Doktoraty 2010-2023 /dostęp ograniczony, możliwy z komputerów w Bibliotece Uniwersyteckiej/
Permanent URI for this collection
Prace doktorskie są archiwizowane obligatoryjnie zgodnie z Zarządzeniem nr 110/2009/2010 Rektora Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu z dnia 20 listopada 2009 roku w sprawie gromadzenia i udostępniania przez Bibliotekę Uniwersytecką w repozytorium AMUR rozpraw doktorskich bronionych na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Dostęp do pełnego tekstu niektórych prac doktorskich, zgodnie z podpisaną przez autora pracy licencją może zostać ograniczony. Oznacza to, że pełen tekst pracy będzie dostępny dla uprawnionych użytkowników tylko z komputerów na terenie Biblioteki Uniwersyteckiej.
Browse
Recent Submissions
- ItemSymbol-status-użytkowość? Rola ostróg w świecie środkowoeuropejskiego Barbaricum w okresie wpływów rzymskich(2023) Smółka-Antkowiak, Emilia; Michałowski, AndrzejRozprawa doktorska podejmuje problematykę interpretacji ostróg odkrywanych na stanowiskach archeologicznych z terenu tzw. środkowoeuropejskiego Barbaricum datowanych na pierwsze pięć wieków naszej ery. Celem pracy jest pełniejsze zrozumienie fenomenu obecności tejże kategorii zabytków, występujących przede wszystkim w kontekście funeralnym, gdzie stanowią element wyposażenia grobowego wojowników, jak również zmarłych nie wyposażonych w uzbrojenie oraz kobiet i dzieci. Autorka stara się wskazać na prawidłowości dotyczące kontekstu występowania ostróg w grobie, jak i przestrzeni cmentarzyska oraz możliwości interpretacyjne z nich wynikające. I tom, stanowiący właściwą treść rozprawy, został podzielony na trzy rozdziały. I rozdział dotyczy zagadnień związanych z pojawieniem się, rozprzestrzenieniem i użytkowaniem poszczególnych form ostróg. II rozdział pracy dotyczy kontekstu ich występowania w grobach kultury przeworskiej, oksywskiej oraz wielbarskiej, a podejmowane rozważania prowadzono stosując podział na okresy chronologiczne oraz przy uwzględnieniu wyników analiz antropologicznych oraz całości materiału zabytkowego z omawianych zespołów. W III rozdziale tomu zawarto analizę przestrzenną ośmiu wybranych cmentarzysk, gdzie starano się wychwycić wszelkie prawidłowości czy układy przestrzenne, w których wystąpiły groby z ostrogami. W II tomie umieszczono zestawienia tabelaryczne, wykresy oraz plany cmentarzysk stanowiące postawę prowadzonych w II i III rozdziale analiz. III tom stanowi katalog znalezisk ostróg z obszaru kultury przeworskiej, oksywskiej i wielbarskiej. The doctoral thesis addresses the issue of interpreting spurs discovered at archaeological sites in the so-called Central European Barbaricum, dating back to the first five centuries AD. The study aims to gain a deeper understanding of this category of artefacts, primarily found in funerary contexts, where they are part of the burial equipment for warriors and the deceased without weapons, women, and children. The author seeks to identify patterns regarding the context of spurs found in graves, as well as within the cemetery space, and to present the resulting interpretive possibilities. Volume I, which constitutes the actual content of the dissertation, is divided into three chapters. Chapter I deals with issues relating to the emergence, spread and use of particular forms of spurs. Chapter II focuses on the context of their presence in the graves of the Przeworsk, Oksywie and Wielbark cultures. The study was carried out based on a division into chronological periods and taking into account the results of anthropological analyses and the overall material from the discussed assemblages. Chapter III of this volume includes a spatial analysis of eight selected cemeteries in order to identify potential regularities or spatial arrangements of graves with spurs. Volume II contains tables, charts and plans of the cemeteries, which are the basis for the analyses carried out in Chapters II and III. Volume III is a catalogue of spur finds from the area of the Przeworsk, Oksywie and Wielbark cultures.
- ItemWapiennik/Kalkwerk Thomasa Bernhard – repozytorium myślenia przeciwtotalitarnego(2023) Szymańska, Katarzyna Ewa; Kuczyńska-Koschany, KatarzynaDzieło Thomasa Bernharda stanowi „repozytorium myślenia przeciwtotalitarnego”. Wewnątrz tekstów – w tym budynku, który traktuję jako synekdochę utworów oraz literackiej refleksji pisarza i który jest jednym z najbardziej znamiennych domów z jego prozy (jako Kalkwerk, będące też tytułem powieści), a także szczególnym miejscem w kontekście historii XX wieku (jako wapiennik/wapniarnia) – umiejscawiam owo repozytorium, składnicę myślenia przeciwtotalitarnego. Tę tytułową formułę postrzegam jako określającą istotę (podstawę i zasadę) twórczości Bernharda. Omawiam i analizuję utwory prozatorskie, dramatyczne i poetyckie – zarówno istniejące w polskim przekładzie, jak i te, które dotychczas nie zostały przetłumaczone – z perspektywy literaturoznawczej i transaustriackiej, jednocześnie uwzględniając (po)wojenną historię Austrii. Przedstawione przez mnie repozytorium podzieliłam na dwie główne części, z których pierwsza skonstruowana jest wokół miejsc (zakłady przemysłowe i fabryki, domy oraz „instytucje totalne”, które funkcjonują jako domy tymczasowe, miejsca rzezi zwierząt, przestrzenie leśne oraz miejskie), a druga wokół wybranych postaci (Żydzi, kobiety, dzieci). Pozwalają one objąć dorobek literacki Bernharda, a jednocześnie pokazać układ wzajemnych zależności i powiązań pomiędzy tekstami, również w kontekście europejskiego doświadczenia totalitaryzmu. Dzieło Thomasa Bernharda stanowi „repozytorium myślenia przeciwtotalitarnego”. Wewnątrz tekstów – w tym budynku, który traktuję jako synekdochę utworów oraz literackiej refleksji pisarza i który jest jednym z najbardziej znamiennych domów z jego prozy (jako Kalkwerk, będące też tytułem powieści), a także szczególnym miejscem w kontekście historii XX wieku (jako wapiennik/wapniarnia) – umiejscawiam owo repozytorium, składnicę myślenia przeciwtotalitarnego. Tę tytułową formułę postrzegam jako określającą istotę (podstawę i zasadę) twórczości Bernharda. Omawiam i analizuję utwory prozatorskie, dramatyczne i poetyckie – zarówno istniejące w polskim przekładzie, jak i te, które dotychczas nie zostały przetłumaczone – z perspektywy literaturoznawczej i transaustriackiej, jednocześnie uwzględniając (po)wojenną historię Austrii. Przedstawione przez mnie repozytorium podzieliłam na dwie główne części, z których pierwsza skonstruowana jest wokół miejsc (zakłady przemysłowe i fabryki, domy oraz „instytucje totalne”, które funkcjonują jako domy tymczasowe, miejsca rzezi zwierząt, przestrzenie leśne oraz miejskie), a druga wokół wybranych postaci (Żydzi, kobiety, dzieci). Pozwalają one objąć dorobek literacki Bernharda, a jednocześnie pokazać układ wzajemnych zależności i powiązań pomiędzy tekstami, również w kontekście europejskiego doświadczenia totalitaryzmu.
- ItemIdentyfikacja nowego i regulowanego przez ABA miRNA oraz charakterystyka jego genu docelowego - AtBRO1 w procesach wzrostu i w odpowiedzi na stres abiotyczny u Arabidopsis thaliana(2023) Syed, Muhammad Muntazir Mehdi; Ludwików, AgnieszkaWiele czynników środowiskowych, takich jak podwyższona temperatura, zasolenie i susza, mają wpływ na wzrost i produktywność upraw. Kluczowym szlakiem sygnałowym uczestniczącym w regulacji odpowiedzi roślin na stres jest rdzeniowa sygnalizacja kwasu absysynowego (ABA). ABA kontroluje reakcje roślin poprzez regulację ekspresji genów, także z udziałem ścieżek zależnych od miRNA. miRNA biorą udział w różnych procesach biologicznych, w tym w reakcjach adaptacyjnych na stres abiotyczny. Celem mojej pracy doktorskiej była identyfikacja nowych miRNA zaangażowanych w regulację ekspresji genów w odpowiedzi na ABA. Aby zrealizować postawiony cel badania prowadzono z zastosowaniem rośliny modelowej Arabidopsis thalina formy dzikiej (WT) oraz mutantów szlaku sygnałowego ABA: abi1td, mkkk17 i mkkk18. Analizy z wykorzystaniem RNAseq umożliwiły identyfikację 10 nowych miRNA w odpowiedzi na ABA (ath-miRn-1, ath-miRn-2, ath-miRn-3, ath-miRn-4, ath-miRn-5, ath-miRn-6, ath-miRn-7, ath-miRn-8, ath-miRn-9 and ath-miRn-10) u formy dzikiej A.thaliana oraz 1 nowy miRNA u mutanta mkkk17. Ponadto, analiza wyników ujawniła, że trzy, siedem i dziewięć znanych miRNA ulegało różnej ekspresji w odpowiedzi na ABA u mutantów abi1td, mkkk17 i mkkk18. Wyniki sekwencjonowania zostały potwierdzone za pomocą ilościowego RT-PCR we wszystkich badanych genotypach. By zidentyfikować geny docelowe i potencjalne miejsca cięcia dla nowozidentyfikowanych miRNA wykorzystano psRNA Target oraz 5′ RLM-RACE. Analiza ontologii wykazała, że potencjalne geny docelowe znanych i nowych miRNA reagujących na ABA są zaangażowane w różne procesy komórkowe w roślinach, w tym rozwój i ruchy aparatów szparkowych. Wyniki te sugerują, że wiele zidentyfikowanych miRNA odgrywa ważną rolę w odpowiedziach roślin na stres środowiskowy i może pełnić wspólne funkcje regulacyjne w szlaku sygnałowym ABA. W kolejnym etapie badania koncentrowały się na charakterystyce nieznanego białka BRO1, zawierającego domenę podobną do BRO (AT1G73390), które jest celem jednego z nowo zidentyfikowanych miRNA, ath-miRn-1. W toku analiz wykazano, że w odpowiedzi na zasolenie, ABA i mannitol transkrypt BRO1 ulegał indukcji. Transgeniczne linie A.thaliana z nadekspresją BRO1 wykazywały silną tolerancję na suszę i stres solny wskazując, że BRO1 reguluje reakcje odpornościowe u roślin. Promotor AtBRO1 w fuzji z GUS wykazywał ekspresję głównie w liściach rozety i kwiatach, zwłaszcza w pylnikach. Analiza lokalizacji subkomórkowej BRO1::GFP wykazała, że białko to lokalizuje się przy błonie cytoplazmatycznej protoplastu. Wyniki analizy transkyptomicznej mutanta typu nokaut w genie BRO1, bro1-1, w odniesieniu do linii dzikiej Arabidopsis, wykazały zmiany w ekspresji wielu genów, o których wiadomo, że są zaangażowane w odpowiedź roślin na stres. Podsumowując, stwierdzono, że BRO1 może odgrywać ważną rolę w regulacji odpowiedzi transkrypcyjnej na ABA i indukcji odpowiedzi roślin na stres abiotyczny. Podsumowując, wyniki badań przedstawione w prezentowanej rozprawie, umożliwiły poznanie nowych mechanizmów regulujących odpowiedź roślin na stres abiotyczny i powiązanych z sygnalizacją ABA. Najważniejszym wynikiem pracy jest identyfikacja aż 11 nieznanych miRNA i głębsza charakterystyka funkcjonowania jednego ze z nich - ath-miRn-1 – w powiązaniu z identyfikacją nowego efektora w reakcji roślin na stres i nieznanego dotąd BRO1. Wyniki uzyskane w ramach pracy rzucają światło na mechanizmy leżące u podstaw tolerancji na stres. Many environmental factors, such as increased temperature, salinity and drought, affect the growth and productivity of crops. A key signaling pathway involved in regulating plant responses to stress is the absisic acid (ABA) signaling pathway. ABA controls plant responses through the regulation of gene expression, also through miRNA dependent pathways. miRNAs are involved in various biological processes, including adaptive responses to abiotic stress. The aim of my PhD thesis was the identification of novel miRNAs which are involved in the regulation of gene expression in response to ABA. In order to achieve this goal, the study was carried out using the model plant Arabidopsis thaliana wild type (WT) and mutants of the ABA signalling pathway: abi1td, mkkk17 and mkkk18. The RNAseq analyses identified 10 new miRNAs in response to ABA in the wild type A. thaliana (ath-miRn-1, ath-miRn-2, ath-miRn-3, ath-miRn-4, ath-miRn-5, ath-miRn-6, ath-miRn-7, ath-miRn-8, ath-miRn-9 and ath-miRn-10) and 1 new miRNA in the mkkk17 mutant. In addition, analysis of the results showed that three, seven and nine known miRNAs were differentially expressed in response to ABA in the abi1td, mkkk17 and mkkk18 mutants, respectively. In all genotypes tested, the sequencing results were confirmed by quantitative RT-PCR. To identify target genes and potential cleavage sites for newly identified miRNAs, psRNA-Target and 5′ RLM RACE were used. Ontology analysis revealed that the potential target genes of known and novel ABA-responsive miRNAs are involved in various cellular processes in plants, including stomatal development and movement. These results suggest that many of the identified miRNAs play important roles in plant responses to environmental stress. They may have common regulatory functions in the ABA signalling pathway. In the next step, they focused on characterising of the unknown BRO-like domain-containing protein AtBRO1 (AT1G73390) which is targeted by one of the newly identified miRNAs, ath-miRn-1. Analyses showed that BRO1 is induced in response to salinity, ABA and mannitol. Transgenic Arabidopsis lines overexpressing BRO1 showed strong tolerance to drought and salt stress, suggesting that BRO1 regulates stress responses in plants. The BRO1 promoter fused to GUS was expressed mainly in rosette leaves and flowers, especially in anthers. Analysis of the subcellular localisation of BRO1::GFP showed that this protein was localised to the cytoplasmic membrane of the protoplast. The results of the transcriptomic analysis of the knockout mutant in the BRO1 gene, bro1-1, compared to the wild Arabidopsis line showed changes in the expression of many genes known to be involved in plant stress responses. It was concluded that BRO1 may play an important role in regulating the transcriptional response to ABA and in inducing plant responses to abiotic stress. In conclusion, the results presented have allowed the identification of new mechanisms regulating the response of plants to abiotic stress and related to ABA signalling. The most important result is the identification of 11 unknown miRNAs and a deeper characterisation of the function of one of them - ath-miRn-1 - in connection with the identification of a new effector in the plant response to stress - the previously unknown BRO1. The results of this work will shed light on the mechanisms underlying stress tolerance in plants.
- ItemŚcieżki transportu ligandów w białkach(2023) Borja, Carlos Eduardo Sequeiros; Brezovsky, JanAnaliza tuneli białkowych ewoluowała od wizualnej identyfikacji w strukturach statycznych do wykorzystania symulacji dynamiki molekularnej, co prowadzi do obfitości danych. Stanowi to jednak wyzwanie ze względu na ograniczenia zasobów i czasu. W ramach moich badań doktoranckich opracowałem narzędzia i metodologie, aby rozwiązać te problemy. Pierwsza publikacja oferuje zintegrowane podejście do analizy geometrii tunelu i transportu ligandów, zapewniając powtarzalność i niesubiektywne wyniki. Druga publikacja umożliwia szybką i opłacalną analizę tuneli w dużych zbiorach danych, eliminując potrzebę stosowania specjalistycznego sprzętu. Ponadto odkrywa wcześniej przeoczone wąskie tunele przy użyciu mniejszej sondy. W sekcji praktycznych zastosowań, trzecia publikacja bada selektywny transport transportera ABCG46, demonstrując, w jaki sposób modyfikacje tuneli wpływają na translokację ligandów. Czwarty artykuł bada transport wody w enzymach hydrolazowych, ujawniając znaczenie wąskich tuneli, które mogą pomieścić cząsteczki wody mniejsze niż ich promień wąskiego gardła. Protein tunnel analysis has evolved from visual identification in static structures to using molecular dynamics simulations, leading to an abundance of data. However, this poses challenges due to resource and time constraints. In my doctoral research, I developed tools and methodologies to address these issues. The first publication offers an integrative approach for tunnel geometry and ligand transport analysis, ensuring reproducibility and non-subjective results. The second publication enables fast and cost-effective analysis of tunnels in large datasets, eliminating the need for specialized hardware. Additionally, it uncovers previously overlooked narrow tunnels using a smaller probe. In the practical applications section, the third publication investigates the selective transport of the ABCG46 transporter, demonstrating how tunnel modifications impact ligand translocation. The fourth paper explores water transport in hydrolase enzymes, revealing the significance of narrow tunnels that can accommodate water molecules smaller than their bottleneck radii.
- ItemPrzetrwałe zaburzenia wymowy a integracja szkolna i osiągnięcia szkolne uczniów kończących etap edukacji wczesnoszkolnej(2023) Trębacz-Ritter, Agata; Chrzanowska, IwonaDynamicznie zmieniająca się rzeczywistość modyfikuje warunki dla szeroko rozumianego rozwoju mowy, w tym dla rozwoju artykulacji, prowadząc w konsekwencji do wzrostu liczby dzieci wymagających wsparcia logopedy na różnych etapach życia, już od okresu niemowlęcego. Chociaż przyjmuje się, że rozwój systemu fonetyczno-fonologicznego języka polskiego powinien zakończyć się u progu przejścia na etap edukacji wczesnoszkolnej, czyli ok. 7. roku życia, to jednoczesne próby szacowania skali występowania zaburzeń wymowy sugerują, że mogą one dotyczyć nawet 47% uczniów w wieku 7-9 lat. W niniejszej pracy zasugerowano, aby na kształt dwóch pojęć ang. persistent speech sound disorder i ang. residual speech errors, utrzymujące się powyżej granicy rozwoju systemu fonetyczno-fonologicznego zaburzenia realizacji dźwięków mowy nazywać przetrwałymi. Badania pokazują, że uczniowie z przetrwałymi zaburzeniami wymowy w większym stopniu niż rówieśnicy o normatywnym przebiegu rozwoju inwentarza fonemów narażeni są na obniżenie osiągnięć, szczególnie w obszarze umiejętności czytania i pisania czy relacji rówieśniczych. Z drugiej jednak strony podkreśla się, że charakter i skala ewentualnego ryzyka niepowodzeń szkolnych mogą różnić się u poszczególnych uczniów, w zależności od uwarunkowań indywidualnych, obejmujących m.in. podłoże zaburzenia wymowy czy uwarunkowań środowiskowych, związanych m.in. ze statusem socjoekonomicznym rodziny. Z tego powodu nadrzędnym celem zrealizowanych badań było rozpoznanie poziomu osiągnięć szkolnych i integracji szkolnej 18 uczniów kończących etap edukacji wczesnoszkolnej w trzech dopełniających się perspektywach: uczniów, ich rodziców i nauczycieli. W badaniu zjawiska wykorzystano metody badań charakterystyczne dla dwóch odmiennych paradygmatów: pomiar osiągnięć szkolnych (Testy Osiągnięć Szkolnych TOS3) i integracji szkolnej (Kwestionariusz Integracji Uczniów KIU), rozpoznanie samooceny uczuć ucznia w sytuacji mówienia w różnych kontekstach (kwestionariusz obrazkowy SPAA-C) i wywiad swobodny ukierunkowany. Zastosowanie modelu badań mieszanych ze strategią zbiorowego (równoległego) studium przypadku, utworzonego w oparciu o kryterium maksymalnego zróżnicowania przypadków, umożliwiło podjęcie próby lepszego rozumienia heterogeniczności grupy badanych dzieci. Chociaż każdy z badanych przypadków był rozpatrywany indywidualnie w ramach opisu profilu funkcjonowania ucznia, to podjęta próba analizy przekrojowej zgromadzonego materiału empirycznego umożliwiła rozpoznanie pewnych ogólnych tendencji, które mogą stanowić punkt wyjścia do dalszej eksploracji pola problemowego i projektowania innych badań naukowych np. w paradygmacie nomotetycznym. Implementacja modelu edukacji wysokiej jakości dla wszystkich kształtuje przestrzeń dla wsparcia wszystkich uczniów, w tym uczniów z zaburzeniami wymowy, a szkolna ocena funkcjonalna, którą cechuje przede wszystkim wielokontekstowość, prognostyczność i ciągłość umożliwia projektowanie rozwiązań dostosowanych do ich indywidualnych potrzeb i możliwości. W oparciu o zebrane dane można sądzić, że oprócz dobrze zaplanowanej terapii logopedycznej niezbędne jest więc rozpoznanie funkcji, jaką w życiu uczniów mogą pełnić utrzymujące się problemy w produkcji dźwięków mowy, aby zapewniać odpowiedni poziom ukierunkowanego wsparcia w warunkach szkolnych. A large number of children who need school-based speech-language pathologists' support is a growing problem in a school environment. Polish researchers estimate the prevalence of speech sound disorder up to 47% among primary school students aged 7-9 yr. Those children may be at greater risk of educational failures, namely literacy, mathematics, or peer relationships relative to their peers with typical speech. However, nature and the extent of this possible risk can vary significantly from one child to another, depending on the individual and environmental conditions. The present thesis aimed to explore the school integration and academic achievement of 18 third-grade primary school students with speech sound disorders from three complementary perspectives: 1. children, 2. parents, 3. teachers. Applying a mixed methods design with a collective case study strategy helped better understand the children's heterogeneity at different levels. Although each case was primarily considered individually, the cross-case analysis identified some overall tendencies applicable to children who participated in the study. Those subjects with higher academic achievements were more likely to have an articulation disorder without a significant deficit in phonological processing. In turn, those with a distinct phonological deficit were characterized with lower educational achievements. However, most of children felt well-integrated with their peers, which might be partially explained by the teachers’ supportive attitude or by the observed general diversity among children in the classroom. The overall research results may support the need for a continuous functional assessment of all children with speech sound disorders according to their individual, diverse needs and abilities. It seems that apart from well-planned speech therapy, it is essential to recognize the role that persistent problems in speech production may play in children's school life, to ensure appropriate support on time.