrokopii w genomach zwierzęcych i analizie ich potencjalnej funkcjonalności, jak również na zdarzeniach ewolucyjnych wpływających na repertuar retrogenów obecnych w ludzkich genomach. W pierwszej z przedstawionych publikacji opisuję RetrogeneDB, nową bazę danych zawierającą adnotacje retrokopii. W przeciwieństwie do poprzednich tego typu baz danych, takich jak HOPPSIGEN czy RCPedia, RetrogeneDB nie ogranicza się jedynie do wybranych organizmów modelowych i zawiera przewidywania retrokopii dla 62 genomów zwierzęcych pobranych z bazy danych Ensembl (wydanie 73). Baza RetrogeneDB jest obecnie dostępna pod adresem http://retrogenedb.amu.edu.pl i zawiera łącznie 84 808 przewidzianych retrokopii, z czego 64 225 nie jest obecnych w bazie Ensembl. Druga z publikacji stanowiących podstawę mojej pracy doktorskiej opisuje z kolei analizę międzypopulacyjnych różnic dotyczących repertuaru retrokopii w genomie człowieka i ich ekspresji. W odróżnieniu od wcześniejszych analiz, skoncentrowanych głównie na identyfikacji nowych zjawisk retropozycji, moim głównym celem było wykrycie utraty ancestralnych, funkcjonalnych retrokopii (retrogenów) w różnych ludzkich populacjach. pl_PL
dc.description.abstractIn my PhD thesis I focused on the large–scale identification of retrocopies in animal genomes and the analysis of their potential functionality, as well as on the evolutionary events affecting retrocopy repertoire in human genomes. In the first publication I present RetrogeneDB, a new database containing retrocopy annotations. Unlike previous similar databases, such as HOPPSIGEN or RCPedia, RetrogeneDB is not limited to model organisms and contains retrocopy predictions for 62 animal genomes downloaded from Ensembl 73 databases. RetrogeneDB is currently located at http://retrogenedb.amu.edu.pl and overall contains 84 808 retrocopies, 64 225 of which are not annotated in the Ensembl databases. The second publication forming the basis of my PhD thesis describes the analysis of inter–population differences in retrocopy repertoire and expression. In contrast to previous studies, mostly focused on detection of novel retroposition events, my primal goal was to detect the loss of ancestral, functional retrocopies (retrogenes) in different human populations.pl_PL
dc.description.sponsorshipNiniejsza praca powstała przy finansowym udziale: 1. Narodowego Centrum Nauki (grant 2013/09/N/NZ2/01221 dla M.K.) 2. KNOW Poznańskie Konsorcjum RNApl_PL
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10593/15100
dc.language.isoengpl_PL
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccesspl_PL
dc.subjectretropozycjapl_PL
dc.subjectretropositionpl_PL
dc.subjectduplikacja genówpl_PL
dc.subjectgene duplicationpl_PL
dc.subjectretrogenpl_PL
dc.subjectretrogenepl_PL
dc.subjectbaza danychpl_PL
dc.subjectdatabasepl_PL
dc.subjectróżnice międzypopulacyjnepl_PL
dc.subjectinter-population differencespl_PL
dc.titleIdentyfikacja i wielkoskalowa analiza retrogenów w genomach zwierzęcychpl_PL
dc.title.alternativeIdentification and large-scale analysis of retrogenes in animal genomespl_PL
dc.typeDysertacjapl_PL

Files

Original bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
Doktorat_Michał_Kabza.pdf
Size:
66.75 MB
Format:
Adobe Portable Document Format

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
license.txt
Size:
1.47 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description: