Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/10593/6304
Title: Badania krystalograficzne 1,3-β-glukanazy z Solanum tuberosum
Other Titles: Crystallographic studies of 1,3-β-glucanase from Solanum tuberosum
Authors: Wojtkowiak, Agnieszka
Advisor: Jaskólski, Mariusz. Promotor
Keywords: Hydrolaza glikozydowa
Glucoside hydrolase
Roślinne białko odpowiedzi na stres klasy PR-2
Plant pathogenesis-related protein of class 2
Oddziaływania białko-węglowodany
Protein-carbohydrate interactions
Kompleks białko-ligand
Protein-ligand complex
Issue Date: 24-May-2013
Abstract: W ramach pracy doktorskiej przedstawiłam badania krystalograficzne 1,3-β-glukanazy z Solanum tuberosum (ziemniak, odmiana Désirée). Enzym ten należy do rodziny 17 hydrolaz glikozydowych (GH17) i posiada typ pofałdowania cylindra (β/α)8, znany również pod nazwą „TIM barrel”. Oznaczone przeze mnie dwie struktury krystaliczne białka natywnego pozwoliły na wyznaczenie najbardziej zmiennych i zarazem mobilnych fragmentów strukturalnych w roślinnych 1,3-β-glukanazach. Analiza upakowania cząsteczek w kryształach potwierdziła, że obecność znacznika histydynowego nie zaburzyła struktury przestrzennej enzymu oraz pomogła w otrzymaniu wysokiej jakości kryształów. Poddanie zmutowanej formy białka kokrystalizacji z naturalnym substratem, pozwoliło na zaobserwowanie po raz pierwszy dla enzymów z rodziny GH17 oddziaływań pomiędzy sacharydami a białkiem.
The thesis describes crystallographic studies of 1,3-β-glucanase from Solanum tuberosum (potato, cultivar Désirée). The enzyme belongs to family 17 of glycoside hydrolases (GH17) and has the TIM-barrel (β/α)8 folding pattern. The discussion presented in the thesis is based on four high-resolution crystal structure determinations, two for the (recombinant) protein in its native sequence, and two for its active-site mutant in complex with carbohydrate products of the hydrolysis reaction. The two crystal structures of the native protein allowed me to identify the most variable and most mobile regions of the polypeptide chain of plant 1,3-β-glucanases. The analysis of crystal-packing contacts confirmed that the presence of an intact histidine tag, used as a chromatographic purification artifact, did not changed the overall fold of the protein, but instead - promoted the formation of very high quality crystals. In the second part of the thesis, cocrystallization of the mutated enzyme with a natural substrate has resulted in the first crystallographic characterization of a protein/saccharide complex for a GH17 enzyme.
Description: Wydział Chemii:Zakład Krystalografii
URI: http://hdl.handle.net/10593/6304
Appears in Collections:Doktoraty (WCH)
Doktoraty 2010-2022 /dostęp ograniczony, możliwy z komputerów w Bibliotece Uniwersyteckiej/

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
rozprawa AW.pdf
  Restricted Access
4.27 MBAdobe PDFView/Open
Show full item record



Items in AMUR are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.